common/clitkVfImageIO.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   clitk
   4   Module:    $RCSfile: clitkVfImageIO.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2010/01/06 13:32:01 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
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  12
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  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  17 =========================================================================*/
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  19
  20
  21 #ifndef CLITKVFIMAGEIO_CXX
  22 #define CLITKVFIMAGEIO_CXX
  23
  24 /**
  25  * @file   clitkVfImageIO.cxx
  26  * @author Simon Rit <simon.rit@gmail.com>
  27  * @date   Mon Sep 18 10:14:53 2006
  28  *
  29  * @brief  VectorField .vf I/O implementation
  30  *
  31  *
  32  */
  33
  34 // clitk include
  35 #include "clitkVfImageIO.h"
  36
  37 // itk include (for itkReadRawBytesAfterSwappingMacro)
  38 #include "itkRawImageIO.h"
  39
  40 //====================================================================
  41 // Read Image Information
  42 void clitk::VfImageIO::ReadImageInformation()
  43 {
  44   // open file
  45   std::ifstream is;
  46   clitk::openFileForReading(is, m_FileName);
  47   // read magic number
  48   std::string mn;
  49   is >> mn;
  50   //DD(mn);
  51   if (mn != "IAMA3DVECTORFIELD") {
  52         itkExceptionMacro(<<"read magic number '" << mn << "' while expect IAMA3DVECTORFIELD");
  53   }
  54   // read vf file version
  55   skipComment(is);
  56   is >> mn;
  57   //DD(mn);
  58   if (mn != "V2") {
  59         itkExceptionMacro(<<"read old format '" << mn << "'. TODO");
  60   }
  61
  62   // read grid size/spacing
  63   itk::Vector<unsigned int,3> dim;
  64   itk::Vector<double,3> spacing;
  65   itk::Vector<double,3> origin;
  66   origin.Fill(0.0);
  67   skipComment(is);
  68   is >> dim[0];
  69   is >> dim[1];
  70   is >> dim[2];
  71   // DD(dim);
  72   is >> spacing[0];
  73   is >> spacing[1];
  74   is >> spacing[2];
  75   // DD(spacing);
  76
  77   // get header size
  78   m_HeaderSize = is.tellg();
  79   m_HeaderSize+=2;
  80
  81   // set dimension values
  82   SetNumberOfDimensions(3);
  83   for(unsigned int i=0; i<3; i++) {
  84         SetDimensions(i,dim[i]);
  85         SetSpacing(i,spacing[i]);
  86         SetOrigin(i,origin[i]);
  87   }
  88
  89   // set other information
  90   SetByteOrderToLittleEndian();
  91   SetPixelType(itk::ImageIOBase::VECTOR);
  92   SetNumberOfComponents(3);
  93   SetComponentType(itk::ImageIOBase::FLOAT);
  94 } ////
  95
  96 //====================================================================
  97 // Read Image Information
  98 bool clitk::VfImageIO::CanReadFile(const char* FileNameToRead)
  99 {
 100   std::string filename(FileNameToRead);
 101   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 102   if (filenameext != std::string("vf")) return false;
 103   return true;
 104 } ////
 105
 106 //====================================================================
 107 // Read Image Content
 108 void clitk::VfImageIO::Read(void * buffer)
 109 {
 110   // Adapted from itkRawImageIO
 111
 112   std::ifstream file;
 113   openFileForReading(file, m_FileName);
 114
 115   // Offset into file
 116   unsigned long streamStart = m_HeaderSize;
 117   file.seekg((long)streamStart, std::ios::beg);
 118   if ( file.fail() ) {
 119         itkExceptionMacro(<<"File seek failed (Vf Read)");
 120   }
 121
 122   float * tmpBuff = new float[GetImageSizeInComponents()];
 123   if(!this->ReadBufferAsBinary(file, tmpBuff, GetImageSizeInBytes())) {
 124         itkExceptionMacro(<<"Read failed: Wanted "
 125                                           << GetImageSizeInBytes()
 126                                           << " bytes, but read "
 127                                           << file.gcount() << " bytes.");
 128   }
 129   itkDebugMacro(<< "Reading Done");
 130
 131   float *pb = (float *)buffer;
 132   float *px = tmpBuff;
 133   float *py = tmpBuff + GetImageSizeInPixels();
 134   float *pz = tmpBuff + 2 * GetImageSizeInPixels();
 135   const float *pbe = (float *)buffer + GetImageSizeInComponents();
 136   while(pb != pbe){
 137     *pb++ = (*px++)*GetSpacing(0);
 138     *pb++ = (*py++)*GetSpacing(1);
 139     *pb++ = (*pz++)*GetSpacing(2);
 140   }
 141   delete [] tmpBuff;
 142
 143   typedef itk::ByteSwapper< float > InternalByteSwapperType;
 144   InternalByteSwapperType::SwapRangeFromSystemToLittleEndian((float *)buffer, GetImageSizeInComponents());
 145 }
 146
 147 //====================================================================
 148 // Write Image Information
 149 void clitk::VfImageIO::WriteImageInformation(bool keepOfStream)
 150 {
 151   // Check dimension
 152   if (GetNumberOfDimensions() != 3) {
 153         itkExceptionMacro(<<"Write failed: only 3D image for Vf file format yet.");
 154   }
 155
 156   // Open the file
 157   clitk::openFileForWriting(file, m_FileName);
 158   // write magic number
 159   file << "IAMA3DVECTORFIELD V2 " << std::endl;
 160   // write grid size/spacing
 161   file << GetDimensions(0) << ' '
 162            << GetDimensions(1) << ' '
 163            << GetDimensions(2) << ' '
 164            << GetSpacing(0) << ' '
 165            << GetSpacing(1) << ' '
 166            << GetSpacing(2) << ' ' << std::endl;
 167
 168   // close file
 169   if (!keepOfStream) file.close();
 170 }
 171
 172 //====================================================================
 173 // Write Image Information
 174 bool clitk::VfImageIO::CanWriteFile(const char* FileNameToWrite)
 175 {
 176   std::string filename(FileNameToWrite);
 177   std::string filenameext = GetExtension(filename);
 178   if (filenameext != std::string("vf")) return false;
 179   return true;
 180 }
 181
 182 //====================================================================
 183 // Write Image
 184 void clitk::VfImageIO::Write(const void * buffer)
 185 {
 186   clitk::VfImageIO::WriteImageInformation(true);
 187
 188   typedef itk::ByteSwapper< float > InternalByteSwapperType;
 189   std::cout << "GetImageSizeInBytes() " << GetImageSizeInBytes() << std::endl;
 190   float* tempBuffer = new float[ GetImageSizeInPixels() ];
 191
 192
 193   for(int i=0 ; i< 3 ; i++){
 194         float *pb = (float *)buffer;
 195         pb+=i;
 196         float *ptb = tempBuffer;
 197         const float *pbe = (float *)buffer + GetImageSizeInComponents() + i;
 198         while(pb != pbe){
 199           *ptb++ = (*pb)/GetSpacing(i);
 200           pb+=3;
 201         }
 202         InternalByteSwapperType::SwapRangeFromSystemToLittleEndian(tempBuffer,GetImageSizeInPixels());
 203         file.write((char*)tempBuffer, GetImageSizeInBytes()/3 );
 204   }
 205   delete [] tempBuffer;
 206
 207   file.close();
 208 } ////
 209
 210 #endif /* end #define CLITKVFIMAGEIO_CXX */
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