common/clitkCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKCOMMON_CXX
  20 #define CLITKCOMMON_CXX
  21
  22 #include "clitkCommon.h"
  23 #include <fstream>
  24 #include <iomanip>
  25 #include <sstream>
  26
  27 //------------------------------------------------------------------
  28 // skip line which begin with a sharp '#'
  29 void clitk::skipComment(std::istream & is)
  30 {
  31   char c;
  32   char line[1024];
  33   if (is.eof()) return;
  34   is >> c ;
  35   while (is && (c == '#')) {
  36     is.getline (line, 1024);
  37     is >> c;
  38     if (is.eof()) return;
  39   }
  40   is.unget();
  41 } ////
  42 //------------------------------------------------------------------
  43
  44 //------------------------------------------------------------------
  45 // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  46 double clitk::HU2density(double HU)
  47 {
  48   return (HU+1000.0)/1000.0;
  49 } ////
  50 //------------------------------------------------------------------
  51
  52 //------------------------------------------------------------------
  53 // Return filename extension
  54 std::string clitk::GetExtension(const std::string& filename)
  55 {
  56   // This assumes that the final '.' in a file name is the delimiter
  57   // for the file's extension type
  58   const std::string::size_type it = filename.find_last_of( "." );
  59   // This determines the file's type by creating a new string
  60   // who's value is the extension of the input filename
  61   // eg. "myimage.gif" has an extension of "gif"
  62   std::string fileExt( filename, it+1, filename.length() );
  63   return( fileExt );
  64 } ////
  65 //------------------------------------------------------------------
  66
  67 //------------------------------------------------------------------
  68 // Display progression
  69 void clitk::VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage)
  70 {
  71   static int previous = -1;
  72   const int rounded = (100*current)/nb;
  73   if (previous==rounded) return;
  74   previous = rounded;
  75
  76   std::ostringstream oss;
  77   oss << std::setw(4) << rounded << '%';
  78
  79   std::cout << oss.str() << std::flush;
  80   for (unsigned int i=0; i<oss.str().length(); ++i)
  81     std::cout << "\b" << std::flush;
  82 }
  83 //------------------------------------------------------------------
  84
  85 //------------------------------------------------------------------
  86 // Display progression
  87 void clitk::VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage)
  88 {
  89   VerboseInProgress(nb, current, percentage);
  90 }
  91 //------------------------------------------------------------------
  92
  93 //------------------------------------------------------------------
  94 // Convert a pixel type to another (downcast)
  95 template<>
  96 float clitk::PixelTypeDownCast(const double & x)
  97 {
  98   return (float)x;
  99 }
 100 //------------------------------------------------------------------
 101
 102 //------------------------------------------------------------------
 103 double clitk::rad2deg(const double anglerad)
 104 {
 105   return (anglerad/M_PI*180.0);
 106 }
 107 //------------------------------------------------------------------
 108
 109 //------------------------------------------------------------------
 110 double clitk::deg2rad(const double angledeg)
 111 {
 112   return (angledeg*(M_PI/180.0));
 113 }
 114 //------------------------------------------------------------------
 115
 116 //------------------------------------------------------------------
 117 int clitk::GetTypeSizeFromString(const std::string & type)
 118 {
 119 #define RETURN_SIZEOF_PIXEL(TYPENAME, TYPE)             \
 120   if (type == #TYPENAME) return sizeof(TYPE);
 121   RETURN_SIZEOF_PIXEL(char, char);
 122   RETURN_SIZEOF_PIXEL(uchar, uchar);
 123   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned char, uchar);
 124   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned_char, uchar);
 125   RETURN_SIZEOF_PIXEL(short, short);
 126   RETURN_SIZEOF_PIXEL(ushort, ushort);
 127   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned_short, ushort);
 128   RETURN_SIZEOF_PIXEL(int, int);
 129   RETURN_SIZEOF_PIXEL(uint, uint);
 130   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned_int, uint);
 131   RETURN_SIZEOF_PIXEL(float, float);
 132   RETURN_SIZEOF_PIXEL(double, double);
 133   return 0;
 134 }
 135 //------------------------------------------------------------------
 136
 137 //------------------------------------------------------------------
 138 template<>
 139 bool clitk::IsSameType<signed char>(std::string t)
 140 {
 141   if ((t==GetTypeAsString<signed char>()) || (t == "schar")) return true;
 142   else return false;
 143 }
 144
 145 template<>
 146 bool clitk::IsSameType<char>(std::string t)
 147 {
 148   if ((t==GetTypeAsString<char>()) || (t == "char")) return true;
 149   else return false;
 150 }
 151
 152 template<>
 153 bool clitk::IsSameType<unsigned char>(std::string t)
 154 {
 155   if ((t==GetTypeAsString<unsigned char>()) || (t == "uchar")) return true;
 156   else return false;
 157 }
 158
 159 template<>
 160 bool clitk::IsSameType<unsigned short>(std::string t)
 161 {
 162   if ((t==GetTypeAsString<unsigned short>()) || (t == "ushort")) return true;
 163   else return false;
 164 }
