itk/clitkSliceBySliceRelativePositionFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 // clitk
  20 #include "clitkSegmentationUtils.h"
  21 // #include "clitkBooleanOperatorLabelImageFilter.h"
  22 // #include "clitkAutoCropFilter.h"
  23 // #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  24 // #include "clitkBooleanOperatorLabelImageFilter.h"
  25 #include "clitkExtractSliceFilter.h"
  26
  27 // // itk
  28 // #include <deque>
  29 // #include "itkStatisticsLabelMapFilter.h"
  30 // #include "itkLabelImageToStatisticsLabelMapFilter.h"
  31 // #include "itkRegionOfInterestImageFilter.h"
  32 // #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  33 // #include "itkBinaryErodeImageFilter.h"
  34 // #include "itkBinaryBallStructuringElement.h"
  35
  36 // // itk [Bloch et al]
  37 // #include "RelativePositionPropImageFilter.h"
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 template <class ImageType>
  41 clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType>::
  42 SliceBySliceRelativePositionFilter():
  43   clitk::FilterBase(),
  44   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>()
  45 {
  46   this->SetNumberOfRequiredInputs(2);
  47   SetDirection(2);
  48   SetObjectBackgroundValue(0);
  49 }
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54 template <class ImageType>
  55 void
  56 clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType>::
  57 SetInput(const ImageType * image) {
  58   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  59   this->SetNthInput(0, const_cast<ImageType *>(image));
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 template <class ImageType>
  66 void
  67 clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType>::
  68 SetInputObject(const ImageType * image) {
  69   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
  70   this->SetNthInput(1, const_cast<ImageType *>(image));
  71 }
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73
  74
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76 template <class ImageType>
  77 void
  78 clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType>::
  79 GenerateOutputInformation() {
  80   ImagePointer input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  81   ImagePointer outputImage = this->GetOutput(0);
  82   outputImage->SetRegions(input->GetLargestPossibleRegion());
  83 }
  84 //--------------------------------------------------------------------
  85
  86
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88 template <class ImageType>
  89 void
  90 clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType>::
  91 GenerateInputRequestedRegion() {
  92   // Call default
  93   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>::GenerateInputRequestedRegion();
  94   // Get input pointers and set requested region to common region
  95   ImagePointer input1 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
  96   ImagePointer input2 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(1));
  97   input1->SetRequestedRegion(input1->GetLargestPossibleRegion());
  98   input2->SetRequestedRegion(input2->GetLargestPossibleRegion());
  99 }
 100 //--------------------------------------------------------------------
 101
 102
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104 template <class ImageType>
 105 void
 106 clitk::SliceBySliceRelativePositionFilter<ImageType>::
 107 GenerateData() {
 108   // Get input pointer
 109   input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 110   object = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(1));
 111
 112   //--------------------------------------------------------------------
 113   // Resample object to the same spacing than input
 114   if (!clitk::HaveSameSpacing<ImageType, ImageType>(object, input)) {
 115     StartNewStep("Resample object to the same spacing than input");
 116     m_working_object = clitk::ResampleImageSpacing<ImageType>(object, input->GetSpacing());
 117     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_object);
 118   }
 119   else {
 120     DD("no resampling");
 121     m_working_object = object;
 122   }
 123
 124   //--------------------------------------------------------------------
 125   // Pad object to the same size than input
 126   if (!clitk::HaveSameSizeAndSpacing<ImageType, ImageType>(m_working_object, input)) {
 127     StartNewStep("Pad object to the same size than input");
 128     m_working_object = clitk::EnlargeImageLike<ImageType>(m_working_object,
 129                                                           input,
 130                                                           GetObjectBackgroundValue());
 131     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_object);
 132   }
 133   else {
 134     DD("no pad");
 135   }
 136
 137   /*
 138
 139
 140   //--------------------------------------------------------------------
 141   // Extract input slices
 142   StartNewStep("Extract input slices");
 143   typedef clitk::ExtractSliceFilter<ImageType> ExtractSliceFilterType;
 144   typename ExtractSliceFilterType::Pointer extractSliceFilter = Extractslicefilter::New();
 145   extractSliceFilter->SetInput(input);
 146   extractSliceFilter->SetDirection(GetDirection());
 147   extractSliceFilter->Update();
 148   typedef typename ExtractSliceFilterType::SliceType SliceType;
 149   std::vector<typename SliceType::Pointer> & mInputSlices = extractSliceFilter->GetOutput();
 150   DD(mInputSlices.size());
 151   StopCurrentStep<SliceType>(mInputSlices[5]);
 152
 153   //--------------------------------------------------------------------
 154   // Extract object slices
 155
 156   StartNewStep("Extract object slices");
 157   extractSliceFilter = Extractslicefilter::New();
 158   extractSliceFilter->SetInput(input);
 159   extractSliceFilter->SetDirection(GetDirection());
 160   extractSliceFilter->Update();
 161   std::vector<typename SliceType::Pointer> & mObjectSlices = extractSliceFilter->GetOutput();
 162   DD(mObjectSlices.size());
 163   StopCurrentStep<SliceType>(mInputSlices[5]);
 164
 165
 166   //--------------------------------------------------------------------
 167   // Perform slice by slice relative position
 168   StartNewStep("Perform slice by slice relative position");
 169   for(int i=0; i<mInputSlices.size(); i++) {
 170     DD(i);
 171     typedef clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<SliceType> RelPosFilterType;
 172     typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter = RelPosFilterType::New();
 173     relPosFilter->VerboseStepOff();
 174     relPosFilter->WriteStepOff();
 175     relPosFilter->SetInput(mInputSlices[i]);
 176     relPosFilter->SetInputObject(mObjectSlices[i]);
 177     relPosFilter->SetOrientationType(GetOrientationType());
 178     relPosFilter->SetIntermediateSpacing(GetIntermediateSpacing());
 179     relPosFilter->SetFuzzyThreshold(GetFuzzyThreshold());
 180     relPosFilter->Update();
 181     mInputSlices[i] = relPosFilter->GetOutput();
 182   }
 183   typedef itk::JoinSeriesImageFilter<SliceType, ImageType> JointSeriesFilterType;
 184   typename JointSeriesFilterType::Pointer jointFilter = JointSeriesFilterType::New();
 185   for(int i=0; i<mInputSlices.size(); i++) {
 186     jointFilter->SetInput(i, mInputSlices[i]);
 187   }
 188   m_working_input = jointFilter->GetOutput();
 189   DD(m_working_input->GetSpacing());
 190   DD(m_working_input->GetOrigin());
 191   StopCurrentStep<ImageType>(m_working_input);
 192
 193   */
 194
 195
 196   //--------------------------------------------------------------------
 197   //--------------------------------------------------------------------
 198   // Final Step -> set output
 199   this->SetNthOutput(0, m_working_input);
 200   return;
 201 }
 202 //--------------------------------------------------------------------
 203