common/clitkImageCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECOMMON_H
  19 #define CLITKIMAGECOMMON_H
  20 /**
  21  -------------------------------------------------------------------
  22  * @file   clitkImageCommon.h
  23  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   07 Sep 2007 11:30:10
  25
  26  * @brief
  27
  28  -------------------------------------------------------------------*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkCommon.h"
  32
  33 // itk
  34 #include "itkImage.h"
  35 #include "itkImageFileReader.h"
  36 #include "itkImageSeriesReader.h"
  37 #include "itkImageFileWriter.h"
  38 #include "gdcmFile.h"
  39 #include "gdcmFileHelper.h"
  40
  41
  42 namespace clitk {
  43
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45   // New Image creation (no allocation)
  46   template<class PixelType>
  47   typename itk::Image<PixelType,1>::Pointer NewImage1D(int size, double spacing=1.0);
  48   template<class PixelType>
  49   typename itk::Image<PixelType,2>::Pointer NewImage2D(int sx, int sy, double dx=1.0, double dy=1.0);
  50   template<class PixelType>
  51   typename itk::Image<PixelType,3>::Pointer NewImage3D(int sx, int sy, int sz, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0);
  52   template<class PixelType>
  53   typename itk::Image<PixelType,4>::Pointer NewImage4D(int sx, int sy, int sz, int st, double dx=1.0, double dy=1.0, double dz=1.0, double dt=1.0);
  54
  55   //--------------------------------------------------------------------
  56   // New Image creation (with allocation)
  57
  58   //--------------------------------------------------------------------
  59   // Read an Write image
  60   // template<class ImageType>
  61   //   typename ImageType::Pointer ReadImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  62   template<typename ImageType>
  63   typename ImageType::Pointer readImage(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  64   template<typename ImageType>
  65   typename ImageType::Pointer readImage(const std::vector<std::string> & filenames, const bool verbose=false);
  66   template<class ImageType>
  67   void writeImage(const typename ImageType::Pointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  68 //   template<class ImageType>
  69 //   void writeConstImage(const typename ImageType::ConstPointer image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  70   template<class ImageType>
  71   void writeImage(const ImageType* image, const std::string & filename, const bool verbose=false);
  72
  73   //--------------------------------------------------------------------
  74   // Read/print image header
  75   itk::ImageIOBase::Pointer readImageHeader(const std::string & filename,bool exit_on_error=true);
  76   void printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level=0);
  77
  78   //--------------------------------------------------------------------
  79   // Determine pixetype and dimension of an image file
  80   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType);
  81
  82   //--------------------------------------------------------------------
  83   // Determine pixetype, dimension and number of pixel components  of an image file
  84   void ReadImageDimensionAndPixelType(const std::string & filename, int & dimension, std::string & pixeType, int & components);
  85
  86   //--------------------------------------------------------------------
  87   // Read a dicom header
  88   gdcm::File * readDicomHeader(const std::string & filename, const bool verbose=false);
  89
  90   //--------------------------------------------------------------------
  91   template<class ImageType>
  92   int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  93                                        std::vector<typename ImageType::PixelType> & listOfIntensities);
  94   template<class InputImageType, class MaskImageType>
  95   void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  96                                    const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  97                                    const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  98                                    std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  99                                    std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights);
 100
 101 #include "clitkImageCommon.txx"
 102
 103 } // end namespace
 104
 105 #endif /* end #define CLITKIMAGECOMMON_H */
 106