common/clitkImageUtilities.txx

   1 #ifndef CLITKIMAGEUTILITIES_TXX
   2 #define CLITKIMAGEUTILITIES_TXX
   3 /**
   4  =================================================
   5  * @file   clitkImageUtilities.txx
   6  * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7  * @date   22 Sep 2006 10:39:48
   8  *
   9  * @brief
  10  *
  11  *
  12  =================================================*/
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  14 //====================================================================
  15 // Compute the number of different intensities in an image
  16 template<class ImageType>
  17 int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  18                                                                          std::vector<typename ImageType::PixelType> & l)
  19 {
  20   //std::set<typename ImageType::PixelType> listOfIntensities;
  21   std::map<typename ImageType::PixelType, bool> listOfIntensities;
  22   //  listOfIntensities.resize(0);
  23   typedef itk::ImageRegionConstIterator<ImageType> ConstIteratorType;
  24   ConstIteratorType pi(image, image->GetLargestPossibleRegion());
  25   pi.Begin();
  26   while (!pi.IsAtEnd()) {
  27         if (!listOfIntensities[pi.Get()]) listOfIntensities[pi.Get()] = true;
  28         // if (std::find(listOfIntensities.begin(),
  29 //                                listOfIntensities.end(),
  30 //                                pi.Get()) == listOfIntensities.end()) {
  31 //        listOfIntensities.insert(pi.Get());
  32 //      }
  33         ++pi;
  34   }
  35
  36   //typename std::set<typename ImageType::PixelType>::const_iterator ppi = listOfIntensities.begin();
  37   typename std::map<typename ImageType::PixelType, bool>::const_iterator ppi = listOfIntensities.begin();
  38   while (ppi != listOfIntensities.end()) {
  39         l.push_back(ppi->first);
  40         ++ppi;
  41   }
  42
  43   return listOfIntensities.size();
  44 }
  45 //====================================================================
  46
  47 //====================================================================
  48 template<class InputImageType, class MaskImageType>
  49 void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  50                                                                  const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  51                                                                  const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  52                                                                  std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  53                                                                  std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights) {
  54   // Check size
  55   if (input->GetLargestPossibleRegion() != mask->GetLargestPossibleRegion()) {
  56         itkGenericExceptionMacro(<< "Input and mask images have not the same size"
  57                                                          << std::endl
  58                                                          << "Input = " << input->GetLargestPossibleRegion()
  59                                                          << std::endl
  60                                                          << "Mask = " << mask->GetLargestPossibleRegion());
  61   }
  62
  63   // reset weights list
  64   mapOfLabelsAndWeights.clear();
  65
  66   // loop
  67   typedef itk::ImageRegionConstIterator<InputImageType> ConstInputIteratorType;
  68   ConstInputIteratorType pi(input, input->GetLargestPossibleRegion());
  69   typedef itk::ImageRegionConstIterator<MaskImageType> ConstMaskIteratorType;
  70   ConstMaskIteratorType pm(mask, mask->GetLargestPossibleRegion());
  71   pi.Begin();
  72   pm.Begin();
  73   while (!pi.IsAtEnd()) {
  74         mapOfLabelsAndWeights[pm.Get()][pi.Get()]++;
  75         ++pi;
  76         ++pm;
  77   }
  78 }
  79 //====================================================================
  80
  81 // //====================================================================
  82 // template<class ImageType>
  83 // typename ImageType::Pointer NewImage3D(int x, int y, int z, float dx, float dy, float dz) {
  84 //   typename ImageType::Pointer output = ImageType::New();
  85 //   typename ImageType::RegionType region;
  86 //   typename ImageType::SizeType size;
  87 //   size[0] = x;
  88 //   size[1] = y;
  89 //   size[2] = z;
  90 //   region.SetSize(size);
  91 //   output->SetRegions(region);
  92 //   output->Allocate();
  93 //   typename ImageType::SpacingType spacing;
  94 //   spacing[0] = dx;
  95 //   spacing[1] = dy;
  96 //   spacing[2] = dz;
  97 //   output->SetSpacing(spacing);
  98 //   return output;
  99 // }
 100 // //====================================================================
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 102
 103 #endif /* end #define CLITKIMAGEUTILITIES_TXX */
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