common/clitkDicomRT_StructureSet.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  21 #include <vtksys/SystemTools.hxx>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::DicomRT_StructureSet::DicomRT_StructureSet() {
  25   mStudyID = "NoStudyID";
  26   mStudyTime = "NoStudyTime";
  27   mStudyDate = "NoStudyDate";
  28   mLabel = "NoLabel";
  29   mName = "NoName";
  30   mDate = "NoDate";
  31   mTime = "NoTime";
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 clitk::DicomRT_StructureSet::~DicomRT_StructureSet() {
  38
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyID() const {
  45   return mStudyID;
  46 }
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48
  49
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyTime() const{
  52   return mStudyTime;
  53 }
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetStudyDate() const {
  59   return mStudyDate;
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetLabel() const {
  66   return mLabel;
  67 }
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetName() const {
  73   return mName;
  74 }
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76
  77
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetDate() const {
  80   return mDate;
  81 }
  82 //--------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86 const std::string & clitk::DicomRT_StructureSet::GetTime() const {
  87   return mTime;
  88 }
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & clitk::DicomRT_StructureSet::GetListOfROI() const {
  94   return mListOfROI;
  95 }
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97
  98
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100 clitk::DicomRT_ROI* clitk::DicomRT_StructureSet::GetROI(int n) {
 101   if (mMapOfROIIndex.find(n) == mMapOfROIIndex.end()) {
 102     std::cerr << "No ROI number " << n << std::endl;
 103     return NULL;
 104   }
 105   DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetName());
 106   DD(mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]]->GetROINumber());
 107   return mListOfROI[mMapOfROIIndex[n]];
 108 }
 109 //--------------------------------------------------------------------
 110
 111
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113 void clitk::DicomRT_StructureSet::Print(std::ostream & os) const {
 114   os << "Study ID      = " << mStudyID << std::endl
 115      << "Study Date    = " << mStudyDate << std::endl
 116      << "Study Time    = " << mStudyTime << std::endl
 117      << "Struct Label  = " << mLabel << std::endl
 118      << "Struct Name   = " << mName << std::endl
 119      << "Struct Time   = " << mTime << std::endl
 120      << "Number of ROI = " << mListOfROI.size() << std::endl;
 121   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 122     mListOfROI[i]->Print(os);
 123   }
 124 }
 125 //--------------------------------------------------------------------
 126
 127
 128 //--------------------------------------------------------------------
 129 void clitk::DicomRT_StructureSet::Read(const std::string & filename) {
 130   // Open DICOM
 131   gdcm::File reader;
 132   reader.SetFileName(filename.c_str());
 133   reader.SetMaxSizeLoadEntry(16384); // Needed ...
 134   reader.SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW); // don't load shadow tags (in order to save memory)
 135   reader.Load();
 136
 137   // Check file type
 138   //Verify if the file is a RT-Structure-Set dicom file
 139   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0016),"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3")) {  //SOP clas UID
 140     std::cerr << "Error. the file " << filename
 141               << " is not a Dicom Struct ? (must have a SOP Class UID [0008|0016] = 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3 ==> [RT Structure Set Storage])"
 142               << std::endl;
 143     exit(0);
 144   }
 145   if (!gdcm::Util::DicomStringEqual(reader.GetEntryValue(0x0008,0x0060),"RTSTRUCT")) {  //SOP clas UID
 146     std::cerr << "Error. the file " << filename
 147               << " is not a Dicom Struct ? (must have 0x0008,0x0060 = RTSTRUCT [RT Structure Set Storage])"
 148               << std::endl;
 149     exit(0);
 150   }
 151
 152   // Read global info
 153   mStudyID   = reader.GetValEntry(0x0020,0x0010)->GetValue();
 154   mStudyTime = reader.GetValEntry(0x008,0x0020)->GetValue();
 155   mStudyDate = reader.GetValEntry(0x008,0x0030)->GetValue();
 156   mLabel     = reader.GetValEntry(0x3006,0x002)->GetValue();
 157   mName      = reader.GetValEntry(0x3006,0x004)->GetValue();
 158   mTime      = reader.GetValEntry(0x3006,0x009)->GetValue();
 159
 160   //----------------------------------
 161   // Read all ROI Names and number
 162   // 0x3006,0x0020 = [ Structure Set ROI Sequence ]
 163   gdcm::SeqEntry * roi_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0020);
 164   assert(roi_seq); // TODO error message
 165   for (gdcm::SQItem* r=roi_seq->GetFirstSQItem();r!=0;r=roi_seq->GetNextSQItem()) {
 166     std::string name = r->GetEntryValue(0x3006,0x0026);      // 0x3006,0x0026 = [ROI Name]
 167     int nb = atoi(r->GetEntryValue(0x3006,0x0022).c_str());  // 0x3006,0x0022 = [ROI Number]
 168     // Change number if needed
 169
 170     //TODO
 171
 172     // Check if such a number already exist
 173     if (mMapOfROIName.find(nb) != mMapOfROIName.end()) {
 174       std::cerr << "WARNING. A Roi already exist with the number "
 175                 << nb << ". I replace." << std::endl;
 176     }
 177     // Add in map
 178     mMapOfROIName[nb] = name;
 179   }
 180   // DD(mMapOfROIName.size());
 181
 182   //----------------------------------
 183   // Read all ROI
 184   // 0x3006,0x0039 = [ ROI Contour Sequence ]
 185   gdcm::SeqEntry * roi_contour_seq=reader.GetSeqEntry(0x3006,0x0039);
 186   assert(roi_contour_seq); // TODO error message
 187   int n=0;
 188   for (gdcm::SQItem* r=roi_contour_seq->GetFirstSQItem();r!=0;r=roi_contour_seq->GetNextSQItem()) {
 189     DicomRT_ROI * roi = new DicomRT_ROI;
 190     roi->Read(mMapOfROIName, r);
 191     mListOfROI.push_back(roi);
 192     mMapOfROIIndex[roi->GetROINumber()] = n;
 193     n++;
 194   }
 195
 196 }
 197 //--------------------------------------------------------------------
 198
 199
 200 //--------------------------------------------------------------------
 201 int clitk::DicomRT_StructureSet::AddBinaryImageAsNewROI(vvImage::Pointer im, std::string n) {
 202   DD("AddBinaryImageAsNewROI");
 203   // Search max ROI number
 204   int max = -1;
 205   for(unsigned int i=0; i<mListOfROI.size(); i++) {
 206     if (mListOfROI[i]->GetROINumber() > max)
 207       max = mListOfROI[i]->GetROINumber();
 208   }
 209   DD(max);
 210   ++max;
 211   DD(max);
 212
 213   // Compute name
 214   std::ostringstream oss;
 215   oss << vtksys::SystemTools::GetFilenameName(vtksys::SystemTools::GetFilenameWithoutLastExtension(n))
 216       << "_roi_" << max << vtksys::SystemTools::GetFilenameLastExtension(n);
 217   DD(oss.str());
 218   mMapOfROIName[max] = oss.str();
 219
 220   // Set color
 221   std::vector<double> color;
 222   color.push_back(1);
 223   color.push_back(0);
 224   color.push_back(0);
 225
 226   // Create ROI
 227   DicomRT_ROI * roi = new DicomRT_ROI;
 228   roi->SetFromBinaryImage(im,
 229                           max,
 230                           oss.str(),
 231                           color);
 232   mListOfROI.push_back(roi);
 233   mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1] = max;
 234   DD(mMapOfROIIndex[mListOfROI.size()-1]);
 235   return max;
 236 }
 237 //--------------------------------------------------------------------
 238
 239