scripts/create_mhd_3D.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3
   4 #################################################################################
   5 # create_mhd_3D         argument : {image data} raw_image nom_fichier_de_sortie #
   6 #################################################################################
   7 if [ $# -lt 1 ]
   8 then
   9     echo "Usage: create_mhd_3D.sh dimx dimy dimz spcx spcy spcz offx offy offz pixel_type raw_image_file output_file"
  10     echo "dim*: dimensions of the image"
  11     echo "spc*: pixel spacing along each dimension"
  12     echo "off*: offset along each dimension"
  13     echo "pixel_type: CHAR, UCHAR, SHORT, USHORT, FLOAT"
  14     echo "raw_image_file: image to be referenced by the mhd file created"
  15     echo "output_file: mhd to be created"
  16     exit 1
  17 fi
  18
  19 # can point to existing raw files
  20 n=`ls ${11} | wc -l`
  21 if [ $n -eq 0 ]
  22 then
  23     echo "${11} does not exist. Cannot create mhd file."
  24     exit
  25 fi
  26
  27 # check if the raw file has the "raw" extension
  28 n=`ls ${11} | grep .raw | wc -l`
  29 if [ $n -eq 0 ]
  30 then
  31     # change extension to raw
  32     raw_base=`echo ${11} | cut -d . -f 1`;
  33     raw_file=$raw_base".raw";
  34     mv ${11} $raw_file
  35 else
  36     raw_file=${11}
  37 fi
  38
  39 # create file (with some default values...)
  40 echo "NDims = 3" > ${12}
  41 echo "TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1" >> ${12}
  42 echo "Offset = " $7 $8 $9 >> ${12}
  43 echo "CenterOfRotation = 0 0 0" >> ${12}
  44 echo "AnatomicalOrientation = RAI" >> ${12}
  45 echo "ElementSpacing = " $4 $5 $6 >> ${12}
  46 echo "DimSize = " $1 $2 $3 >> ${12}
  47 echo "ElementType = MET_"${10} >> ${12}
  48 echo "ElementDataFile = " $raw_file >> ${12}
  49
  50