filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // itk include
  23 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  24 #include "itkMaskImageFilter.h"
  25 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  26
  27 #include <clitkCommon.h>
  28 // #include <tiff.h>
  29
  30 namespace clitk
  31 {
  32
  33   //--------------------------------------------------------------------
  34   template<class args_info_type>
  35   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
  36     ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize") {
  37     InitializeImageType<2>();
  38     InitializeImageType<3>();
  39     InitializeImageType<4>();
  40   }
  41   //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45   template<class args_info_type>
  46   template<unsigned int Dim>
  47   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType() {
  48     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  49   }
  50   //--------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53   //--------------------------------------------------------------------
  54   template<class args_info_type>
  55   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a) {
  56     mArgsInfo=a;
  57     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  58     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  59
  60     if (mArgsInfo.input_given) {
  61       SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  62     }
  63     if (mArgsInfo.output_given) {
  64       SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  65     }
  66   }
  67   //--------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70   //--------------------------------------------------------------------
  71   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  72   //--------------------------------------------------------------------
  73   template<class args_info_type>
  74   template<class InputImageType>
  75   void
  76   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  77   {
  78
  79     // Reading input
  80     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  81
  82     // Main filter
  83     typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  84     typedef itk::Image<uchar, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  85
  86     // Filter
  87     typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  88     typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  89     thresholdFilter->SetInput(input);
  90     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  91
  92     if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
  93     if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
  94
  95     // DD(mArgsInfo.lower_given);
  96     // DD(mArgsInfo.upper_given);
  97     // DD(mArgsInfo.lower_arg);
  98     // DD(mArgsInfo.upper_arg);
  99     // DD(mArgsInfo.fg_arg);
 100     // DD(mArgsInfo.bg_arg);
 101     // DD(mArgsInfo.fg_given);
 102     // DD(mArgsInfo.bg_given);
 103     // DD(mArgsInfo.mode_arg);
 104
 105 //     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
 106 //     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
 107
 108 //     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 109
 110 //     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
 111 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 112 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 113 //     }
 114 //     else {
 115 //       DD("0");
 116 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 117 //     }
 118
 119 //     // thresholdFilter->Update();
 120
 121 //     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
 122 //     // If setFG -> FG BG have been changed
 123 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 124 // =======
 125     /* Three modes :
 126        - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 127        - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 128        - both -> use FG and BG (real binary image)
 129     */
 130       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 131       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 132       thresholdFilter->Update();
 133       //>>>>>>> 1.5
 134       typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 135       this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 136     }
 137     else {
 138       typename InputImageType::Pointer outputImage;
 139       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 140       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 141         typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 142         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 143         maskFilter->SetInput1(input);
 144         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 145         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 146         maskFilter->Update();
 147         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 148       }
 149       else {
 150         typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 151         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 152         maskFilter->SetInput1(input);
 153         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 154         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 155         maskFilter->Update();
 156         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 157       }
 158       // Write/Save results
 159       this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 160     }
 161   }
 162   //--------------------------------------------------------------------
 163
 164
 165 }//end clitk
 166
 167 #endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx