common/clitkDicomRT_Contour.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  21 #include <vtkCellArray.h>
  22
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include "gdcmAttribute.h"
  25 #include "gdcmItem.h"
  26 #endif
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::DicomRT_Contour::DicomRT_Contour()
  30 {
  31   mMeshIsUpToDate = false;
  32   mNbOfPoints = 0;
  33   mZ = -1;
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 clitk::DicomRT_Contour::~DicomRT_Contour()
  40 {
  41
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 void clitk::DicomRT_Contour::Print(std::ostream & os) const
  49 {
  50   DD("TODO : print Contours");
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  57 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::Item const & item)
  58 {
  59   const gdcm::DataSet& nestedds2 = item.GetNestedDataSet();
  60
  61   // Contour type [Contour Geometric Type]
  62   gdcm::Attribute<0x3006,0x0042> contgeotype;
  63   contgeotype.SetFromDataSet( nestedds2 );
  64
  65   if (contgeotype.GetValue() != "CLOSED_PLANAR " && contgeotype.GetValue() != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
  66     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
  67     return false;
  68   }
  69   if (contgeotype.GetValue() == "POINT ") {
  70     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
  71       << std::endl;
  72   }
  73
  74   gdcm::Attribute<0x3006,0x0046> numcontpoints;
  75   numcontpoints.SetFromDataSet( nestedds2 );
  76   // Number of points [Number of Contour Points]
  77   mNbOfPoints = numcontpoints.GetValue();
  78   // DD(mNbOfPoints);
  79
  80   gdcm::Attribute<0x3006,0x0050> at;
  81   gdcm::Tag tcontourdata(0x3006,0x0050);
  82   const gdcm::DataElement & contourdata = nestedds2.GetDataElement( tcontourdata );
  83   at.SetFromDataElement( contourdata );
  84   const double* points = at.GetValues();
  85   unsigned int npts = at.GetNumberOfValues() / 3;
  86
  87   assert(at.GetNumberOfValues() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
  88
  89   // Organize values
  90   mData = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
  91   mData->SetDataTypeToDouble();
  92   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
  93   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
  94     double p[3];
  95     p[0] = points[i*3];
  96     p[1] = points[i*3+1];
  97     p[2] = points[i*3+2];
  98     mData->SetPoint(i, p);
  99     if (mZ == -1) mZ = p[2];
 100     if (p[2] != mZ) {
 101       DD(i);
 102       DD(p[2]);
 103       DD(mZ);
 104       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
 105       assert(p[2] == mZ);
 106     }
 107   }
 108
 109   return true;
 110
 111 }
 112 #else
 113 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::SQItem * item)
 114 {
 115
 116   // Contour type [Contour Geometric Type]
 117   mType = item->GetEntryValue(0x3006,0x0042);
 118   // DD(mType);
 119   if (mType != "CLOSED_PLANAR " && mType != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
 120     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
 121     return false;
 122   }
 123   if (mType == "POINT ") {
 124     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
 125       << std::endl;
 126   }
 127
 128   // Number of points [Number of Contour Points]
 129   mNbOfPoints = parse_value<int>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0046));
 130   // DD(mNbOfPoints);
 131
 132   // Read values [Contour Data]
 133   std::vector<float> points = parse_string<float>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0050),'\\');
 134   assert(points.size() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
 135
 136   // Organize values
 137   mData = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
 138   mData->SetDataTypeToDouble();
 139   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
 140   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
 141     double p[3];
 142     p[0] = points[i*3];
 143     p[1] = points[i*3+1];
 144     p[2] = points[i*3+2];
 145     mData->SetPoint(i, p);
 146     if (mZ == -1) mZ = p[2];
 147     if (p[2] != mZ) {
 148       DD(i);
 149       DD(p[2]);
 150       DD(mZ);
 151       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
 152       assert(p[2] == mZ);
 153     }
 154   }
 155
 156   return true;
 157 }
 158 #endif
 159 //--------------------------------------------------------------------
 160
 161
 162 //--------------------------------------------------------------------
 163 vtkPolyData * clitk::DicomRT_Contour::GetMesh()
 164 {
 165   if (!mMeshIsUpToDate) {
 166     ComputeMesh();
 167   }
 168   return mMesh;
 169 }
 170 //--------------------------------------------------------------------
 171
 172
 173 //--------------------------------------------------------------------
 174 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeMesh()
 175 {
 176 //  DD("ComputeMesh Contour");
 177   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 178   mMesh->Allocate(); //for cell structures
 179   mPoints = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
 180   mMesh->SetPoints(mPoints);
 181   vtkIdType ids[2];
 182   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
 183     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
 184                                         mData->GetPoint(idx)[1],
 185                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
 186     ids[0]=idx;
 187     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
 188     // DD(ids[0]);
 189 //     DD(ids[1]);
 190     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
 191   }
 192   // DD(mMesh->GetNumberOfCells());
 193   mMeshIsUpToDate = true;
 194 }
 195 //--------------------------------------------------------------------