registration/clitkMultiResolutionPyramidGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkMultiResolutionPyramidGenericFilter_txx
  19 #define clitkMultiResolutionPyramidGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMultiResolutionPyramidGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   MultiResolutionPyramidGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   MultiResolutionPyramidGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     reader->Update();
  85     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  86
  87     // Filter
  88     typedef itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
  89     typename FilterType::Pointer filter;
  90     switch(m_ArgsInfo.type_arg)
  91       {
  92       case 0:
  93         {
  94           typedef itk::MultiResolutionPyramidImageFilter<InputImageType, OutputImageType> MRFilterType;
  95           typename MRFilterType::Pointer rmFilter =MRFilterType::New();
  96           if (m_Verbose) std::cout<<"Using the multi-resolution filter..."<<std::endl;
  97           rmFilter->SetNumberOfLevels(m_ArgsInfo.levels_arg);
  98           filter=rmFilter;
  99           break;
 100         }
 101       case 1:
 102         {
 103           typedef itk::RecursiveMultiResolutionPyramidImageFilter<InputImageType, OutputImageType> RecursiveFilterType;
 104           typename RecursiveFilterType::Pointer rFilter=RecursiveFilterType::New();
 105           if (m_Verbose) std::cout<<"Using the recursive multi-resolution filter..."<<std::endl;
 106           rFilter->SetNumberOfLevels(m_ArgsInfo.levels_arg);
 107           rFilter->SetUseShrinkImageFilter(false);
 108           filter=rFilter;
 109           break;
 110         }
 111       case 2:
 112         {
 113           typedef clitk::SpatioTemporalMultiResolutionPyramidImageFilter<InputImageType, OutputImageType> SpatioTemporalFilterType;
 114           typename SpatioTemporalFilterType::Pointer spFilter=SpatioTemporalFilterType::New();
 115           if (m_Verbose) std::cout<<"Using the spatio-temporal multi-resolution filter..."<<std::endl;
 116           spFilter->SetNumberOfLevels(m_ArgsInfo.levels_arg);
 117           filter=spFilter;
 118           break;
 119         }
 120     case 3:
 121         {
 122           typedef clitk::RecursiveSpatioTemporalMultiResolutionPyramidImageFilter<InputImageType, OutputImageType> RecursiveSpatioTemporalFilterType;
 123           typename RecursiveSpatioTemporalFilterType::Pointer rspFilter=RecursiveSpatioTemporalFilterType::New();
 124           if (m_Verbose) std::cout<<"Using the recursive spatio-temporal multi-resolution filter..."<<std::endl;
 125           rspFilter->SetNumberOfLevels(m_ArgsInfo.levels_arg);
 126           rspFilter->SetUseShrinkImageFilter(false);
 127           filter=rspFilter;
 128           break;
 129         }
 130       }
 131
 132     // Common
 133     filter->SetInput(input);
 134     try
 135       {
 136         filter->Update();
 137       }
 138     catch (itk::ExceptionObject)
 139       {
 140         std::cerr<<"Exception thrown during update() of the multi-resolution pyramid filter!"<<std::endl;
 141       }
 142
 143     // Output
 144     for(unsigned int i=0; i< m_ArgsInfo.output_given;i++)
 145       {
 146         // Get image at level i
 147         typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput(i);
 148
 149         // Write
 150         writeImage<OutputImageType>(output,m_ArgsInfo.output_arg[i], m_Verbose);
 151 //      typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 152 //      typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 153 //      writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg[i]);
 154 //      writer->SetInput(output);
 155 //      writer->Update();
 156       }
 157   }
 158
 159
 160 }//end clitk
 161
 162 #endif //#define clitkMultiResolutionPyramidGenericFilter_txx