itk/clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  20 #define CLITKSLICEBYSLICERELATIVEPOSITIONFILTER_H
  21
  22 // clitk
  23 #include "clitkFilterBase.h"
  24 #include "clitkAddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter.h"
  25
  26 namespace clitk {
  27
  28   //--------------------------------------------------------------------
  29   /*
  30     Perform Relative Position filtering in a slice by slice manner.
  31   */
  32   //--------------------------------------------------------------------
  33
  34   template <class ImageType>
  35   class ITK_EXPORT SliceBySliceRelativePositionFilter:
  36     public AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>
  37   {
  38
  39   public:
  40     /** Standard class typedefs. */
  41     typedef AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>   Superclass;
  42     typedef SliceBySliceRelativePositionFilter              Self;
  43     typedef itk::SmartPointer<Self>                         Pointer;
  44     typedef itk::SmartPointer<const Self>                   ConstPointer;
  45
  46     /** Method for creation through the object factory. */
  47     itkNewMacro(Self);
  48
  49     /** Run-time type information (and related methods). */
  50     itkTypeMacro(SliceBySliceRelativePositionFilter, ImageToImageFilter);
  51     FILTERBASE_INIT;
  52
  53     /** ImageDimension constants */
  54     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  55     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  56
  57     /** Some convenient typedefs. */
  58     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  59     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  60     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  61     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  62     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  63     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  64     typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension-1> SliceType;
  65     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<SliceType> RelPosFilterType;
  66     typedef typename RelPosFilterType::OrientationTypeEnumeration OrientationTypeEnumeration;
  67
  68     /** Input : initial image and object */
  69     void SetInput(const ImageType * image);
  70     void SetInputObject(const ImageType * image);
  71
  72     // Options
  73     void PrintOptions();
  74     itkGetConstMacro(Direction, int);
  75     itkSetMacro(Direction, int);
  76
  77     itkGetConstMacro(UniqueConnectedComponentBySlice, bool);
  78     itkSetMacro(UniqueConnectedComponentBySlice, bool);
  79     itkBooleanMacro(UniqueConnectedComponentBySlice);
  80
  81     itkGetConstMacro(IgnoreEmptySliceObjectFlag, bool);
  82     itkSetMacro(IgnoreEmptySliceObjectFlag, bool);
  83     itkBooleanMacro(IgnoreEmptySliceObjectFlag);
  84
  85     itkGetConstMacro(UseASingleObjectConnectedComponentBySliceFlag, bool);
  86     itkSetMacro(UseASingleObjectConnectedComponentBySliceFlag, bool);
  87     itkBooleanMacro(UseASingleObjectConnectedComponentBySliceFlag);
  88
  89   protected:
  90     SliceBySliceRelativePositionFilter();
  91     virtual ~SliceBySliceRelativePositionFilter() {}
  92
  93     virtual void GenerateOutputInformation();
  94     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
  95     virtual void GenerateData();
  96
  97     ImagePointer input;
  98     ImagePointer object;
  99     ImagePointer m_working_input;
 100     ImagePointer m_working_object;
 101     bool         m_UniqueConnectedComponentBySlice;
 102     int          m_Direction;
 103     bool         m_IgnoreEmptySliceObjectFlag;
 104     bool         m_UseASingleObjectConnectedComponentBySliceFlag;
 105
 106   private:
 107     SliceBySliceRelativePositionFilter(const Self&); //purposely not implemented
 108     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 109
 110   }; // end class
 111   //--------------------------------------------------------------------
 112
 113 } // end namespace clitk
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115
 116 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 117 #include "clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.txx"
 118 #endif
 119
 120 #endif