common/clitkImageCommon.h

   1 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
   2 #define CLITKIMAGECOMMON_H
   3 /**
   4  -------------------------------------------------------------------
   5  * @file   clitkImageCommon.h
   6  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7  * @date   07 Sep 2007 11:30:10
   8
   9  * @brief
  10
  11  -------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 // clitk
  14 #include "clitkCommon.h"
  15
  16 // itk
  17 #include "itkImage.h"
  18 #include "itkImageFileReader.h"
  19 #include "itkImageSeriesReader.h"
  20 #include "itkImageFileWriter.h"
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmFileHelper.h"
  23
  24
  25 namespace clitk {
  26
  27   //--------------------------------------------------------------------
  28   // New Image creation (no allocation)
  29   template<class PixelType>
  30   typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  31   template<class PixelType>
  32   typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  33   template<class PixelType>
  34   typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  35   template<class PixelType>
  36   typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  37
  38   //--------------------------------------------------------------------
  39   // New Image creation (with allocation)
  40
  41   //--------------------------------------------------------------------
  42   // Read an Write image
  43   // template<class ImageType>
  44   //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  45   template<typename ImageType>
  46   typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  47   template<typename ImageType>
  48   typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  49   template<class ImageType>
  50   void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  51 //   template<class ImageType>
  52 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  53   template<class ImageType>
  54   void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  55
  56   //--------------------------------------------------------------------
  57   // Read/print image header
  58   itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename,bool exit_on_error=true);
  59   void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  60
  61   //--------------------------------------------------------------------
  62   // Determine pixetype and dimension of an image file
  63   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  64
  65   //--------------------------------------------------------------------
  66   // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  67   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  68
  69   //--------------------------------------------------------------------
  70   // Read a dicom header
  71   gdcm::File * readDicomHeader(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  72
  73   //--------------------------------------------------------------------
  74   template<class ImageType>
  75   int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  76                                        std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  77   template<class InputImageType, class MaskImageType>
  78   void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  79                                    const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  80                                    const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  81                                    std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  82                                    std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
  83
  84 #include "clitkImageCommon.txx"
  85
  86 } // end namespace
  87
  88 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
  89