itk/clitkRelativePositionDataBaseAnalyzerFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKRELATIVEPOSITIONANALYZERFILTER_H
  20 #define CLITKRELATIVEPOSITIONANALYZERFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.h"
  24 #include "clitkFilterBase.h"
  25 #include "clitkRelativePositionDataBase.h"
  26
  27 namespace clitk {
  28
  29   //--------------------------------------------------------------------
  30   /*
  31     Load a database of relative positions. Analyze it and provide
  32     common relative position for each patient.
  33   */
  34   //--------------------------------------------------------------------
  35
  36   class RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter:
  37     public virtual clitk::FilterBase,
  38     public clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement
  39   {
  40
  41   public:
  42     RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter();
  43     virtual ~RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter() {}
  44
  45     // Input
  46     itkGetConstMacro(DatabaseFilename, std::string);
  47     itkSetMacro(DatabaseFilename, std::string);
  48     itkGetConstMacro(StationName, std::string);
  49     itkSetMacro(StationName, std::string);
  50     itkGetConstMacro(ObjectName, std::string);
  51     itkSetMacro(ObjectName, std::string);
  52     itkGetConstMacro(OutputFilename, std::string);
  53     itkSetMacro(OutputFilename, std::string);
  54
  55     // For debug
  56     void PrintOptions();
  57
  58     // Go !
  59     virtual void Update();
  60
  61   protected:
  62     std::string m_DatabaseFilename;
  63     std::string m_StationName;
  64     std::string m_ObjectName;
  65     std::string m_OutputFilename;
  66     clitk::RelativePositionDataBase db;
  67
  68     bool ComputeOptimalThreshold(RelativePositionDataBaseIndexType & index, double & threshold);
  69
  70   }; // end class
  71   //--------------------------------------------------------------------
  72
  73 } // end namespace clitk
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75
  76 #include "clitkRelativePositionDataBaseAnalyzerFilter.txx"
  77
  78 #endif