common/vvFromITK.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3  Program:   vv
   4  Module:    $RCSfile: vvFromITK.h,v $
   5  Language:  C++
   6  Date:      $Date: 2010/01/06 13:32:01 $
   7  Version:   $Revision: 1.1 $
   8  Author :   Joel Schaerer (joel.schaerer@insa-lyon.fr)
   9
  10 Copyright (C) 2008
  11 Léon Bérard cancer center http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
  12 CREATIS-LRMN http://www.creatis.insa-lyon.fr
  13
  14 This program is free software: you can redistribute it and/or modify
  15 it under the terms of the GNU General Public License as published by
  16 the Free Software Foundation, version 3 of the License.
  17
  18 This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19 but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21 GNU General Public License for more details.
  22
  23 You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  25
  26 =========================================================================*/
  27
  28 #ifndef vvImageFromITK_h
  29 #define vvImageFromITK_h
  30
  31 #include "vvImage.h"
  32 #include <itkImage.h>
  33 #include <itkExtractImageFilter.h>
  34 #include "itkImageToVTKImageFilter.h"
  35
  36 /**Converts the itk image to vv, handling the 4D problem
  37  * The time_sequence boolean specifies that the image is to be interpreted as a time sequence,
  38  * even if its dim is < 4. */
  39 template<unsigned int Dim, class PixelType> vvImage::Pointer vvImageFromITK(typename itk::Image<PixelType,Dim>::Pointer input, bool time_sequence=false)
  40 {
  41     assert(Dim < 5 && Dim > 0); // We don't handle anything higher than 4-dimensional (for the moment :-p)
  42     vvImage::Pointer vv_image=vvImage::New();
  43     vv_image->Init(); //Delete any existing images
  44     typedef itk::Image< PixelType, Dim > InputImageType;
  45
  46     if (Dim == 4 || time_sequence) //The time sequence case: create a series of VTK images
  47     {
  48         typedef itk::Image< PixelType,  Dim - 1 >    ConnectorImageType;
  49         typedef itk::ImageToVTKImageFilter <ConnectorImageType> ConnectorType;
  50         typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType,ConnectorImageType> FilterType;
  51
  52         typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  53         typename ConnectorType::Pointer connector = ConnectorType::New();
  54
  55         //extract the 3D slices and put them in a std::vector<vtkImageData*>
  56         typename InputImageType::RegionType inputRegion = input->GetLargestPossibleRegion();
  57         typename InputImageType::SizeType inputSize = inputRegion.GetSize();
  58
  59         typename InputImageType::SizeType extractedRegionSize = inputSize;
  60         typename InputImageType::RegionType extractedRegion;
  61         extractedRegionSize[Dim - 1] = 0;
  62         extractedRegion.SetSize(extractedRegionSize);
  63
  64         filter->SetInput(input);
  65         connector->SetInput(filter->GetOutput());
  66
  67         typename InputImageType::IndexType start = inputRegion.GetIndex();
  68
  69         for (unsigned int i = 0; i < inputSize[Dim - 1]; i++) {
  70             start[Dim - 1] = i;
  71             extractedRegion.SetIndex(start);
  72             filter->SetExtractionRegion(extractedRegion);
  73             try {
  74                 filter->Update();
  75             }
  76             catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
  77                 std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==4) [Extract phase]"
  78                           << " " << err << std::endl;
  79                 return vv_image;
  80             }
  81             try {
  82                 connector->Update();
  83             }
  84             catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
  85                 std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==4) [Connect phase]"
  86                           << " " << err << std::endl;
  87                 return vv_image;
  88             }
  89             vtkImageData *image = vtkImageData::New();
  90             image->DeepCopy(connector->GetOutput());
  91             vv_image->AddImage(image);
  92         }
  93     }
  94     else //Dim == 1,2,3 and not time_sequence
  95     {
  96         typedef itk::Image< PixelType,  Dim >    ConnectorImageType;
  97         typedef itk::ImageToVTKImageFilter <ConnectorImageType> ConnectorType;
  98         typename ConnectorType::Pointer connector = ConnectorType::New();
  99         connector->SetInput(input);
 100
 101         try {
 102             connector->Update();
 103         }
 104         catch ( itk::ExceptionObject & err ) {
 105             std::cerr << "Error while setting vvImage from ITK (Dim==3)"
 106                       << " " << err << std::endl;
 107             return vv_image;
 108         }
 109         vtkImageData *image = vtkImageData::New();
 110         image->DeepCopy(connector->GetOutput());
 111         vv_image->AddImage(image);
 112     }
 113     return vv_image;
 114 }
 115
 116 #endif //vvImageFromITK