filters/clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx

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   9      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
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  13 /**
  14  -------------------------------------------------------------------
  15  * @file   clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx
  16  * @author Joël Schaerer
  17  * @date   20 April 2009
  18
  19  * @brief
  20  -------------------------------------------------------------------*/
  21
  22 #include "clitkGuerreroVentilationGenericFilter.h"
  23 #include <itkBinaryGuerreroFilter.h>
  24 #include <itkImageDuplicator.h>
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::GuerreroVentilationGenericFilter()
  27 {
  28     blood_mass_factor=1.;
  29 }
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::Update () {
  34
  35   // Determine dim, pixel type, number of components
  36   this->GetInputImageDimensionAndPixelType(mDim,mPixelTypeName,mNbOfComponents);
  37
  38   // Switch by dimension
  39   if (mDim == 3) { Update_WithDim<3>(); return; }
  40   if (mDim == 2) { Update_WithDim<2>(); return; }
  41   std::cerr << "Error, dimension of input image is " << mDim << ", but I only work with 2 or 3." << std::endl;
  42   exit(0);
  43 }
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45
  46 //This is where you put the actual implementation
  47
  48 #include <sstream>
  49 #include <itkExtractImageFilter.h>
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 template<unsigned int Dim>
  54 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::Update_WithDim() {
  55 #define TRY_TYPE(TYPE)                                                  \
  56   if (IsSameType<TYPE>(mPixelTypeName)) { Update_WithDimAndPixelType<Dim, TYPE>(); return; }
  57   // TRY_TYPE(signed char);
  58   // TRY_TYPE(uchar);
  59   TRY_TYPE(short);
  60   //TRY_TYPE(ushort);
  61   // TRY_TYPE(int);
  62 //   TRY_TYPE(unsigned int);
  63   //TRY_TYPE(float);
  64   // TRY_TYPE(double);
  65 #undef TRY_TYPE
  66
  67   std::string list = CreateListOfTypes<uchar, short, ushort, int, uint, float, double>();
  68   std::cerr << "Error, I don't know the type '" << mPixelTypeName << "' for the input image '"
  69             << mInputFilenames[0] << "'." << std::endl << "Known types are " << list << std::endl;
  70   exit(0);
  71 }
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75 template<unsigned int Dim, class PixelType>
  76 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::Update_WithDimAndPixelType() {
  77
  78     // Read input
  79     assert(mInputFilenames.size() == 2);
  80     typedef itk::Image<PixelType,Dim> ImageType;
  81     typedef itk::Image<float,Dim> OutputImageType;
  82     typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  83     typename ImageType::Pointer ref = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[1], mIOVerbose);
  84
  85
  86     typedef itk::BinaryGuerreroFilter<ImageType,ImageType,OutputImageType> GFilterType;
  87     typename GFilterType::Pointer filter = GFilterType::New();
  88     filter->SetInput1(ref);
  89     filter->SetInput2(input);
  90     filter->SetBloodCorrectionFactor(blood_mass_factor);
  91     filter->SetUseCorrectFormula(use_correct_formula);
  92     filter->Update();
  93     this->SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
  94     //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
  95     //std::cout << "Warning: removed " << filter->GetFunctor().aberant_voxels << " aberant voxels from the ventilation image"
  96         //<< std::endl;
  97 }