common/clitkImageCommon.h

   1 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
   2 #define CLITKIMAGECOMMON_H
   3
   4 /**
   5  -------------------------------------------------------------------
   6  * @file   clitkImageCommon.h
   7  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8  * @date   07 Sep 2007 11:30:10
   9
  10  * @brief
  11
  12  -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // clitk
  15 #include "clitkCommon.h"
  16
  17 // itk
  18 #include "itkImage.h"
  19 #include "itkImageFileReader.h"
  20 #include "itkImageSeriesReader.h"
  21 #include "itkImageFileWriter.h"
  22 #include "gdcmFile.h"
  23 #include "gdcmFileHelper.h"
  24
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28   //--------------------------------------------------------------------
  29   // New Image creation (no allocation)
  30   template<class PixelType>
  31   typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  32   template<class PixelType>
  33   typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  34   template<class PixelType>
  35   typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  36   template<class PixelType>
  37   typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  38
  39   //--------------------------------------------------------------------
  40   // New Image creation (with allocation)
  41
  42   //--------------------------------------------------------------------
  43   // Read an Write image
  44   // template<class ImageType>
  45   //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  46   template<typename ImageType>
  47   typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  48   template<typename ImageType>
  49   typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  50   template<class ImageType>
  51   void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  52 //   template<class ImageType>
  53 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  54   template<class ImageType>
  55   void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  56
  57   //--------------------------------------------------------------------
  58   // Read/print image header
  59   itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename);
  60   void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  61
  62   //--------------------------------------------------------------------
  63   // Determine pixetype and dimension of an image file
  64   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  65
  66   //--------------------------------------------------------------------
  67   // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  68   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  69
  70   //--------------------------------------------------------------------
  71   // Read a dicom header
  72   gdcm::File * readDicomHeader(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  73
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75   template<class ImageType>
  76   int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  77                                        std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  78   template<class InputImageType, class MaskImageType>
  79   void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  80                                    const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  81                                    const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  82                                    std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  83                                    std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
  84
  85 #include "clitkImageCommon.txx"
  86
  87 } // end namespace
  88
  89 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
  90