itk/clitkRelativePositionDataBaseBuilderFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKRelativePositionDataBaseBuilderFILTER_H
  20 #define CLITKRelativePositionDataBaseBuilderFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement.h"
  24 #include "clitkFilterBase.h"
  25 #include "clitkRelativePositionAnalyzerFilter.h"
  26 #include "clitkRelativePositionDataBase.h"
  27
  28 // itk
  29 #include <itkImageToImageFilter.h>
  30
  31 namespace clitk {
  32
  33   //--------------------------------------------------------------------
  34   /*
  35     Analyze the relative position of a Target (mask image) according
  36     to some Object, in a given Support. Indicate the main important
  37     position of this Target according the Object.
  38   */
  39   //--------------------------------------------------------------------
  40
  41   template <class ImageType>
  42   class RelativePositionDataBaseBuilderFilter:
  43     public virtual FilterBase,
  44     public clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement,
  45     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  46   {
  47
  48   public:
  49     /** Standard class typedefs. */
  50     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>      Superclass;
  51     typedef RelativePositionDataBaseBuilderFilter<ImageType>          Self;
  52     typedef itk::SmartPointer<Self>                            Pointer;
  53     typedef itk::SmartPointer<const Self>                      ConstPointer;
  54
  55     /** Method for creation through the object factory. */
  56     itkNewMacro(Self);
  57
  58     /** Run-time type information (and related methods). */
  59     itkTypeMacro(RelativePositionDataBaseBuilderFilter, ImageToImageFilter);
  60
  61     /** Some convenient typedefs. */
  62     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  63     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  64     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  65     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  66     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  67     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  68     typedef typename ImageType::IndexType    IndexType;
  69     typedef typename ImageType::PointType    PointType;
  70
  71     /** ImageDimension constants */
  72     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  73     FILTERBASE_INIT;
  74     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  75
  76     // Inputs
  77     itkGetConstMacro(SupportName, std::string);
  78     itkSetMacro(SupportName, std::string);
  79
  80     itkGetConstMacro(TargetName, std::string);
  81     itkSetMacro(TargetName, std::string);
  82
  83     void AddObjectName(std::string s) { m_ObjectNames.push_back(s); }
  84     std::string & GetObjectName(int i) { return m_ObjectNames[i]; }
  85     int GetNumberOfObjects() { return m_ObjectNames.size(); }
  86
  87     // Options
  88     itkGetConstMacro(BackgroundValue, PixelType);
  89     itkSetMacro(BackgroundValue, PixelType);
  90
  91     itkGetConstMacro(ForegroundValue, PixelType);
  92     itkSetMacro(ForegroundValue, PixelType);
  93
  94     itkGetConstMacro(NumberOfBins, int);
  95     itkSetMacro(NumberOfBins, int);
  96
  97     itkGetConstMacro(NumberOfAngles, int);
  98     itkSetMacro(NumberOfAngles, int);
  99
 100     itkGetConstMacro(AreaLossTolerance, double);
 101     itkSetMacro(AreaLossTolerance, double);
 102
 103     // For debug
 104     void PrintOptions();
 105
 106     // I dont want to verify inputs information
 107     virtual void VerifyInputInformation() { }
 108
 109    protected:
 110     RelativePositionDataBaseBuilderFilter();
 111     virtual ~RelativePositionDataBaseBuilderFilter() {}
 112
 113     PixelType m_BackgroundValue;
 114     PixelType m_ForegroundValue;
 115
 116     ImagePointer m_Support;
 117     ImagePointer m_Object;
 118     ImagePointer m_Target;
 119
 120     std::string m_SupportName;
 121     std::string m_TargetName;
 122     std::vector<std::string> m_ObjectNames;
 123
 124     int m_NumberOfAngles;
 125     std::vector<double> m_ListOfAngles;
 126     std::vector<clitk::RelativePositionDirectionType> m_ListOfDirections;
 127
 128     int m_NumberOfBins;
 129     double m_AreaLossTolerance;
 130
 131     virtual void GenerateOutputInformation();
 132     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 133     virtual void GenerateData();
 134
 135     typename FloatImageType::Pointer
 136     ComputeFuzzyMap(ImageType * object, ImageType * target, double angle);
 137
 138     void
 139     ComputeOptimalThresholds(FloatImageType * map, ImageType * target, int bins, double tolerance,
 140                              double & threshold, double & reverseThreshold);
 141   private:
 142     RelativePositionDataBaseBuilderFilter(const Self&); //purposely not implemented
 143     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 144
 145   }; // end class
 146   //--------------------------------------------------------------------
 147
 148 } // end namespace clitk
 149 //--------------------------------------------------------------------
 150
 151 #include "clitkRelativePositionDataBaseBuilderFilter.txx"
 152
 153 #endif