filters/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 namespace clitk
  26 {
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template<class args_info_type>
  30 ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::ResampleImageGenericFilter():
  31   ImageToImageGenericFilter<Self>("Resample")
  32 {
  33   InitializeImageType<2>();
  34   InitializeImageType<3>();
  35   InitializeImageType<4>();
  36 }
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38
  39
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41 template<class args_info_type>
  42 template<unsigned int Dim>
  43 void ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  44 {
  45   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  46   //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template<class args_info_type>
  53 void ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  54 {
  55   mArgsInfo=a;
  56   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  57   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  58   if (mArgsInfo.input_given) {
  59     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  60   }
  61   if (mArgsInfo.output_given) {
  62     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  63   }
  64 }
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 template<class args_info_type>
  72 template<class InputImageType>
  73 void
  74 ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  75 {
  76
  77   // Reading input
  78   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  79
  80   // Main filter
  81   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  82   typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  83
  84   // Filter
  85   typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  86   typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  87   filter->SetInput(input);
  88
  89   // Set Verbose
  90   filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  91
  92   // Set size / spacing
  93   static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  94   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  95   typename OutputImageType::SizeType size;
  96   if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
  97     filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
  98   } else {
  99     if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
 100       std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
 101       exit(0);
 102     }
 103
 104     if (!((mArgsInfo.spacing_given == 0) && (mArgsInfo.size_given == 0))) {
 105
 106       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
 107         std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
 108         exit(0);
 109       }
 110       if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
 111         std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
 112         exit(0);
 113       }
 114       if (mArgsInfo.spacing_given)
 115         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 116           spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
 117       if (mArgsInfo.size_given)
 118         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 119           size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
 120       filter->SetOutputSpacing(spacing);
 121       filter->SetOutputSize(size);
 122     }
 123   }
 124
 125   // Set temporal dimension
 126   filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
 127
 128   // Set Gauss
 129   filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
 130   if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
 131     typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
 132     for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 133       g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
 134     }
 135     filter->SetGaussianSigma(g);
 136   }
 137
 138   // Set Interpolation
 139   std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 140   if (interp == "nn") {
 141     filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 142   } else {
 143     if (interp == "linear") {
 144       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 145     } else {
 146       if (interp == "bspline") {
 147         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 148       } else {
 149         if (interp == "blut") {
 150           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 151         } else {
 152           std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 153                     << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut" << std::endl;
 154           exit(0);
 155         }
 156       }
 157     }
 158   }
 159
 160   // Set default pixel value
 161   filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 162
 163   // Set thread
 164   if (mArgsInfo.thread_given) {
 165     filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 166   }
 167
 168   // Go !
 169   filter->Update();
 170   typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 171   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 172 }
 173 //--------------------------------------------------------------------
 174
 175 }
 176
 177 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 178