filters/clitkResampleImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24
  25 namespace clitk {
  26
  27   //--------------------------------------------------------------------
  28   template<class args_info_type>
  29   ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::ResampleImageGenericFilter():
  30     ImageToImageGenericFilter<Self>("Resample") {
  31     InitializeImageType<2>();
  32     InitializeImageType<3>();
  33     InitializeImageType<4>();
  34   }
  35   //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38   //--------------------------------------------------------------------
  39   template<class args_info_type>
  40   template<unsigned int Dim>
  41   void ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType() {
  42     ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  43     //ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  44   }
  45   //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48   //--------------------------------------------------------------------
  49   template<class args_info_type>
  50   void ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a) {
  51     mArgsInfo=a;
  52     if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  54     if (mArgsInfo.input_given) {
  55       SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  56     }
  57     if (mArgsInfo.output_given) {
  58       SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  59     }
  60   }
  61   //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64   //--------------------------------------------------------------------
  65   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  66   //--------------------------------------------------------------------
  67   template<class args_info_type>
  68   template<class InputImageType>
  69   void
  70   ResampleImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType() {
  71
  72     // Reading input
  73     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  74
  75     // Main filter
  76     typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  77     typedef InputImageType OutputImageType; // to change to float is user ask it (?)
  78
  79     // Filter
  80     typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleImageFilterType;
  81     typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
  82     filter->SetInput(input);
  83
  84     // Set Verbose
  85     filter->SetVerboseOptions(mArgsInfo.verbose_flag);
  86
  87     // Set size / spacing
  88     static const unsigned int dim = OutputImageType::ImageDimension;
  89     typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  90     typename OutputImageType::SizeType size;
  91     if (mArgsInfo.spacing_given == 1) {
  92       filter->SetOutputIsoSpacing(mArgsInfo.spacing_arg[0]);
  93     }
  94     else {
  95       if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != 0)) {
  96          std::cerr << "Error: use spacing or size, not both." << std::endl;
  97          exit(0);
  98       }
  99
 100       if (!((mArgsInfo.spacing_given == 0) && (mArgsInfo.size_given == 0))) {
 101
 102         if ((mArgsInfo.spacing_given != 0) && (mArgsInfo.spacing_given != dim)) {
 103           std::cerr << "Error: spacing should have one or " << dim << " values." << std::endl;
 104           exit(0);
 105         }
 106         if ((mArgsInfo.size_given != 0) && (mArgsInfo.size_given != dim)) {
 107           std::cerr << "Error: size should have " << dim << " values." << std::endl;
 108           exit(0);
 109         }
 110         if (mArgsInfo.spacing_given)
 111           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 112             spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
 113         if (mArgsInfo.size_given)
 114           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 115           size[i] = mArgsInfo.size_arg[i];
 116         filter->SetOutputSpacing(spacing);
 117         filter->SetOutputSize(size);
 118       }
 119     }
 120
 121     // Set temporal dimension
 122     filter->SetLastDimensionIsTime(mArgsInfo.time_flag);
 123
 124     // Set Gauss
 125     filter->SetGaussianFilteringEnabled(mArgsInfo.autogauss_flag);
 126     if (mArgsInfo.gauss_given != 0) {
 127       typename ResampleImageFilterType::GaussianSigmaType g;
 128       for(unsigned int i=0; i<dim; i++) {
 129         g[i] = mArgsInfo.gauss_arg[i];
 130       }
 131       filter->SetGaussianSigma(g);
 132     }
 133
 134     // Set Interpolation
 135     std::string interp = std::string(mArgsInfo.interp_arg);
 136     if (interp == "nn") {
 137       filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::NearestNeighbor);
 138     }
 139     else {
 140       if (interp == "linear") {
 141         filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::Linear);
 142       }
 143       else {
 144         if (interp == "bspline") {
 145           filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::BSpline);
 146         }
 147         else {
 148           if (interp == "blut") {
 149             filter->SetInterpolationType(ResampleImageFilterType::B_LUT);
 150           }
 151           else {
 152             std::cerr << "Error. I do not know interpolation '" << mArgsInfo.interp_arg
 153                       << "'. Choose among: nn, linear, bspline, blut" << std::endl;
 154             exit(0);
 155           }
 156         }
 157       }
 158     }
 159
 160     // Set default pixel value
 161     filter->SetDefaultPixelValue(mArgsInfo.default_arg);
 162
 163     // Set thread
 164     if (mArgsInfo.thread_given) {
 165       filter->SetNumberOfThreads(mArgsInfo.thread_arg);
 166     }
 167
 168     // Go !
 169     filter->Update();
 170     typename OutputImageType::Pointer outputImage = filter->GetOutput();
 171     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 172   }
 173   //--------------------------------------------------------------------
 174
 175 }
 176
 177 #endif /* end #define CLITKRESAMPLEIMAGEGENERICFILTER_TXX */
 178