common/clitkHisImageIO.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKHISIMAGEIO_CXX
  19 #define CLITKHISIMAGEIO_CXX
  20 #define HEADER_INFO_SIZE 68
  21 /**
  22    -------------------------------------------------
  23    * @file   clitkHisImageIO.cxx
  24    * @author Simon Rit <simon.rit@gmail.com>
  25    * @date   16 Feb 2010
  26    *
  27    * @brief
  28    *
  29    *
  30    -------------------------------------------------*/
  31
  32 // Based on a true story by the Nederlands Kanker Instituut (AVS_HEIMANN.CPP from the 20090608)
  33
  34 // std include
  35 #include <fstream>
  36
  37 // clitk include
  38 #include "clitkHisImageIO.h"
  39 #include "clitkCommon.h"
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 // Read Image Information
  43 void clitk::HisImageIO::ReadImageInformation()
  44 {
  45   // open file
  46   std::ifstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
  47   if ( file.fail() )
  48     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
  49
  50   // read header
  51   char header[HEADER_INFO_SIZE];
  52   file.read(header, HEADER_INFO_SIZE);
  53
  54   if (header[0]!=0 || header[1]!=112 || header[2]!=68 || header[3]!=0) {
  55     itkExceptionMacro(<< "clitk::HisImageIO::ReadImageInformation: file " << m_FileName << " not in Heimann HIS format version 100");
  56     return;
  57   }
  58
  59   int nrframes, type, ulx, uly, brx, bry;
  60   m_HeaderSize  = header[10] + (header[11]<<8);
  61   ulx      = header[12] + (header[13]<<8);
  62   uly      = header[14] + (header[15]<<8);
  63   brx      = header[16] + (header[17]<<8);
  64   bry      = header[18] + (header[19]<<8);
  65   nrframes = header[20] + (header[21]<<8);
  66   type     = header[32] + (header[34]<<8);
  67
  68   switch(type) {
  69   case  4:
  70     SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
  71     break;
  72 //    case  8: SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);   break;
  73 //    case 16: SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT); break;
  74 //    case 32: SetComponentType(itk::ImageIOBase::INT);   break;
  75   default:
  76     SetComponentType(itk::ImageIOBase::USHORT);
  77     break;
  78   }
  79
  80   switch(nrframes) {
  81   case 1:
  82     SetNumberOfDimensions(2);
  83     break;
  84   default:
  85     SetNumberOfDimensions(3);
  86     break;
  87   }
  88
  89   SetDimensions(0, bry-uly+1);
  90   SetDimensions(1, brx-ulx+1);
  91   if (nrframes>1)
  92     SetDimensions(2, nrframes);
  93 } ////
  94
  95 //--------------------------------------------------------------------
  96 // Read Image Information
  97 bool clitk::HisImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
  98 {
  99   std::string filename(FileNameToRead);
 100   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 101   if (filenameext != std::string("his")) return false;
 102   return true;
 103 } ////
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 // Read Image Content
 107 void clitk::HisImageIO::Read(void * buffer)
 108 {
 109   // open file
 110   std::ifstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
 111   if ( file.fail() )
 112     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << m_FileName);
 113
 114
 115   file.seekg(m_HeaderSize+HEADER_INFO_SIZE, std::ios::beg);
 116   if ( file.fail() )
 117     itkExceptionMacro(<<"File seek failed (His Read)");
 118
 119
 120   file.read((char*)buffer, GetImageSizeInBytes());
 121   if ( file.fail() )
 122     itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
 123                       << GetImageSizeInBytes()
 124                       << " bytes, but read "
 125                       << file.gcount() << " bytes. The current state is: "
 126                       << file.rdstate());
 127 }
 128
 129 //--------------------------------------------------------------------
 130 bool clitk::HisImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
 131 {
 132   std::string filename(FileNameToWrite);
 133   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 134   if (filenameext != std::string("his")) return false;
 135   return true;
 136 }
 137
 138 //--------------------------------------------------------------------
 139 // Write Image
 140 void clitk::HisImageIO::Write(const void* buffer)
 141 {
 142   std::ofstream file(m_FileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary);
 143   if ( file.fail() )
 144     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << m_FileName);
 145
 146   m_HeaderSize = HEADER_INFO_SIZE + 32;
 147   char szHeader[HEADER_INFO_SIZE + 32] = {
 148     0x00, 0x70, 0x44, 0x00, 0x64, 0x00, 0x64, 0x00, 0x20, 0x00, 0x20, 0x00, 0x01, 0x00, 0x01, 0x00,
 149     0x00, 0x04, 0x00, 0x04, 0x01, 0x00, 0x03, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x6A, 0x18, 0x41,
 150     0x04, 0x00, 0x40, 0x5F, 0x48, 0x01, 0x40, 0x00, 0x86, 0x00, 0x00, 0x00, 0x01, 0x00, 0x00, 0x00,
 151     0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x08, 0x63, 0x13, 0x00, 0xE8, 0x51, 0x13, 0x00, 0x5C, 0xE7, 0x12, 0x00,
 152     0xFE, 0x2A, 0x49, 0x5F, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
 153     0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00,
 154     0x00, 0x00, 0x00, 0x00
 155   };
 156
 157   /* Fill into the header the essentials
 158      The 'iheader' in previous module is fixed to 0x20, and is included in szHeader.
 159      The 'ulx' and 'uly' are fixed to 0x01, so that 'brx' and 'bry' reflect the dimensions of
 160      the image.
 161   */
 162   const unsigned int ndim = GetNumberOfDimensions();
 163   if ((ndim < 2) || (ndim > 3))
 164     itkExceptionMacro( <<"Only 2D or 3D support");
 165
 166   szHeader[16] = (char)(GetDimensions(0) % 256);        // X-size       lsb
 167   szHeader[17] = (char)(GetDimensions(0) / 256);        // X-size       msb
 168   szHeader[18] = (char)(GetDimensions(1) % 256);        // Y-size       lsb
 169   szHeader[19] = (char)(GetDimensions(1) / 256);        // Y-size       msb
 170   if (ndim == 3) {
 171     szHeader[20] = (char)(GetDimensions(0) % 256);      // NbFrames     lsb
 172     szHeader[21] = (char)(GetDimensions(0) / 256);      // NbFrames     msb
 173   }
 174
 175   switch (GetComponentType()) {
 176   case itk::ImageIOBase::USHORT:
 177     szHeader[32] = 4;
 178     break;
 179     //case AVS_TYPE_INTEGER:
 180     //  szHeader[32] = 8;
 181     //  break;
 182     //case AVS_TYPE_REAL:
 183     //  szHeader[32] = 16;
 184     //  break;
 185   default:
 186     itkExceptionMacro(<< "Unsupported field type");
 187     break;
 188   }
 189
 190   file.write(szHeader, m_HeaderSize);
 191   file.write((const char *)buffer, GetImageSizeInBytes());
 192   file.close();
 193 } ////
 194
 195 #endif /* end #define CLITKHISIMAGEIO_CXX */
 196