filters/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
   2 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
   3 /**
   4  -------------------------------------------------
   5  * @file   clitkImageConvertGenericFilter.cxx
   6  * @author David Sarrut <david.sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7  * @date   05 May 2008 10:57:19
   8  *
   9  * @brief
  10  *
  11  *
  12  -------------------------------------------------*/
  13
  14 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  15
  16 //--------------------------------------------------------------------
  17 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  18   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert") {
  19   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  20   InitializeImageType<2>();
  21   InitializeImageType<3>();
  22   InitializeImageType<4>();
  23 }
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25
  26
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 template<unsigned int Dim>
  29 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType() {
  30   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, char);
  31   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  32   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, unsigned short);
  33   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  34   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  35   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, double);
  36 }
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38
  39
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41 template<class InputImageType>
  42 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  43
  44   // Verbose stuff
  45   if (mIOVerbose) {
  46     if (mInputFilenames.size() == 1) {
  47       std::cout << "Input image <" << mInputFilenames[0] << "> is ";
  48       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[0]);
  49       printImageHeader(header, std::cout);
  50       std::cout << std::endl;
  51     }
  52     else {
  53       for(unsigned int i=0; i<mInputFilenames.size(); i++) {
  54         std::cout << "Input image " << i << " <" << mInputFilenames[i] << "> is ";
  55         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[i]);
  56         printImageHeader(h, std::cout);
  57         std::cout << std::endl;
  58       }
  59     }
  60   }
  61
  62
  63   if ((mPixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
  64     //    typename InputImageType::Pointer input = clitk::readImage<InputImageType>(mInputFilenames);
  65     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  66     //clitk::writeImage<InputImageType>(input, mOutputFilename, mIOVerbose);
  67     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
  68   }
  69   else {
  70 #define TRY_TYPE(TYPE) \
  71     if (IsSameType<TYPE>(mOutputPixelTypeName)) { UpdateWithOutputType<InputImageType, TYPE>(); return; }
  72     TRY_TYPE(char);
  73     // TRY_TYPE(signed char);
  74     TRY_TYPE(uchar);
  75     TRY_TYPE(short);
  76     TRY_TYPE(ushort);
  77     TRY_TYPE(int); // no uint ...
  78     TRY_TYPE(float);
  79     TRY_TYPE(double);
  80 #undef TRY_TYPE
  81
  82     std::string list = CreateListOfTypes<char, uchar, short, ushort, int, float, double>();
  83     std::cerr << "Error, I don't know the output type '" << mOutputPixelTypeName
  84               << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
  85     exit(0);
  86   }
  87 }
  88 //====================================================================
  89
  90 //====================================================================
  91 template<class InputImageType, class OutputPixelType>
  92 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithOutputType() {
  93   // Read
  94   typename InputImageType::Pointer input =this->template GetInput<InputImageType>(0);
  95
  96   // Typedef
  97   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  98
  99   // Warning
 100   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 101     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 102       std::cerr << "Warning, input type is signed (" << mPixelTypeName << ") while output type is not ("
 103                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 104     }
 105   }
 106   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 107     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 108       std::cerr << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 109                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 110     }
 111   }
 112   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 113   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 114   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 115     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 116       std::cerr << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 117                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 118     }
 119   }
 120   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 121     std::cerr << "Warning, possible loss of precision : input type is (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 122                 << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 123   }
 124
 125   // Cast
 126   typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 127   typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 128   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 129   filter->SetInput(input);
 130   filter->Update();
 131
 132   // Write
 133   SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
 134   //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
 135 }
 136 //====================================================================
 137
 138
 139 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */
 140