common/clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter.cxx

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   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter.h"
  21 #include <vtkPolyDataToImageStencil.h>
  22 #include <vtkSmartPointer.h>
  23 #include <vtkImageStencil.h>
  24 #include <vtkLinearExtrusionFilter.h>
  25 #include <itkVTKImageToImageFilter.h>
  26 #include "clitkImageCommon.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter()
  30 {
  31   mROI = NULL;
  32   mImageInfoIsSet = false;
  33   mWriteOutput = false;
  34   mCropMask = true;
  35 }
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::~DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter()
  41 {
  42
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetROI(clitk::DicomRT_ROI * roi)
  49 {
  50   mROI = roi;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetCropMaskEnabled(bool b)
  57 {
  58   mCropMask = b;
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetOutputImageFilename(std::string s)
  65 {
  66   mOutputFilename = s;
  67   mWriteOutput = true;
  68 }
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70
  71
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::SetImageFilename(std::string f)
  74 {
  75   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(f);
  76   if (header->GetNumberOfDimensions() < 3) {
  77     std::cerr << "Error. Please provide a 3D image instead of " << f << std::endl;
  78     exit(0);
  79   }
  80   if (header->GetNumberOfDimensions() > 3) {
  81     std::cerr << "Warning dimension > 3 are ignored" << std::endl;
  82   }
  83   mSpacing.resize(3);
  84   mOrigin.resize(3);
  85   mSize.resize(3);
  86   for(unsigned int i=0; i<3; i++) {
  87     mSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  88     mOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
  89     mSize[i] = header->GetDimensions(i);
  90   }
  91   mImageInfoIsSet = true;
  92 }
  93 //--------------------------------------------------------------------
  94
  95
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97 void clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::Update()
  98 {
  99   if (!mROI) {
 100     std::cerr << "Error. No ROI set, please use SetROI." << std::endl;
 101     exit(0);
 102   }
 103   if (!mImageInfoIsSet) {
 104     std::cerr << "Error. Please provide image info (spacing/origin) with SetImageFilename" << std::endl;
 105     exit(0);
 106   }
 107   // DD("Update");
 108
 109   // Get Mesh
 110   vtkPolyData * mesh = mROI->GetMesh();
 111   DD(mesh->GetNumberOfCells());
 112
 113   // Get bounds
 114   double *bounds=mesh->GetBounds();
 115   // for(int i=0; i<6; i++){
 116 //     DD(bounds[i]);
 117 //   }
 118
 119   // Compute origin
 120   std::vector<double> origin;
 121   origin.resize(3);
 122   origin[0] = floor((bounds[0]-mOrigin[0])/mSpacing[0]-2)*mSpacing[0]+mOrigin[0];
 123   origin[1] = floor((bounds[2]-mOrigin[1])/mSpacing[1]-2)*mSpacing[1]+mOrigin[1];
 124   origin[2] = floor((bounds[4]-mOrigin[2])/mSpacing[2]-2)*mSpacing[2]+mOrigin[2];
 125
 126   // Compute extend
 127   std::vector<double> extend;
 128   extend.resize(3);
 129   extend[0] = ceil((bounds[1]-origin[0])/mSpacing[0]+4);
 130   extend[1] = ceil((bounds[3]-origin[1])/mSpacing[1]+4);
 131   extend[2] = ceil((bounds[5]-origin[2])/mSpacing[2]+4);
 132
 133   // If no crop, set initial image size/origin
 134   if (!mCropMask) {
 135     for(int i=0; i<3; i++) {
 136       origin[i] = mOrigin[i];
 137       extend[i] = mSize[i]-1;
 138     }
 139   }
 140
 141   // Create new output image
 142   mBinaryImage = vtkImageData::New();
 143   mBinaryImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
 144   mBinaryImage->SetOrigin(&origin[0]);
 145   mBinaryImage->SetSpacing(&mSpacing[0]);
 146   mBinaryImage->SetExtent(0, extend[0],
 147                           0, extend[1],
 148                           0, extend[2]);
 149   mBinaryImage->AllocateScalars();
 150
 151   // for(int i=0; i<3; i++){
 152   //     DD(origin[i]);
 153   //     DD(extend[i]);
 154   //     DD(mBinaryImage->GetDimensions()[i]);
 155   //   }
 156   memset(mBinaryImage->GetScalarPointer(), 0,
 157          mBinaryImage->GetDimensions()[0]*mBinaryImage->GetDimensions()[1]*mBinaryImage->GetDimensions()[2]*sizeof(unsigned char));
 158
 159   // Extrude
 160   vtkSmartPointer<vtkLinearExtrusionFilter> extrude=vtkSmartPointer<vtkLinearExtrusionFilter>::New();
 161   extrude->SetInput(mesh);
 162   ///We extrude in the -slice_spacing direction to respect the FOCAL convention // ?????????????
 163   extrude->SetVector(0, 0, -mSpacing[2]);
 164
 165   // Binarization
 166   vtkSmartPointer<vtkPolyDataToImageStencil> sts=vtkSmartPointer<vtkPolyDataToImageStencil>::New();
 167   //The following line is extremely important
 168   //http://www.nabble.com/Bug-in-vtkPolyDataToImageStencil--td23368312.html#a23370933
 169   sts->SetTolerance(0);
 170   sts->SetInformationInput(mBinaryImage);
 171   sts->SetInput(extrude->GetOutput());
 172   //sts->SetInput(mesh);
 173
 174   vtkSmartPointer<vtkImageStencil> stencil=vtkSmartPointer<vtkImageStencil>::New();
 175   stencil->SetStencil(sts->GetOutput());
 176   stencil->SetInput(mBinaryImage);
 177   stencil->ReverseStencilOn();
 178   stencil->Update();
 179   mBinaryImage->ShallowCopy(stencil->GetOutput());
 180
 181   if (mWriteOutput) {
 182     typedef itk::Image<unsigned char, 3> ImageType;
 183     typedef itk::VTKImageToImageFilter<ImageType> ConnectorType;
 184     ConnectorType::Pointer connector = ConnectorType::New();
 185     connector->SetInput(GetOutput());
 186     connector->Update();
 187     clitk::writeImage<ImageType>(connector->GetOutput(), mOutputFilename);
 188   }
 189 }
 190 //--------------------------------------------------------------------
 191
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 193
 194 //--------------------------------------------------------------------
 195 vtkImageData * clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter::GetOutput()
 196 {
 197   return mBinaryImage;
 198 }
 199 //--------------------------------------------------------------------