common/old/clitkIOCommon.cxx

   1 #ifndef CLITKIOCOMMON_CXX
   2 #define CLITKIOCOMMON_CXX
   3 /**
   4    =================================================
   5    * @file   clitkIOCommon.cxx
   6    * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   18 May 2006 11:42:37
   8    *
   9    * @brief
  10    *
  11    *
  12    =================================================*/
  13
  14 // clitk include
  15 #include "clitkImageCommon.h"
  16 #include <cstdlib>
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  18 //====================================================================
  19 // Open a file for reading
  20 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename) {
  21   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
  22   if ( is.fail() ) {
  23     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
  24   }
  25 }
  26 //====================================================================
  27
  28 //====================================================================
  29 // Open a file for writing
  30 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)  {
  31   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
  32   if ( os.fail() ) {
  33     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
  34   }
  35 }
  36 //====================================================================
  37
  38 //====================================================================
  39 // Read a dicom header
  40 gdcm::File * clitk::readDicomHeader(const std::string & filename,
  41                                     const bool verbose) {
  42   if (verbose) {
  43     std::cout << "Reading DICOM <" << filename << ">" << std::endl;
  44   }
  45   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  46   header->SetFileName(filename);
  47   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  48   header->Load();
  49   return header;
  50 }
  51 //====================================================================
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  53 //====================================================================
  54 itk::ImageIOBase::Pointer clitk::readImageHeader(const std::string & filename, bool exit_on_error) {
  55   itk::ImageIOBase::Pointer reader =
  56     itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  57   if (!reader)
  58       if (exit_on_error) //default behavior for tools who don't handle the problem
  59       {
  60           std::cerr "Error reading file " << filename << ", exiting immediately" << std::endl;
  61           std::exit(-1);
  62       }
  63       else
  64           return NULL;
  65   reader->SetFileName(filename);
  66   reader->ReadImageInformation();
  67   return reader;
  68 }
  69 //====================================================================
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  71 //====================================================================
  72 void clitk::printImageHeader(itk::ImageIOBase::Pointer header, std::ostream & os, const int level) {
  73   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  74   std::string pixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  75   std::vector<int> inputSize;
  76   std::vector<double> inputSpacing;
  77   inputSize.resize(dim);
  78   inputSpacing.resize(dim);
  79   for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
  80     inputSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
  81     inputSize[i] = header->GetDimensions(i);
  82   }
  83   int pixelSize =
  84     clitk::GetTypeSizeFromString(header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType()));
  85   unsigned int nbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  86   if (level == 0) {
  87     os << dim << "D ";
  88     if (nbOfComponents !=1) os << nbOfComponents << "x" << pixelTypeName;
  89     else os << pixelTypeName;
  90     os << " ";
  91     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
  92       os << inputSize[i] << "x";
  93     os << inputSize[dim-1]
  94        << "  ";
  95     for(unsigned int i=0; i< dim-1; i++)
  96       os << inputSpacing[i] << "x";
  97     os << inputSpacing[dim-1];
  98   }
  99   else {
 100     os << "Dim       = " << dim << "D" << std::endl;
 101     os << "PixelType = " << pixelTypeName << std::endl;
 102     if (nbOfComponents > 1)
 103       os << "Vector    = " << nbOfComponents << std::endl;
 104     os << "Size      = ";
 105     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 106       os << inputSize[i] << " ";
 107     }
 108     os << std::endl;
 109     os << "Spacing   = ";
 110     for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 111       os << inputSpacing[i] << " ";
 112     }
 113     os << std::endl;
 114     if (level > 1) {
 115       os << "# voxels  = " << header->GetImageSizeInPixels() << std::endl;
 116       os << "Size (mm) = ";
 117       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 118         os << inputSize[i]*inputSpacing[i] << " ";
 119       }
 120       os << "mm" << std::endl;
 121       os << "Volume    = ";
 122       double vol=1.0;
 123       for(unsigned int i=0; i< dim; i++) {
 124         vol *= inputSize[i]*inputSpacing[i]/10.0;
 125       }
 126       os << vol << " cc" << std::endl;
 127       int mem = header->GetImageSizeInPixels()*pixelSize*nbOfComponents;
 128       double memKb = (double)mem/1024.0;
 129       double memMb = (double)mem/1024.0/1024.0;
 130       double memGb = (double)mem/1024.0/1024.0/1024.0;
 131       if (lrint(memKb) <= 0)
 132         os << "Memory    = " << mem << " bytes" << std::endl;
 133       else {
 134         if (lrint(memMb) <= 0)
 135           os << "Memory    = " << memKb << " Kb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 136         else {
 137           if (lrint(memGb) <= 0)
 138             os << "Memory    = " << memMb << " Mb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 139           else
 140             os << "Memory     = " << memGb << " Gb (" << mem << " bytes)" << std::endl;
 141         }
 142       }
 143     }
 144   }
 145 }
 146 //====================================================================
 147
 148 #endif /* end #define CLITKIO_CXX */
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