common/clitkOrientation.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKORIENTATION_CXX
  19 #define CLITKORIENTATION_CXX
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkOrientation.cxx
  23    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   01 Nov 2006 18:02:49
  25    *
  26    * @brief
  27    *
  28    *
  29    =================================================*/
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  31 #include "clitkOrientation.h"
  32
  33 //====================================================================
  34 itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms clitk::GetOrientation(char c)
  35 {
  36   if ((c == 'R') || (c == 'r')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right;
  37   if ((c == 'L') || (c == 'l')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left;
  38   if ((c == 'P') || (c == 'p')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior;
  39   if ((c == 'A') || (c == 'a')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior;
  40   if ((c == 'I') || (c == 'i')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior;
  41   if ((c == 'S') || (c == 's')) return itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior;
  42   std::cerr <<"I don't know the orientation '" << c
  43             << "'. Valid letters are LR/AP/IS (or in lowercase)" << std::endl;
  44   exit(0);
  45 }
  46 //====================================================================
  47
  48 //====================================================================
  49 bool clitk::CheckOrientation(itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms a,
  50                              itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms b)
  51 {
  52   if ((a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
  53       (a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) {
  54     if ((b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
  55         (b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) {
  56       return false;
  57     }
  58   }
  59   if ((a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior) ||
  60       (a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior)) {
  61     if ((b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior) ||
  62         (b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior)) {
  63       return false;
  64     }
  65   }
  66   if ((a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior) ||
  67       (a==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior)) {
  68     if ((b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior) ||
  69         (b==itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior)) {
  70       return false;
  71     }
  72   }
  73   return true;
  74 }
  75 //====================================================================
  76
  77 //====================================================================
  78 itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags clitk::GetOrientation(char a, char b, char c)
  79 {
  80   itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms f1 = clitk::GetOrientation(a);
  81   itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms f2 = clitk::GetOrientation(b);
  82   itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms f3 = clitk::GetOrientation(c);
  83
  84   if (CheckOrientation(f1, f2) && CheckOrientation(f2,f3) && CheckOrientation(f1,f3)) {
  85     return static_cast<itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags>(
  86                                                                                  (f1     << itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_PrimaryMinor)
  87                                                                                  + (f2  << itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_SecondaryMinor)
  88                                                                                  + (f3 << itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_TertiaryMinor));
  89   }
  90   std::cerr <<"I don't know the orientation '" << a << b << c
  91             << "'. Valid letters are LR/AP/IS (or in lowercase)" << std::endl;
  92   exit(0);
  93 }
  94 //====================================================================
  95
  96 //====================================================================
  97 itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags clitk::GetOrientation(const std::string & orient)
  98 {
  99   if (orient.size() >= 3) return GetOrientation(orient[0], orient[1], orient[2]);
 100   std::cerr <<"I don't know the orientation '" << orient
 101             << "'. Valid string are three letters LR/AP/IS (or in lowercase)" << std::endl;
 102   exit(0);
 103 }
 104 //====================================================================
 105
 106 //====================================================================
 107 itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms clitk::GetOrientation(const int i, const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags orient)
 108 {
 109   if (i==0) return static_cast<itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms>((orient << 24) >> 24);
 110   if (i==1) return static_cast<itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms>((orient << 16) >> 24);
 111   if (i==2) return static_cast<itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms>(orient >> 16);
 112   std::cerr <<"Invalid index = " << i << " in GetOrientation" << std::endl;
 113   exit(0);
 114 }
 115 //====================================================================
 116
 117 //====================================================================
 118 int clitk::WhereIsDimInThisOrientation(const int dim, const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags flag) {
 119   if (dim ==0) {
 120     for(int i=0; i<3; i++) {
 121       int j = GetOrientation(i, flag);
 122       if ((j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
 123           (j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) return i;
 124     }
 125   }
 126   if (dim ==1) {
 127     for(int i=0; i<3; i++) {
 128       int j = GetOrientation(i, flag);
 129       if ((j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior) ||
 130           (j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior)) return i;
 131     }
 132   }
 133   if (dim ==2) {
 134     for(int i=0; i<3; i++) {
 135       int j = GetOrientation(i, flag);
 136       if ((j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior) ||
 137           (j == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior)) return i;
 138     }
 139   }
 140   return 0; // just to avoid warning
 141 }
 142 //====================================================================
 143
 144 //====================================================================
 145 int clitk::GetDim(const itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms t)
 146 {
 147   if ((t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Right) ||
 148       (t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Left)) return 0;
 149   if ((t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Anterior) ||
 150       (t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Posterior)) return 1;
 151   if ((t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Inferior) ||
 152       (t == itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_Superior)) return 2;
 153   std::cerr <<"Invalid CoordinateTerms = " << t << std::endl;
 154   exit(0);
 155 }
 156 //====================================================================
 157
 158 //====================================================================
 159 void clitk::FlipPoint(const itk::Point<double, 3> in,
 160                       const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags inFlag,
 161                       const itk::SpatialOrientation::ValidCoordinateOrientationFlags outFlag,
 162                       const itk::Point<double, 3> & imageSize,
 163                       itk::Point<double, 3> & out)
 164 {
 165   for(int i=0; i<3; i++) {
 166     // DD(i);
 167     itk::SpatialOrientation::CoordinateTerms inT = GetOrientation(i, inFlag);
 168     // DD(inT);
 169     int inDim = GetDim(inT);
 170     // DD(inDim);
 171     int outDim = WhereIsDimInThisOrientation(inDim, outFlag);
 172     // DD(outDim);
 173     //  DD(in[i]);
 174     if (inT == GetOrientation(outDim, outFlag)) out[outDim] = in[i];
 175     else out[outDim] = imageSize[i]-in[i];
 176     // DD(out[outDim]);
 177   }
 178 }
 179 //====================================================================
 180
 181 #endif /* end #define CLITKORIENTATION_CXX */
 182