filters/clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx

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  14  -------------------------------------------------------------------
  15  * @file   clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx
  16  * @author Joël Schaerer
  17  * @date   20 April 2009
  18
  19  * @brief
  20  -------------------------------------------------------------------*/
  21
  22 #include "clitkGuerreroVentilationGenericFilter.h"
  23 #include <itkBinaryGuerreroFilter.h>
  24 #include <itkImageDuplicator.h>
  25 #include <itkExtractImageFilter.h>
  26
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::GuerreroVentilationGenericFilter()
  29   :ImageToImageGenericFilter<Self>("GuerreroVentilationGenericFilter") {
  30   blood_mass_factor=1.;
  31   InitializeImageType<2>();
  32   InitializeImageType<3>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<unsigned int Dim>
  38 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::InitializeImageType() {
  39   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 template<class ImageType>
  46 void clitk::GuerreroVentilationGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  47
  48     // Input should be 2
  49     assert(mInputFilenames.size() == 2);
  50
  51     // Reading input
  52     typedef ImageType InputImageType;
  53     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  54     typename InputImageType::Pointer ref = this->template GetInput<InputImageType>(1);
  55
  56     typedef itk::Image<float,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  57     //    typename ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[0], mIOVerbose);
  58     //typename ImageType::Pointer ref = clitk::readImage<ImageType>(mInputFilenames[1], mIOVerbose);
  59
  60     typedef itk::BinaryGuerreroFilter<ImageType,ImageType,OutputImageType> GFilterType;
  61     typename GFilterType::Pointer filter = GFilterType::New();
  62     filter->SetInput1(ref);
  63     filter->SetInput2(input);
  64     filter->SetBloodCorrectionFactor(blood_mass_factor);
  65     filter->SetUseCorrectFormula(use_correct_formula);
  66     filter->Update();
  67
  68     this->SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
  69     //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
  70     //std::cout << "Warning: removed " << filter->GetFunctor().aberant_voxels << " aberant voxels from the ventilation image"
  71         //<< std::endl;
  72 }