filters/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  19 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  20 /**
  21  -------------------------------------------------
  22  * @file   clitkImageConvertGenericFilter.cxx
  23  * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   05 May 2008 10:57:19
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  *
  29  -------------------------------------------------*/
  30
  31 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  32
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  35   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert") {
  36   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  37   InitializeImageType<2>();
  38   InitializeImageType<3>();
  39   InitializeImageType<4>();
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 template<unsigned int Dim>
  46 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType() {
  47   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  48   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  49   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, unsigned short);
  50   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  51   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  52   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, double);
  53 }
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58 template<class InputImageType>
  59 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  60
  61   // Verbose stuff
  62   if (mIOVerbose) {
  63     if (mInputFilenames.size() == 1) {
  64       std::cout << "Input image <" << mInputFilenames[0] << "> is ";
  65       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[0]);
  66       printImageHeader(header, std::cout);
  67       std::cout << std::endl;
  68     }
  69     else {
  70       for(unsigned int i=0; i<mInputFilenames.size(); i++) {
  71         std::cout << "Input image " << i << " <" << mInputFilenames[i] << "> is ";
  72         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[i]);
  73         printImageHeader(h, std::cout);
  74         std::cout << std::endl;
  75       }
  76     }
  77   }
  78
  79
  80   if ((mPixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
  81     //    typename InputImageType::Pointer input = clitk::readImage<InputImageType>(mInputFilenames);
  82     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  83     //clitk::writeImage<InputImageType>(input, mOutputFilename, mIOVerbose);
  84     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
  85   }
  86   else {
  87 #define TRY_TYPE(TYPE) \
  88     if (IsSameType<TYPE>(mOutputPixelTypeName)) { UpdateWithOutputType<InputImageType, TYPE>(); return; }
  89     TRY_TYPE(char);
  90     // TRY_TYPE(signed char);
  91     TRY_TYPE(uchar);
  92     TRY_TYPE(short);
  93     TRY_TYPE(ushort);
  94     TRY_TYPE(int); // no uint ...
  95     TRY_TYPE(float);
  96     TRY_TYPE(double);
  97 #undef TRY_TYPE
  98
  99     std::string list = CreateListOfTypes<char, uchar, short, ushort, int, float, double>();
 100     std::cerr << "Error, I don't know the output type '" << mOutputPixelTypeName
 101               << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
 102     exit(0);
 103   }
 104 }
 105 //====================================================================
 106
 107 //====================================================================
 108 template<class InputImageType, class OutputPixelType>
 109 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithOutputType() {
 110   // Read
 111   typename InputImageType::Pointer input =this->template GetInput<InputImageType>(0);
 112
 113   // Typedef
 114   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 115
 116   // Warning
 117   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 118     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 119       std::cerr << "Warning, input type is signed (" << mPixelTypeName << ") while output type is not ("
 120                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 121     }
 122   }
 123   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 124     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 125       std::cerr << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 126                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 127     }
 128   }
 129   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 130   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 131   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 132     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 133       std::cerr << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 134                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 135     }
 136   }
 137   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 138     std::cerr << "Warning, possible loss of precision : input type is (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 139                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 140   }
 141
 142   // Cast
 143   typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 144   typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 145   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 146   filter->SetInput(input);
 147   filter->Update();
 148
 149   // Write
 150   SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
 151   //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
 152 }
 153 //====================================================================
 154
 155
 156 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */
 157