common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI() {
  26   mName = "NoName";
  27   mNumber = -1;
  28   mColor.resize(3);
  29   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  30   mMeshIsUpToDate = false;
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI() {
  37
  38 }
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b) {
  44   mColor.resize(3);
  45   mColor[0] = r;
  46   mColor[1] = v;
  47   mColor[2] = b;
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const {
  54   return mNumber;
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const {
  61   return mName;
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const {
  68   return mColor;
  69 }
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const {
  75   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  76      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  77      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  78 }
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80
  81
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg){
  84   mBackgroundValue = bg;
  85 }
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87
  88
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const {
  91   return mBackgroundValue;
  92 }
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item) {
  98
  99   // Change number if needed
 100
 101   // TODO
 102
 103   // ROI number [Referenced ROI Number]
 104   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 105
 106   // Retrieve ROI Name
 107   mName = rois[mNumber];
 108
 109   // ROI Color [ROI Display Color]
 110   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 111
 112   // Read contours [Contour Sequence]
 113   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 114   for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem();j!=0;j=contours->GetNextSQItem()) {
 115     DicomRT_Contour * c = new DicomRT_Contour;
 116     bool b = c->Read(j);
 117     if (b) mListOfContours.push_back(c);
 118   }
 119 }
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh() {
 125   if (!mMeshIsUpToDate) {
 126     ComputeMesh();
 127   }
 128   return mMesh;
 129 }
 130 //--------------------------------------------------------------------
 131
 132
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh() {
 135   vtkAppendPolyData * append = vtkAppendPolyData::New();
 136   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 137     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 138   }
 139   append->Update();
 140   mMesh = append->GetOutput();
 141   mMeshIsUpToDate = true;
 142 }
 143 //--------------------------------------------------------------------
 144
 145
 146 //--------------------------------------------------------------------
 147 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
 148                                             std::string name,
 149                                             std::vector<double> color) {
 150
 151   // ROI number [Referenced ROI Number]
 152   mNumber = n;
 153
 154   // ROI Name
 155   mName = name;
 156
 157   // ROI Color [ROI Display Color]
 158   mColor = color;
 159
 160   // No contours [Contour Sequence]
 161   mListOfContours.clear();
 162
 163   // Set image
 164   mImage = image;
 165 }
 166 //--------------------------------------------------------------------
 167
 168
 169 //--------------------------------------------------------------------
 170 const vvImage::Pointer clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const {
 171   return mImage;
 172 }
 173 //--------------------------------------------------------------------