common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // clitk include
  15
  16 #include "clitkConfiguration.h"
  17 #include "clitkPortability.h"
  18
  19 // itk include (include std)
  20 #include <itkContinuousIndex.h>
  21 #include <itkMacro.h>
  22 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  23 #include <itkImageRegionIterator.h>
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 namespace clitk {
  27
  28   typedef unsigned char uchar;
  29   typedef unsigned short ushort;
  30   typedef unsigned int uint;
  31
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33   // display
  34 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  35 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  36
  37   //--------------------------------------------------------------------
  38   // when everything goes wrong
  39 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  40 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  41
  42   //--------------------------------------------------------------------
  43   // GGO with modified struct name
  44 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  45   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  46   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  47   if (args_info.config_given)                                           \
  48     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  49   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  50
  51   //--------------------------------------------------------------------
  52   // skip line with #
  53   void skipComment(std::istream & is);
  54
  55   //--------------------------------------------------------------------
  56   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  57   double HU2density(double HU);
  58
  59   //--------------------------------------------------------------------
  60   // Return filename extension
  61   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  62
  63   //--------------------------------------------------------------------
  64   // Convert float, double ... to string
  65   template<class T> std::string toString(const T & t);
  66   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  67   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  68   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  69
  70   //--------------------------------------------------------------------
  71   // Display a progress %
  72   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  73   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  74
  75   //--------------------------------------------------------------------
  76   // Convert a pixel type to another (downcast)
  77   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  78   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  79   template<>
  80   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  81
  82   //--------------------------------------------------------------------
  83   // Return the indexes of sorted values in a vector
  84   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
  85   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
  86   template<class Type>
  87   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
  88
  89   //--------------------------------------------------------------------
  90   // Return the name of a type as a string
  91   template<class TPixel>
  92   std::string GetTypeAsString();
  93
  94   //--------------------------------------------------------------------
  95   // Convert radian / degree
  96   double rad2deg(double anglerad);
  97   double deg2rad(double anglerad);
  98
  99   //--------------------------------------------------------------------
 100   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 101
 102   //--------------------------------------------------------------------
 103   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 104   template<class T>
 105   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 106   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 107   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 108   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 109   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 110
 111   //--------------------------------------------------------------------
 112   template<class T1>
 113   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 114     return GetTypeAsString<T1>();
 115   }
 116
 117   template<class T1, class T2>
 118   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 119     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 120     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 121   }
 122
 123   template<class T1, class T2, class T3>
 124   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 125     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 126     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 127   }
 128
 129   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 130   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 131     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 132     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 133   }
 134
 135   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 136   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 137     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 138     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 139   }
 140
 141   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 142   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 143     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 144     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 145   }
 146
 147   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 148   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 149     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 150     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 151   }
 152
 153   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 154   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 155     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 156     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 157   }
 158   //--------------------------------------------------------------------
 159
 160   //--------------------------------------------------------------------
 161   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 162   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 163   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 164   //--------------------------------------------------------------------
 165
 166   //--------------------------------------------------------------------
 167   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 168                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 169                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 170
 171   //--------------------------------------------------------------------
 172   // Open a File for reading/writing
 173   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 174   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 175
 176   //--------------------------------------------------------------------
 177   double cotan(double i);
 178   double invcotan(double i);
 179
 180   //--------------------------------------------------------------------
 181   void disableStdCerr();
 182   void enableStdCerr();
 183
 184   //--------------------------------------------------------------------
 185   template<class ImageType>
 186   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 187
 188 #include "clitkCommon.txx"
 189
 190 } // end namespace
 191
 192 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 193