filters/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  19 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  20
  21 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  25   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert") {
  26   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  27   mWarningOccur = false;
  28   mWarning = "";
  29   mDisplayWarning = true;
  30   InitializeImageType<2>();
  31   InitializeImageType<3>();
  32   InitializeImageType<4>();
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType() {
  40     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<class InputImageType>
  47 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType() {
  48
  49   // Verbose stuff
  50   if (mIOVerbose) {
  51     if (mInputFilenames.size() == 1) {
  52       std::cout << "Input image <" << mInputFilenames[0] << "> is ";
  53       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[0]);
  54       printImageHeader(header, std::cout);
  55       std::cout << std::endl;
  56     }
  57     else {
  58       for(unsigned int i=0; i<mInputFilenames.size(); i++) {
  59         std::cout << "Input image " << i << " <" << mInputFilenames[i] << "> is ";
  60         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(mInputFilenames[i]);
  61         printImageHeader(h, std::cout);
  62         std::cout << std::endl;
  63       }
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   if ((mPixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
  69     //    typename InputImageType::Pointer input = clitk::readImage<InputImageType>(mInputFilenames);
  70     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  71     //clitk::writeImage<InputImageType>(input, mOutputFilename, mIOVerbose);
  72     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
  73   }
  74   else {
  75 #define TRY_TYPE(TYPE)                                                  \
  76     if (IsSameType<TYPE>(mOutputPixelTypeName)) { UpdateWithOutputType<InputImageType, TYPE>(); return; }
  77     TRY_TYPE(char);
  78     //    TRY_TYPE(signed char);
  79     TRY_TYPE(uchar);
  80     TRY_TYPE(short);
  81     TRY_TYPE(ushort);
  82     TRY_TYPE(int); // no uint ...
  83     TRY_TYPE(float);
  84     TRY_TYPE(double);
  85 #undef TRY_TYPE
  86
  87     std::string list = CreateListOfTypes<char, uchar, short, ushort, int, float, double>();
  88     std::cerr << "Error, I don't know the output type '" << mOutputPixelTypeName
  89               << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
  90     exit(0);
  91   }
  92 }
  93 //====================================================================
  94
  95 //====================================================================
  96 template<class InputImageType, class OutputPixelType>
  97 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithOutputType() {
  98   // Read
  99   typename InputImageType::Pointer input =this->template GetInput<InputImageType>(0);
 100
 101   // Typedef
 102   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 103
 104   // Warning
 105   std::ostringstream osstream;
 106   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 107     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 108       osstream << "Warning, input type is signed (" << mPixelTypeName << ") while output type is not ("
 109                << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 110       mWarningOccur = true;
 111     }
 112   }
 113   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 114     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 115       osstream << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 116                << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 117       mWarningOccur = true;
 118     }
 119   }
 120   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 121   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 122   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 123     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 124       osstream << "Warning, input type is not integer (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 125                << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 126       mWarningOccur = true;
 127     }
 128   }
 129   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 130     osstream << "Warning, possible loss of precision : input type is (" << mPixelTypeName << ") while output type is ("
 131              << mOutputPixelTypeName << "), use at your own responsability." << std::endl;
 132     mWarningOccur = true;
 133   }
 134
 135   mWarning = osstream.str();
 136   if (mDisplayWarning) {
 137     std::cerr << mWarning;
 138   }
 139
 140   // Cast
 141   typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 142   typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 143   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 144   filter->SetInput(input);
 145   filter->Update();
 146
 147   // Write
 148   SetNextOutput<OutputImageType>(filter->GetOutput());
 149   //clitk::writeImage<OutputImageType>(filter->GetOutput(), mOutputFilename, mIOVerbose);
 150 }
 151 //====================================================================
 152
 153
 154 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */
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