common/clitkImageUtilities.txx

   1 #ifndef CLITKIMAGEUTILITIES_TXX
   2 #define CLITKIMAGEUTILITIES_TXX
   3
   4 /**
   5  =================================================
   6  * @file   clitkImageUtilities.txx
   7  * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8  * @date   22 Sep 2006 10:39:48
   9  *
  10  * @brief
  11  *
  12  *
  13  =================================================*/
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  15 //====================================================================
  16 // Compute the number of different intensities in an image
  17 template<class ImageType>
  18 int ComputeHowManyDifferentIntensity(const typename ImageType::Pointer & image,
  19                                                                          std::vector<typename ImageType::PixelType> & l)
  20 {
  21   //std::set<typename ImageType::PixelType> listOfIntensities;
  22   std::map<typename ImageType::PixelType, bool> listOfIntensities;
  23   //  listOfIntensities.resize(0);
  24   typedef itk::ImageRegionConstIterator<ImageType> ConstIteratorType;
  25   ConstIteratorType pi(image, image->GetLargestPossibleRegion());
  26   pi.Begin();
  27   while (!pi.IsAtEnd()) {
  28         if (!listOfIntensities[pi.Get()]) listOfIntensities[pi.Get()] = true;
  29         // if (std::find(listOfIntensities.begin(),
  30 //                                listOfIntensities.end(),
  31 //                                pi.Get()) == listOfIntensities.end()) {
  32 //        listOfIntensities.insert(pi.Get());
  33 //      }
  34         ++pi;
  35   }
  36
  37   //typename std::set<typename ImageType::PixelType>::const_iterator ppi = listOfIntensities.begin();
  38   typename std::map<typename ImageType::PixelType, bool>::const_iterator ppi = listOfIntensities.begin();
  39   while (ppi != listOfIntensities.end()) {
  40         l.push_back(ppi->first);
  41         ++ppi;
  42   }
  43
  44   return listOfIntensities.size();
  45 }
  46 //====================================================================
  47
  48 //====================================================================
  49 template<class InputImageType, class MaskImageType>
  50 void ComputeWeightsOfEachClasses(const typename InputImageType::Pointer & input,
  51                                                                  const typename MaskImageType::Pointer & mask,
  52                                                                  const std::vector<typename MaskImageType::PixelType> & listOfIntensities,
  53                                                                  std::map<typename MaskImageType::PixelType,
  54                                                                  std::map<typename InputImageType::PixelType, double> > & mapOfLabelsAndWeights) {
  55   // Check size
  56   if (input->GetLargestPossibleRegion() != mask->GetLargestPossibleRegion()) {
  57         itkGenericExceptionMacro(<< "Input and mask images have not the same size"
  58                                                          << std::endl
  59                                                          << "Input = " << input->GetLargestPossibleRegion()
  60                                                          << std::endl
  61                                                          << "Mask = " << mask->GetLargestPossibleRegion());
  62   }
  63
  64   // reset weights list
  65   mapOfLabelsAndWeights.clear();
  66
  67   // loop
  68   typedef itk::ImageRegionConstIterator<InputImageType> ConstInputIteratorType;
  69   ConstInputIteratorType pi(input, input->GetLargestPossibleRegion());
  70   typedef itk::ImageRegionConstIterator<MaskImageType> ConstMaskIteratorType;
  71   ConstMaskIteratorType pm(mask, mask->GetLargestPossibleRegion());
  72   pi.Begin();
  73   pm.Begin();
  74   while (!pi.IsAtEnd()) {
  75         mapOfLabelsAndWeights[pm.Get()][pi.Get()]++;
  76         ++pi;
  77         ++pm;
  78   }
  79 }
  80 //====================================================================
  81
  82 // //====================================================================
  83 // template<class ImageType>
  84 // typename ImageType::Pointer NewImage3D(int x, int y, int z, float dx, float dy, float dz) {
  85 //   typename ImageType::Pointer output = ImageType::New();
  86 //   typename ImageType::RegionType region;
  87 //   typename ImageType::SizeType size;
  88 //   size[0] = x;
  89 //   size[1] = y;
  90 //   size[2] = z;
  91 //   region.SetSize(size);
  92 //   output->SetRegions(region);
  93 //   output->Allocate();
  94 //   typename ImageType::SpacingType spacing;
  95 //   spacing[0] = dx;
  96 //   spacing[1] = dy;
  97 //   spacing[2] = dz;
  98 //   output->SetSpacing(spacing);
  99 //   return output;
 100 // }
 101 // //====================================================================
 102
 103
 104 #endif /* end #define CLITKIMAGEUTILITIES_TXX */
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