common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // std include
  15 #include <config.h>
  16 #include <cstdlib>
  17 #include <algorithm>
  18 #include <iostream>
  19 #include <fstream>
  20 #include <sstream>
  21 #include <vector>
  22 #include <math.h>
  23 #include <typeinfo>
  24
  25 #include "itkMacro.h"
  26 #include <itkContinuousIndex.h>
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 namespace clitk {
  30
  31 #if defined(WIN32)
  32 #define lrint(x) (floor(x+(x>0) ? 0.5 : -0.5))
  33 #endif
  34
  35   typedef unsigned char uchar;
  36   typedef unsigned short ushort;
  37   typedef unsigned int uint;
  38
  39   //--------------------------------------------------------------------
  40   // display
  41 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  42 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  43
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45   // GGO with modified struct name
  46 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                             \
  47   gengetopt_args_info_##ggo_filename args_info;                                 \
  48     cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                   \
  49     if (args_info.config_given)                                         \
  50       cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  51     else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  52
  53
  54   /*   //--------------------------------------------------------------------
  55   // GGO default
  56 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  57   gengetopt_args_info_##ggo_filename args_info;                         \
  58   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  59   if (args_info.config_given)                                           \
  60     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  61   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  62
  63  //--------------------------------------------------------------------
  64  */
  65   //--------------------------------------------------------------------
  66   // skip line with #
  67   void skipComment(std::istream & is);
  68
  69   //--------------------------------------------------------------------
  70   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  71   double HU2density(double HU);
  72
  73   //--------------------------------------------------------------------
  74   // Return filename extension
  75   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  76
  77   //--------------------------------------------------------------------
  78   // Convert float, double ... to string
  79   template<class T> std::string toString(const T & t);
  80   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  81   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  82   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  83
  84   //--------------------------------------------------------------------
  85   // Display a progress %
  86   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  87   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  88
  89   //--------------------------------------------------------------------
  90   // Convert a pixel type to another (downcast)
  91   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  92   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  93   template<>
  94   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  95
  96   //--------------------------------------------------------------------
  97   // Return the indexes of sorted values in a vector
  98   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
  99   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
 100   template<class Type>
 101   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 102
 103   //--------------------------------------------------------------------
 104   // Return the name of a type as a string
 105   template<class TPixel>
 106   std::string GetTypeAsString();
 107
 108   //--------------------------------------------------------------------
 109   // Convert radian / degree
 110   double rad2deg(double anglerad);
 111   double deg2rad(double anglerad);
 112
 113   //--------------------------------------------------------------------
 114   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 115
 116   //--------------------------------------------------------------------
 117   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 118   template<class T>
 119   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 120   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 121   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 122   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 123   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 124
 125   //--------------------------------------------------------------------
 126   template<class T1>
 127   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 128     return GetTypeAsString<T1>();
 129   }
 130
 131   template<class T1, class T2>
 132   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 133     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 134     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 135   }
 136
 137   template<class T1, class T2, class T3>
 138   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 139     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 140     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 141   }
 142
 143   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 144   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 145     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 146     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 147   }
 148
 149   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 150   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 151     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 152     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 153   }
 154
 155   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 156   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 157     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 158     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 159   }
 160
 161   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 162   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 163     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 164     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 165   }
 166
 167   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 168   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 169     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 170     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 171   }
 172   //--------------------------------------------------------------------
 173
 174   //--------------------------------------------------------------------
 175   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 176   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 177   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 178   //--------------------------------------------------------------------
 179
 180   //--------------------------------------------------------------------
 181   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 182                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 183                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 184
 185   //--------------------------------------------------------------------
 186   // Open a File for reading/writing
 187   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 188   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 189
 190   //--------------------------------------------------------------------
 191   double cotan(double i);
 192   double invcotan(double i);
 193
 194   //--------------------------------------------------------------------
 195   void disableStdCerr();
 196   void enableStdCerr();
 197
 198 #include "clitkCommon.txx"
 199
 200 } // end namespace
 201
 202 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 203