common/clitkDicomRT_Contour.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
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  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  21 #include <vtkCellArray.h>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::DicomRT_Contour::DicomRT_Contour() {
  25   mMeshIsUpToDate = false;
  26   mNbOfPoints = 0;
  27 }
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29
  30
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32 clitk::DicomRT_Contour::~DicomRT_Contour() {
  33
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 void clitk::DicomRT_Contour::Print(std::ostream & os) const {
  41   DD("TODO : print Contours");
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::SQItem * item) {
  48
  49   // Contour type [Contour Geometric Type]
  50   mType = item->GetEntryValue(0x3006,0x0042);
  51   // DD(mType);
  52   if (mType != "CLOSED_PLANAR ") { ///WARNING to the space after the name ...
  53     std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
  54     return false;
  55   }
  56
  57   // Number of points [Number of Contour Points]
  58   mNbOfPoints = parse_value<int>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0046));
  59   // DD(mNbOfPoints);
  60
  61   // Read values [Contour Data]
  62   std::vector<float> points = parse_string<float>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0050),'\\');
  63   assert(points.size() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
  64
  65   // Organize values
  66   mData = vtkPoints::New();
  67   mData->SetDataTypeToDouble();
  68   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
  69   double z = -1;
  70   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
  71     double p[3];
  72     p[0] = points[i*3];
  73     p[1] = points[i*3+1];
  74     p[2] = points[i*3+2];
  75     mData->SetPoint(i, p);
  76     if (z == -1) z = p[2];
  77     if (p[2] != z) {
  78       DD(i);
  79       DD(p[2]);
  80       DD(z);
  81       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
  82       assert(p[2] == z);
  83     }
  84   }
  85
  86   return true;
  87 }
  88 //--------------------------------------------------------------------
  89
  90
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92 vtkPolyData * clitk::DicomRT_Contour::GetMesh() {
  93   if (!mMeshIsUpToDate) {
  94     ComputeMesh();
  95   }
  96   return mMesh;
  97 }
  98 //--------------------------------------------------------------------
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 100
 101 //--------------------------------------------------------------------
 102 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeMesh() {
 103  //  DD("ComputeMesh Contour");
 104   mMesh = vtkPolyData::New();
 105   mMesh->Allocate(); //for cell structures
 106   mMesh->SetPoints(vtkPoints::New());
 107   vtkIdType ids[2];
 108   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
 109     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
 110                                         mData->GetPoint(idx)[1],
 111                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
 112     ids[0]=idx;
 113     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
 114     // DD(ids[0]);
 115 //     DD(ids[1]);
 116     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
 117   }
 118   // DD(mMesh->GetNumberOfCells());
 119   mMeshIsUpToDate = true;
 120 }
 121 //--------------------------------------------------------------------