common/clitkIOCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
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   3 Program:   clitk
   4 Module:    $RCSfile: clitkIOCommon.cxx,v $
   5 Language:  C++
   6 Date:      $Date: 2010/01/06 13:32:01 $
   7 Version:   $Revision: 1.1 $
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   9 Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10 l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11 http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
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  14 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15 PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
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  19 #ifndef CLITKIOCOMMON_CXX
  20 #define CLITKIOCOMMON_CXX
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  22 /**
  23    =================================================
  24    * @file   clitkIOCommon.cxx
  25    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  26    * @date   18 May 2006 11:42:37
  27    *
  28    * @brief
  29    *
  30    *
  31    =================================================*/
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  33 // clitk include
  34 #include "clitkIOCommon.h"
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  36 //====================================================================
  37 // Open a file for reading
  38 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename) {
  39   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
  40   if ( is.fail() ) {
  41     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
  42   }
  43 }
  44 //====================================================================
  45
  46 //====================================================================
  47 // Open a file for writing
  48 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)  {
  49   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
  50   if ( os.fail() ) {
  51     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
  52   }
  53 }
  54 //====================================================================
  55
  56 //====================================================================
  57 // Read a dicom header
  58 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  59                                     const bool verbose) {
  60   if (verbose) {
  61     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  62   }
  63   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  64   header->SetFileName(filename);
  65   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  66   header->Load();
  67   return header;
  68 }
  69 //====================================================================
  70
  71 //====================================================================
  72 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename) {
  73   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  74     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  75   if (!reader) return NULL;
  76   reader->SetFileName(filename);
  77   reader->ReadImageInformation();
  78   return reader;
  79 }
  80 //====================================================================
  81
  82 //====================================================================
  83 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level) {
  84   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  85   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  86   std::vector<int> inputSize;
  87   std::vector<double> inputSpacing;
  88   inputSize.resize(dim);
  89   inputSpacing.resize(dim);
  90   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  91     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  92     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  93   }
  94   int pixelSize =
  95     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
  96   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  97   if (level == 0) {
  98     os << dim << "D ";
  99     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 100     else os << pixelTypeName;
 101     os << " ";
 102     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 103       os << inputSize[i] << "x";
 104     os << inputSize[dim-1]
 105        << "  ";
 106     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 107       os << inputSpacing[i] << "x";
 108     os << inputSpacing[dim-1];
 109   }
 110   else {
 111     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 112     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 113     if (nbOfComponents > 1)
 114       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 115     os << "Size      = ";
 116     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 117       os << inputSize[i] << " ";
 118     }
 119     os << std::endl;
 120     os << "Spacing   = ";
 121     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 122       os << inputSpacing[i] << " ";
 123     }
 124     os << std::endl;
 125     if (level > 1) {
 126       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 127       os << "Size (mm) = ";
 128       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 129         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 130       }
 131       os << "mm" << std::endl;
 132       os << "Volume    = ";
 133       double vol=1.0;
 134       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 135         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 136       }
 137       os << vol << " cc" << std::endl;
 138       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 139       double memKb = (double)mem/1024.0;
 140       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 141       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 142       if (lrint(memKb) <= 0)
 143         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 144       else {
 145         if (lrint(memMb) <= 0)
 146           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 147         else {
 148           if (lrint(memGb) <= 0)
 149             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 150           else
 151             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 152         }
 153       }
 154     }
 155   }
 156 }
 157 //====================================================================
 158
 159 #endif /* end #define CLITKIO_CXX */
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