filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // itk include
  23 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  24 #include "itkMaskImageFilter.h"
  25 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  26
  27 #include <clitkCommon.h>
  28 // #include <tiff.h>
  29
  30 namespace clitk
  31 {
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 template<class args_info_type>
  35 BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
  36   ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize")
  37 {
  38   InitializeImageType<2>();
  39   InitializeImageType<3>();
  40   InitializeImageType<4>();
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class args_info_type>
  47 template<unsigned int Dim>
  48 void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  49 {
  50   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 template<class args_info_type>
  57 void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  58 {
  59   mArgsInfo=a;
  60   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  61   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  62
  63   if (mArgsInfo.input_given) {
  64     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  65   }
  66   if (mArgsInfo.output_given) {
  67     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  68   }
  69 }
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71
  72
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76 template<class args_info_type>
  77 template<class InputImageType>
  78 void
  79 BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  80 {
  81
  82   // Reading input
  83   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  84
  85   // Main filter
  86   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  87   typedef itk::Image<uchar, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  88
  89   // Filter
  90   typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  91   typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  92   thresholdFilter->SetInput(input);
  93   thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  94
  95   if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
  96   if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
  97
  98   // DD(mArgsInfo.lower_given);
  99   // DD(mArgsInfo.upper_given);
 100   // DD(mArgsInfo.lower_arg);
 101   // DD(mArgsInfo.upper_arg);
 102   // DD(mArgsInfo.fg_arg);
 103   // DD(mArgsInfo.bg_arg);
 104   // DD(mArgsInfo.fg_given);
 105   // DD(mArgsInfo.bg_given);
 106   // DD(mArgsInfo.mode_arg);
 107
 108 //     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
 109 //     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
 110
 111 //     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 112
 113 //     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
 114 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 115 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 116 //     }
 117 //     else {
 118 //       DD("0");
 119 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 120 //     }
 121
 122 //     // thresholdFilter->Update();
 123
 124 //     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
 125 //     // If setFG -> FG BG have been changed
 126 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 127 // =======
 128   /* Three modes :
 129      - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 130      - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 131      - both -> use FG and BG (real binary image)
 132   */
 133   if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 134     thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 135     thresholdFilter->Update();
 136     //>>>>>>> 1.5
 137     typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 138     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 139   } else {
 140     typename InputImageType::Pointer outputImage;
 141     thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 142     if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 143       typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 144       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 145       maskFilter->SetInput1(input);
 146       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 147       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 148       maskFilter->Update();
 149       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 150     } else {
 151       typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 152       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 153       maskFilter->SetInput1(input);
 154       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 155       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 156       maskFilter->Update();
 157       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 158     }
 159     // Write/Save results
 160     this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 161   }
 162 }
 163 //--------------------------------------------------------------------
 164
 165
 166 }//end clitk
 167
 168 #endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx