registration/clitkConvertPointList.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 /* =================================================
  20  * @file   clitkConvertPointList.cxx
  21  * @author
  22  * @date
  23  *
  24  * @brief
  25  *
  26  ===================================================*/
  27
  28
  29 // clitk
  30 #include "clitkConvertPointList_ggo.h"
  31 #include "clitkIO.h"
  32 #include "clitkImageCommon.h"
  33 #include "clitkList.h"
  34 #include "clitkLists.h"
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 int main(int argc, char * argv[]) {
  39
  40   // Init command line
  41   GGO(clitkConvertPointList, args_info);
  42   CLITK_INIT;
  43
  44   // List
  45   typedef itk::Point<double, 3> PointType;
  46   typedef clitk::List<PointType> ListType;
  47   typedef clitk::Lists<PointType> ListsType;
  48   ListType refList;
  49   ListsType targetLists;
  50
  51   // Image
  52   typedef itk::Image<signed short, 3> ImageType;
  53   ImageType::Pointer referenceImage=clitk::readImage<ImageType>(args_info.refIm_arg, args_info.verbose_flag);
  54
  55   // Filenames
  56   std::vector< std::string> fileNames;
  57   for(unsigned int i=0; i< args_info.lists_given; i++)
  58     {
  59       fileNames.push_back(args_info.lists_arg[i]);
  60       if (args_info.verbose_flag) std::cout<<"Adding input point list "<<fileNames[i]<<std::endl;
  61     }
  62
  63   // Read and convert
  64   targetLists.ReadAndConvertPointPairs(fileNames, refList, referenceImage, args_info.verbose_flag );
  65
  66   // Write
  67   if (args_info.ref_given)  refList.Write(args_info.ref_arg, args_info.verbose_flag);
  68   if (args_info.targets_given ==  args_info.lists_given)
  69     {
  70       // output filenames
  71       std::vector<std::string> oFileNames;
  72       for(unsigned int i=0; i< args_info.targets_given; i++)
  73         oFileNames.push_back(args_info.targets_arg[i]);
  74       targetLists.Write(oFileNames, args_info.verbose_flag);
  75     }
  76
  77   return EXIT_SUCCESS;
  78
  79 }// end main
  80
  81 //--------------------------------------------------------------------