common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3 /**
   4    -------------------------------------------------------------------
   5    * @file   clitkCommon.h
   6    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   17 May 2006 07:57:56
   8
   9    * @brief
  10
  11    -------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 // clitk include
  14
  15 #include "clitkConfiguration.h"
  16 #include "clitkPortability.h"
  17
  18 // itk include (include std)
  19 #include <itkContinuousIndex.h>
  20 #include <itkMacro.h>
  21 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  22 #include <itkImageRegionIterator.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 namespace clitk {
  26
  27   typedef unsigned char uchar;
  28   typedef unsigned short ushort;
  29   typedef unsigned int uint;
  30
  31   //--------------------------------------------------------------------
  32   // display
  33 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  34 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  35
  36   //--------------------------------------------------------------------
  37   // when everything goes wrong
  38 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  39 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  40
  41   //--------------------------------------------------------------------
  42   // GGO with modified struct name
  43 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  44   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  45   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  46   if (args_info.config_given)                                           \
  47     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  48   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  49
  50   //--------------------------------------------------------------------
  51   // skip line with #
  52   void skipComment(std::istream & is);
  53
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  56   double HU2density(double HU);
  57
  58   //--------------------------------------------------------------------
  59   // Return filename extension
  60   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  61
  62   //--------------------------------------------------------------------
  63   // Convert float, double ... to string
  64   template<class T> std::string toString(const T & t);
  65   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  66   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  67   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  68
  69   //--------------------------------------------------------------------
  70   // Display a progress %
  71   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  72   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  73
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75   // Convert a pixel type to another (downcast)
  76   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  77   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  78   template<>
  79   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  80
  81   //--------------------------------------------------------------------
  82   // Return the indexes of sorted values in a vector
  83   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
  84   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
  85   template<class Type>
  86   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
  87
  88   //--------------------------------------------------------------------
  89   // Return the name of a type as a string
  90   template<class TPixel>
  91   std::string GetTypeAsString();
  92
  93   //--------------------------------------------------------------------
  94   // Convert radian / degree
  95   double rad2deg(double anglerad);
  96   double deg2rad(double anglerad);
  97
  98   //--------------------------------------------------------------------
  99   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 100
 101   //--------------------------------------------------------------------
 102   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 103   template<class T>
 104   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 105   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 106   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 107   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 108   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 109
 110   //--------------------------------------------------------------------
 111   template<class T1>
 112   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 113     return GetTypeAsString<T1>();
 114   }
 115
 116   template<class T1, class T2>
 117   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 118     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 119     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 120   }
 121
 122   template<class T1, class T2, class T3>
 123   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 124     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 125     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 126   }
 127
 128   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 129   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 130     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 131     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 132   }
 133
 134   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 135   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 136     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 137     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 138   }
 139
 140   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 141   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 142     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 143     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 144   }
 145
 146   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 147   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 148     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 149     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 150   }
 151
 152   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 153   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 154     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 155     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 156   }
 157   //--------------------------------------------------------------------
 158
 159   //--------------------------------------------------------------------
 160   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 161   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 162   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 163   //--------------------------------------------------------------------
 164
 165   //--------------------------------------------------------------------
 166   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 167                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 168                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 169
 170   //--------------------------------------------------------------------
 171   // Open a File for reading/writing
 172   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 173   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 174
 175   //--------------------------------------------------------------------
 176   double cotan(double i);
 177   double invcotan(double i);
 178
 179   //--------------------------------------------------------------------
 180   void disableStdCerr();
 181   void enableStdCerr();
 182
 183   //--------------------------------------------------------------------
 184   template<class ImageType>
 185   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 186
 187 #include "clitkCommon.txx"
 188
 189 } // end namespace
 190
 191 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 192