itk/clitkRelativePositionDataBaseAnalyzerFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 //--------------------------------------------------------------------
  20 clitk::RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter::
  21 RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter():
  22   clitk::FilterBase(),
  23   clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement()
  24 {
  25   VerboseFlagOff();
  26   SetDatabaseFilename("default.dbrp");
  27 }
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29
  30
  31 //--------------------------------------------------------------------
  32 void
  33 clitk::RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter::
  34 PrintOptions()
  35 {
  36   DD("TODO");
  37 }
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 void
  43 clitk::RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter::
  44 Update()
  45 {
  46   // Load DB of relative position
  47   db.Read(GetDatabaseFilename());
  48
  49   // Get list of objects, list of orientation
  50   std::vector<std::string> m_ListOfObjects;
  51   db.GetListOfObjects(GetStationName(), m_ListOfObjects);
  52
  53   // Set initial index in the DB
  54   clitk::RelativePositionDataBase::IndexType index;
  55   index.station = GetStationName();
  56
  57   // Loop over objects
  58   std::vector<double> m_ListOfThresholds;
  59   for(int i=0; i<m_ListOfObjects.size(); i++) {
  60     // DD(i);
  61     // DD(m_ListOfObjects[i]);
  62     // Set current index
  63     index.object = m_ListOfObjects[i];
  64     // Get the list of orientation
  65     std::vector<clitk::RelativePositionOrientationType> m_ListOfOrientations;
  66     db.GetListOfOrientations(GetStationName(), index.object, m_ListOfOrientations);
  67
  68     // Loop over orientation
  69     for(int j=0; j<m_ListOfOrientations.size(); j++) {
  70       // DD(j);
  71       // m_ListOfOrientations[j].Println();
  72       // Set current index
  73       index.orientation = m_ListOfOrientations[j];
  74       // Compute the best RelPos parameters
  75       double threshold;
  76       bool ok = ComputeOptimalThreshold(index, threshold);
  77       m_ListOfThresholds.push_back(threshold);
  78
  79       // Print debug FIXME
  80       if (ok) {
  81         std::cout << m_ListOfObjects[i] << " ";
  82         m_ListOfOrientations[j].Print();
  83         std::cout << " " << threshold << " " << ok << std::endl;
  84       }
  85     }
  86   }
  87 }
  88 //--------------------------------------------------------------------
  89
  90
  91 //--------------------------------------------------------------------
  92 bool
  93 clitk::RelativePositionDataBaseAnalyzerFilter::
  94 ComputeOptimalThreshold(RelativePositionDataBaseIndexType & index, double & threshold)
  95 {
  96   // Get list of patient
  97   std::vector<std::string> & ListOfPatients = db.GetListOfPatients(index);
  98   //  DD(ListOfPatients.size());
  99   // index.orientation.Println();
 100
 101   // For a given station, object, orientation
 102   bool stop=false;
 103   int i=0;
 104   if (index.orientation.notFlag) threshold = 0.0;
 105   else threshold = 1.0;
 106   while (!stop && (i<ListOfPatients.size())) {
 107     // DD(i);
 108     index.patient = ListOfPatients[i];
 109     // std::cout << i << " " << index.patient << " ";
 110     // Check index
 111     if (!db.CheckIndex(index)) {
 112       std::cout << "Warning index does not exist in the DB. index = ";
 113       index.Println(std::cout);
 114     }
 115     else {
 116       // index = patient station object, orientation = angle1 angle2 notFlag
 117       if (db.GetAreaGain(index) == 1.0) stop = true;
 118       else {
 119         if (index.orientation.notFlag) threshold = std::max(db.GetThreshold(index), threshold);
 120         else threshold = std::min(db.GetThreshold(index), threshold);
 121         // std::cout << db.GetThreshold(index) << " opt=" << threshold;
 122       }
 123     }
 124     ++i;
 125   }
 126   // std::cout << std::endl;
 127   // DD(threshold);
 128   // DD(stop);
 129   return !stop; // if stop before the end, this orientation is not useful.
 130 }
 131 //--------------------------------------------------------------------