 165 //------------------------------------------------------------------
 166
 167 //------------------------------------------------------------------
 168 void clitk::FindAndReplace(std::string & line,
 169                            const std::string & tofind,
 170                            const std::string & replacement)
 171 {
 172   int pos = line.find(tofind);
 173   while (pos!= (int)std::string::npos) {
 174     line.replace(pos, tofind.size(), replacement);
 175     pos = line.find(tofind, pos+tofind.size()+1);
 176   }
 177 }
 178 //------------------------------------------------------------------
 179
 180 //------------------------------------------------------------------
 181 void clitk::FindAndReplace(std::string & line,
 182                            const std::vector<std::string> & tofind,
 183                            const std::vector<std::string> & toreplace)
 184 {
 185   for(unsigned int i=0; i<tofind.size(); i++) {
 186     FindAndReplace(line, tofind[i], toreplace[i]);
 187   }
 188 }
 189 //------------------------------------------------------------------
 190
 191 //------------------------------------------------------------------
 192 void clitk::FindAndReplace(std::ifstream & in,
 193                            const std::vector<std::string> & tofind,
 194                            const std::vector<std::string> & toreplace,
 195                            std::ofstream & out)
 196 {
 197   std::string line;
 198   if (tofind.size() != toreplace.size()) {
 199     std::cerr << "Error' tofind' is size=" << tofind.size() << std::endl;
 200     std::cerr << "... while 'toreplace' is size=" << toreplace.size() << std::endl;
 201     exit(0);
 202   }
 203   while (std::getline(in,line)) {
 204     FindAndReplace(line, tofind, toreplace);
 205     out << line << std::endl;
 206   }
 207 }
 208 //------------------------------------------------------------------
 209
 210 //------------------------------------------------------------------
 211 double clitk::ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 212     const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 213     const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane)
 214 {
 215   // http://mathworld.wolfram.com/Plane.html
 216   // http://mathworld.wolfram.com/Point-PlaneDistance.html
 217   double a = normalPlane[0];
 218   double b = normalPlane[1];
 219   double c = normalPlane[2];
 220   double x0 = pointInPlane[0];
 221   double y0 = pointInPlane[1];
 222   double z0 = pointInPlane[2];
 223   double x = point[0];
 224   double y = point[1];
 225   double z = point[2];
 226
 227   double norm = sqrt(x0*x0 + y0*y0 + z0*z0);
 228   DD(norm);
 229   double d = -a*x0 - b*y0 - c*z0;
 230   DD(d);
 231   double distance = (a*x + b*y + c*z + d) / norm;
 232
 233   return distance;
 234 }
 235 //------------------------------------------------------------------
 236
 237 //--------------------------------------------------------------------
 238 // Open a file for reading
 239 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename)
 240 {
 241   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
 242   if ( is.fail() ) {
 243     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
 244   }
 245 }
 246 //--------------------------------------------------------------------
 247
 248 //--------------------------------------------------------------------
 249 // Open a file for writing
 250 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)
 251 {
 252   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
 253   if ( os.fail() ) {
 254     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
 255   }
 256 }
 257 //--------------------------------------------------------------------
 258
 259 //--------------------------------------------------------------------
 260 double clitk::cotan(double i)
 261 {
 262   return(1.0 / tan(i));
 263 }
 264 double clitk::invcotan(double x)
 265 {
 266   //  http://mathworld.wolfram.com/InverseCotangent.html
 267   double y;
 268   if (x<0) {
 269     y = -0.5*M_PI-atan(x);
 270   } else {
 271     y = 0.5*M_PI-atan(x);
 272   }
 273   return y;
 274 }
 275 //--------------------------------------------------------------------
 276
 277 //--------------------------------------------------------------------
 278 std::streambuf * clitk_stdcerr_backup;
 279 void clitk::disableStdCerr()
 280 {
 281   clitk_stdcerr_backup = std::cerr.rdbuf();
 282   std::stringstream oss;
 283   std::cerr.rdbuf( oss.rdbuf() );
 284 }
 285 //--------------------------------------------------------------------
 286
 287 //--------------------------------------------------------------------
 288 void clitk::enableStdCerr()
 289 {
 290   std::cerr.rdbuf(clitk_stdcerr_backup);
 291 }
 292 //--------------------------------------------------------------------
 293
 294
 295 //--------------------------------------------------------------------
 296 void clitk::readDoubleFromFile(const std::string & filename, std::vector<double> & list)
 297 {
 298   std::ifstream is;
 299   clitk::openFileForReading(is, filename);
 300   list.clear();
 301   while (is) {
 302     clitk::skipComment(is);
 303     double d;
 304     is >> d;
 305     if (is) list.push_back(d);
 306   }
 307 }
 308 //--------------------------------------------------------------------
 309
 310
 311 #endif /* end #define CLITKCOMMON_CXX */
 312