common/clitkImageCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_CXX
  19 #define CLITKIMAGECOMMON_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageCommon.cxx
  23    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   02 Oct 2007 14:30:47
  25    *
  26    * @brief
  27    *
  28    *
  29    ------------------------------------------------=*/
  30
  31 #include "clitkImageCommon.h"
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  35     int & dimension,
  36     std::string & pixeType)
  37 {
  38   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  39     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  40   if (!genericReader) {
  41     std::cerr << "Image file format unknown while reading " << filename << std::endl;
  42     exit(0);
  43   }
  44   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  45   genericReader->ReadImageInformation();
  46   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  47   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 void clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename,
  54     int & dimension,
  55     std::string & pixeType, int & components)
  56 {
  57   itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  58     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  59   if (!genericReader) {
  60     std::cerr << "Image file format unknown while reading " << filename << std::endl;
  61     exit(0);
  62   }
  63   genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  64   genericReader->ReadImageInformation();
  65   pixeType = genericReader->GetComponentTypeAsString(genericReader->GetComponentType());
  66   dimension = genericReader->GetNumberOfDimensions();
  67   components= genericReader->GetNumberOfComponents();
  68 }
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 // Read a dicom header
  73 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  74                                     const bool verbose)
  75 {
  76   if (verbose) {
  77     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  78   }
  79   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  80   header->SetFileName(filename);
  81   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  82   header->Load();
  83   return header;
  84 }
  85 //--------------------------------------------------------------------
  86
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error)
  89 {
  90   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  91     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  92   if (!reader) {
  93     if (exit_on_error) { //default behavior for tools who don't handle the problem
  94       std::cerr << "Error reading file " << filename << ", exiting immediately" << std::endl;
  95       std::exit(-1);
  96     } else
  97       return NULL;
  98   }
  99   reader->SetFileName(filename);
 100   reader->ReadImageInformation();
 101   return reader;
 102 }
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level)
 107 {
 108   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
 109   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
 110   std::vector<int> inputSize;
 111   std::vector<double> inputSpacing;
 112   std::vector<double> inputOrigin;
 113   inputSize.resize(dim);
 114   inputSpacing.resize(dim);
 115   inputOrigin.resize(dim);
 116   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 117     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 118     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
 119     inputOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 120   }
 121   int pixelSize =
 122     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
 123   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
 124   if (level == 0) {
 125     os << dim << "D ";
 126     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
 127     else os << pixelTypeName;
 128     os << " ";
 129     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 130       os << inputSize[i] << "x";
 131     os << inputSize[dim-1]
 132        << "  ";
 133     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 134       os << inputSpacing[i] << "x";
 135     os << inputSpacing[dim-1]
 136        << "  ";
 137     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
 138       os << inputOrigin[i] << "x";
 139     os << inputOrigin[dim-1] << " ";
 140   } else {
 141     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 142     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 143     if (nbOfComponents > 1)
 144       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 145     os << "Size      = ";
 146     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 147       os << inputSize[i] << " ";
 148     }
 149     os << std::endl;
 150     os << "Spacing   = ";
 151     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 152       os << inputSpacing[i] << " ";
 153     }
 154     os << std::endl;
 155     if (level > 1) {
 156       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 157       os << "Size (mm) = ";
 158       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 159         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 160       }
 161       os << "mm" << std::endl;
 162       os << "Origin (mm)= ";
 163       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 164         os << inputOrigin[i] << " ";
 165       }
 166       os << "mm" << std::endl;
 167
 168       os << "Volume    = ";
 169       double vol=1.0;
 170       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 171         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 172       }
 173       os << vol << " cc" << std::endl;
 174       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 175       double memKb = (double)mem/1024.0;
 176       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 177       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 178       if (lrint(memKb) <= 0)
 179         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 180       else {
 181         if (lrint(memMb) <= 0)
 182           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 183         else {
 184           if (lrint(memGb) <= 0)
 185             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 186           else
 187             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 188         }
 189       }
 190     }
 191   }
 192 }
 193 //--------------------------------------------------------------------
 194
 195 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_CXX */
 196