scripts/calculate_motion_amplitude.sh

   1 #! /bin/bash +x
   2
   3 ############# main
   4
   5 if echo $* | grep "\-h"; then
   6   echo Usage: calculate_motion_amplitude.sh VECTOR_FILE RTSTRUCT_FILE RTSTRUCT_ROI_NUMBER RTSTRUCT_REF_IMAGE
   7   echo "  VECTOR_FILE: mhd of the vector field from where to extract motion information (may also be 4D)"
   8   echo "  RTSTRUCT_FILE: dicom with contours"
   9   echo "  RTSTRUCT_ROI: number of the contour whose motion to analyze"
  10   echo "  RTSTRUCT_REF_IMAGE: mhd of the reference image used in the contour delineation"
  11
  12   exit 0
  13 fi
  14
  15 if [ $# != 4 ]; then
  16   echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  17   exit -1
  18 fi
  19
  20 vector_file=$1
  21 rtstruct_file=$2
  22 rtstruct_roi=$3
  23 rtstruct_ref_image=$4
  24
  25 if ! cat $vector_file | grep -q "Channels = 3"; then
  26   echo Vector file must have 3 channels.
  27   exit -2
  28 fi
  29
  30 # create ROI mask from rtstruct
  31 roi_mask=roi_${rtstruct_roi}.mhd
  32 clitkDicomRTStruct2BinaryImage -i ${rtstruct_file} -o ${roi_mask} -j ${rtstruct_ref_image} -r ${rtstruct_roi} 2> /tmp/err.txt
  33 if cat /tmp/err.txt | grep -q "No ROI"; then
  34   echo Invalid contour number.
  35   exit -3
  36 fi
  37
  38 # guarantees the same sampling for roi mask and vector image
  39 roi_mask2=resampled_${roi_mask}
  40 clitkResampleImage -i ${roi_mask} -o ${roi_mask2} --like ${vector_file}
  41
  42 # calculate motion amplitudes along the 3 image axes
  43 dir=( sagittal coronal axial )
  44 for i in 0 1 2; do
  45   echo Motion along ${dir[$i]} direction
  46   clitkImageStatistics -i ${vector_file} -m ${roi_mask2} -c $i --verbose 2> /dev/null | tail -n 8 | head -n 6 > /tmp/res.txt
  47   min=`tail -n 2 /tmp/res.txt | head -n 1 | cut -f 2 -d ':'`
  48   max=`tail -n 1 /tmp/res.txt | cut -f 2 -d ':'`
  49   amp=`echo $max-$min | bc`
  50   cat /tmp/res.txt
  51   echo "Amplitude: $amp"
  52   echo
  53 done
  54
  55 rm `basename $roi_mask .mhd`.{mhd,raw}
  56 rm `basename $roi_mask2 .mhd`.{mhd,raw}
  57 rm /tmp/err.txt
  58 rm /tmp/res.txt