itk/clitkCropLikeImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  20 #define CLITKCROPLIKEIMAGEFILTER_TXX
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkCommon.h"
  24
  25 // itk
  26 #include "itkPasteImageFilter.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class ImageType>
  30 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  31 CropLikeImageFilter():itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>() {
  32   this->SetNumberOfRequiredInputs(1);
  33   m_LikeImage = NULL;
  34   m_LikeFilenameIsGiven = false;
  35   this->SetBackgroundValue(0);
  36   m_CropAlongThisDimension.resize(ImageType::ImageDimension);
  37   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  38     m_CropAlongThisDimension[i] = true;
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template <class ImageType>
  45 void
  46 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  47 SetCropLikeFilename(std::string f)
  48 {
  49   m_LikeFilename = f;
  50   m_LikeFilenameIsGiven = true;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 template <class ImageType>
  57 void
  58 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  59 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like)
  60 {
  61   m_LikeImage = like;
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template <class ImageType>
  68 void
  69 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  70 SetCropLikeImage(const itk::ImageBase<ImageType::ImageDimension> * like, int axe)
  71 {
  72   m_LikeImage = like;
  73   for(uint i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
  74     m_CropAlongThisDimension[i] = false;
  75   m_CropAlongThisDimension[axe] = true;
  76 }
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78
  79
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 template <class ImageType>
  82 void
  83 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  84 GenerateInputRequestedRegion() {
  85   // Needed because output region can be larger than input
  86   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  87   input->SetRequestedRegion(input->GetLargestPossibleRegion());
  88 }
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 template <class ImageType>
  94 void
  95 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
  96 GenerateOutputInformation() {
  97   // Get input pointers
  98   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  99
 100   // Get output pointer
 101   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 102
 103   // Get input info
 104   typename ImageType::SizeType likeSize;
 105   typename ImageType::IndexType likeStart;
 106   typename ImageType::PointType likeOrigin;
 107   typename ImageType::SpacingType likeSpacing;
 108   if (m_LikeImage) {
 109     likeSize = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 110     likeStart = m_LikeImage->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 111     likeOrigin = m_LikeImage->GetOrigin();
 112     likeSpacing = m_LikeImage->GetSpacing();
 113     output->CopyInformation(m_LikeImage);
 114   }
 115   else {
 116     // Only load the header (allows to use 'like' with any image type)
 117     if (m_LikeFilenameIsGiven) {
 118       itk::ImageIOBase::Pointer header = readImageHeader(m_LikeFilename);
 119       for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 120         likeSize[i] = header->GetDimensions(i);
 121         likeStart[i] = 0;//header->GetIORegion().GetIndex()[i];
 122         likeOrigin[i] = header->GetOrigin(i);
 123         likeSpacing[i] = header->GetSpacing(i);
 124       }
 125     }
 126     else {
 127       clitkExceptionMacro("You should provide SetCropLikeFilename or SetCropLike to CropLikeImageFilter");
 128     }
 129   }
 130
 131   // Check spacing
 132   for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 133     if (likeSpacing[i] != input->GetSpacing()[i]) {
 134       clitkExceptionMacro("Images must have the same spacing, but input's spacing(" << i
 135                           <<") is " << input->GetSpacing()[i] << " while the spacing(" << i
 136                           << ") of 'like' is " << likeSpacing[i] << ".");
 137     }
 138   }
 139   // Define output region
 140   m_OutputRegion.SetIndex(likeStart);
 141   m_OutputRegion.SetSize(likeSize);
 142   output->SetRegions(m_OutputRegion);
 143   output->SetRequestedRegion(m_OutputRegion);
 144   output->SetBufferedRegion(m_OutputRegion);
 145   output->SetSpacing(likeSpacing);
 146   output->SetOrigin(likeOrigin);
 147   output->Allocate(); // Needed ?
 148
 149   // get startpoint source/dest
 150   // for each dim
 151   // if source < dest -> start from dest, compute in source
 152   // if source > dest -> start from source, compute in dest
 153   m_StartDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 154   m_StartSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 155   PointType m_StartPointInSource;
 156   PointType m_StartPointInDest;
 157   m_StartSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 158   input->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StartSourceIndex, m_StartPointInSource);
 159   m_StartDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 160   output->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StartDestIndex, m_StartPointInDest);
 161   IndexType startDestInSource;
 162   IndexType startSourceInDest;
 163   input->TransformPhysicalPointToIndex(m_StartPointInDest, startDestInSource);
 164   output->TransformPhysicalPointToIndex(m_StartPointInSource, startSourceInDest);
 165   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 166     if (m_StartPointInSource[i] < m_StartPointInDest[i]) {
 167       m_StartSourceIndex[i] = startDestInSource[i];
 168     }
 169     else {
 170       m_StartDestIndex[i] = startSourceInDest[i];
 171     }
 172   }
 173   m_Region.SetIndex(m_StartSourceIndex);
 174
 175   // Stop index
 176   m_StopSourceIndex = input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()+
 177     input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 178   m_StopDestIndex = output->GetLargestPossibleRegion().GetIndex()+
 179     output->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 180   PointType m_StopPointInSource;
 181   PointType m_StopPointInDest;
 182   input->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StopSourceIndex, m_StopPointInSource);
 183   output->TransformIndexToPhysicalPoint(m_StopDestIndex, m_StopPointInDest);
 184   IndexType stopDestInSource;
 185   IndexType stopSourceInDest;
 186   input->TransformPhysicalPointToIndex(m_StopPointInDest, stopDestInSource);
 187   output->TransformPhysicalPointToIndex(m_StopPointInSource, stopSourceInDest);
 188
 189   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 190     if (m_StopPointInSource[i] > m_StopPointInDest[i]) {
 191       m_StopSourceIndex[i] = stopDestInSource[i];
 192     }
 193     else {
 194       m_StopDestIndex[i] = stopSourceInDest[i];
 195     }
 196   }
 197
 198   // Set size to the region we want to paste
 199   SizeType s;
 200   for(int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 201     s[i] = m_StopSourceIndex[i]-m_StartSourceIndex[i];
 202   m_Region.SetSize(s);
 203
 204 }
 205 //--------------------------------------------------------------------
 206
 207 //--------------------------------------------------------------------
 208 template <class ImageType>
 209 void
 210 clitk::CropLikeImageFilter<ImageType>::
 211 GenerateData() {
 212   // Get input pointers
 213   ImageConstPointer input = dynamic_cast<const ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 214
 215   // Get output pointer, fill with Background
 216   ImagePointer output = this->GetOutput(0);
 217
 218   output->FillBuffer(GetBackgroundValue());
 219
 220   // Paste image inside
 221   typedef itk::PasteImageFilter<ImageType,ImageType> PasteFilterType;
 222   typename PasteFilterType::Pointer pasteFilter = PasteFilterType::New();
 223   //pasteFilter->ReleaseDataFlagOn(); // change nothing ?
 224   //  pasteFilter->InPlaceOn(); // makt it seg fault
 225   pasteFilter->SetSourceImage(input);
 226   pasteFilter->SetDestinationImage(output);
 227   pasteFilter->SetDestinationIndex(m_StartDestIndex);
 228   pasteFilter->SetSourceRegion(m_Region);
 229   pasteFilter->Update();
 230
 231   // Get (graft) output (SetNthOutput does not fit here because of Origin).
 232   this->GraftOutput(pasteFilter->GetOutput());
 233 }
 234 //--------------------------------------------------------------------
 235
 236
 237 #endif //#define CLITKAUTOCROPFILTER