filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkBinarizeImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   29 june 2009
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // itk include
  31 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  32 #include "itkMaskImageFilter.h"
  33 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  34
  35 namespace clitk
  36 {
  37
  38   //--------------------------------------------------------------------
  39   template<class args_info_type>
  40   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
  41     ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize") {
  42     InitializeImageType<2>();
  43     InitializeImageType<3>();
  44     InitializeImageType<4>();
  45   }
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50   template<class args_info_type>
  51   template<unsigned int Dim>
  52   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType() {
  53     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  54     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  55     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  56     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  57     ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  58   }
  59   //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62   //--------------------------------------------------------------------
  63   template<class args_info_type>
  64   void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a) {
  65     mArgsInfo=a;
  66     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  67     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  68
  69     if (mArgsInfo.input_given) {
  70       SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  71     }
  72     if (mArgsInfo.output_given) {
  73       SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  74     }
  75   }
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77
  78   //--------------------------------------------------------------------
  79   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  80   //--------------------------------------------------------------------
  81   template<class args_info_type>
  82   template<class InputImageType>
  83   void
  84   BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  85   {
  86
  87     // Reading input
  88     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  89
  90     // Main filter
  91     typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  92     typedef itk::Image<char, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  93
  94     // Filter
  95     typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  96     typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  97     thresholdFilter->SetInput(input);
  98     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  99
 100     if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
 101     if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
 102
 103     // DD(mArgsInfo.lower_given);
 104     // DD(mArgsInfo.upper_given);
 105     // DD(mArgsInfo.lower_arg);
 106     // DD(mArgsInfo.upper_arg);
 107     // DD(mArgsInfo.fg_arg);
 108     // DD(mArgsInfo.bg_arg);
 109     // DD(mArgsInfo.fg_given);
 110     // DD(mArgsInfo.bg_given);
 111     // DD(mArgsInfo.mode_arg);
 112
 113 // <<<<<<< clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
 114 //     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
 115 //     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
 116
 117 //     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 118
 119 //     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
 120 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 121 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 122 //     }
 123 //     else {
 124 //       DD("0");
 125 //       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 126 //     }
 127
 128 //     // thresholdFilter->Update();
 129
 130 //     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
 131 //     // If setFG -> FG BG have been changed
 132 //     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
 133 // =======
 134     /* Three modes :
 135        - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 136        - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 137        - both -> use FG and BG (real binary image)
 138     */
 139       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 140       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 141       thresholdFilter->Update();
 142       //>>>>>>> 1.5
 143       typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 144       this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 145     }
 146     else {
 147       typename InputImageType::Pointer outputImage;
 148       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 149       if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 150         typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 151         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 152         maskFilter->SetInput1(input);
 153         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 154         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 155         maskFilter->Update();
 156         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 157       }
 158       else {
 159         typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 160         typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 161         maskFilter->SetInput1(input);
 162         maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 163         maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 164         maskFilter->Update();
 165         outputImage = maskFilter->GetOutput();
 166       }
 167       // Write/Save results
 168       this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 169     }
 170   }
 171   //--------------------------------------------------------------------
 172
 173
 174 }//end clitk
 175
 176 #endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx