scripts/create_midP-2.0.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: create_midP-2.0.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Version 2.0 of the create_midP.sh script. The most relevant changes are:
   9 #   * receives a .conf file as input, with variables related to the registration
  10 #   parameters and to paramters of the script itself (see accompanying midp_template.conf)
  11 #   for details.
  12 #   * separates execution steps: it's now possible to choose which operation to execute
  13 #   (mask, registration, midp, or all).
  14 #   * some steps are now in different modules, to facilitate re-use (see "includes" section).
  15 #   * minor modifications on output file names.
  16 #   * attempt to simplify the code a bit.
  17 #
  18 ###############################################################################
  19
  20 ######################### includes
  21
  22 source `dirname $0`/create_midP_masks-2.0.sh using-as-lib 2 nn
  23 source `dirname $0`/registration.sh
  24 source `dirname $0`/midp_common.sh
  25
  26 registration()
  27 {
  28   echo
  29   echo "----------- Registration ------------"
  30   start=`date`
  31   echo "start: $start"
  32   echo
  33
  34   mkdir -p $vf_dir
  35   mkdir -p $output_dir
  36
  37   # banded images may be created as separate files,
  38   # with the specified preffix, which is interesting for debugging.
  39   # if blank, it means that the original images (those without bands)
  40   # will be used (see create_midP_masks-2.0.sh for details).
  41   banded="banded_"
  42
  43   # params read from conf file
  44   params="$nb_iter $nb_samples $sampling_algo $nb_hist_bins $nb_levels $bspline_spacing $metric $optimizer $interpolator"
  45
  46   # register all phases to the reference
  47   for i in $( seq 0 $((${#phase_files[@]} - 1))); do
  48     phase_file=${phase_files[$i]}
  49     phase_nb=${phase_nbs[$i]}
  50
  51     if [ "$phase_nb" != "$ref_phase_nb" ]; then
  52       # inside params
  53       reference_in=$mask_dir/${banded}inside_$ref_phase_nb.mhd
  54       target_in=$mask_dir/${banded}inside_$phase_nb.mhd
  55       mask_ref_in=$mask_dir/mask_inside_$ref_phase_nb.mhd
  56       mask_targ_in=$mask_dir/mask_inside_$phase_nb.mhd
  57       vf_in=$vf_dir/vf_inside_${ref_phase_nb}_$phase_nb.mhd
  58       result_in=$output_dir/result_inside_${ref_phase_nb}_$phase_nb.mhd
  59       log_in=$log_dir/log_inside_${ref_phase_nb}_$phase_nb.log
  60
  61       # outside params
  62       reference_out=$mask_dir/${banded}outside_$ref_phase_nb.mhd
  63       target_out=$mask_dir/${banded}outside_$phase_nb.mhd
  64       mask_ref_out=$mask_dir/mask_outside_$ref_phase_nb.mhd
  65       mask_targ_out=$mask_dir/mask_outside_$phase_nb.mhd
  66       vf_out=$vf_dir/vf_outside_$ref_phase_nb\_$phase_nb.mhd
  67       result_out=$output_dir/result_outside_$ref_phase_nb\_$phase_nb.mhd
  68       log_out=$log_dir/log_outside_${ref_phase_nb}_$phase_nb.log
  69
  70       # registration
  71       if [ "$method" == "blutdir" ]; then
  72         registration_blutdir $reference_in $target_in $mask_ref_in $mask_targ_in $vf_in $result_in $params $log_in
  73         registration_blutdir $reference_out $target_out $mask_ref_out $mask_targ_out $vf_out $result_out $params $log_out
  74       elif [ "$method" == "elastix" ]; then
  75         registration_elastix $reference_in $target_in $mask_ref_in $mask_targ_in $vf_in $result_in $params $log_in
  76         registration_elastix $reference_out $target_out $mask_ref_out $mask_targ_out $vf_out $result_out $params $log_out
  77       fi
  78
  79       # combine in and out vf
  80       motion_mask=$mask_dir/mm_$phase_nb.mhd
  81       vf_result=$vf_dir/vf_${ref_phase_nb}_$phase_nb.mhd
  82       clitkCombineImage -i $vf_in -j $vf_out -m $motion_mask -o $vf_result
  83       abort_on_error registration $? clean_up_registration
  84
  85       clitkZeroVF -i $vf_in -o vf_zero.mhd
  86       abort_on_error registration $? clean_up_registration
  87
  88       clitkCombineImage -i $vf_result -j vf_zero.mhd -m $patient_mask -o $vf_result
  89       abort_on_error registration $? clean_up_registration
  90
  91       rm vf_zero.*
  92
  93       # save for later...
  94       vf_ref=$vf_in
  95     fi
  96   done
  97
  98   # create (zero) vf from reference to reference
  99   clitkZeroVF -i $vf_ref -o $vf_dir/vf_${ref_phase_nb}_${ref_phase_nb}.mhd
 100   abort_on_error registration $? clean_up_registration
 101
 102   # create 4D vf
 103   create_mhd_4D_pattern.sh $vf_dir/vf_${ref_phase_nb}_
 104
 105   echo
 106   echo "-------- Registration done ! --------"
 107   end=`date`
 108   echo "start: $start"
 109   echo "end: $end"
 110   echo
 111 }
 112
 113 midp()
 114 {
 115   echo
 116   echo "----------- Mid-position ------------"
 117   start=`date`
 118   echo "start: $start"
 119   echo
 120
 121   mkdir -p $midp_dir
 122
 123   ########### calculate the midp wrt the reference phase
 124   phase_nb=$ref_phase_nb
 125   echo "Calculating midp_$phase_nb.mhd..."
 126   vf_midp=$midp_dir/vf_$phase_nb\_midp.mhd
 127   midp=$midp_dir/midp_$phase_nb.mhd
 128   # average the vf's from reference phase to phase
 129   clitkAverageTemporalDimension -i $vf_dir/vf_${ref_phase_nb}_4D.mhd -o $vf_midp
 130   abort_on_error midp $? clean_up_midp
 131
 132   # invert the vf (why?)
 133   clitkInvertVF -i $vf_midp -o $vf_midp
 134   abort_on_error midp $? clean_up_midp
 135
 136   # create the midp by warping the reference phase with the reference vf
 137   clitkWarpImage -i $ref_phase_file -o $midp --vf=$vf_midp -s 1
 138   abort_on_error midp $? clean_up_midp
 139
 140   ref_vf_midp=$vf_midp
 141   ref_midp=$midp
 142   clitkImageConvert -i $ref_midp -o $ref_midp -t float
 143   abort_on_error midp $? clean_up_midp
 144
 145   ########### calculate the midp wrt the other phases
 146   for i in $( seq 0 $((${#phase_files[@]} - 1))); do
 147     phase_file=${phase_files[$i]}
 148     phase_nb=${phase_nbs[$i]}
 149     vf_midp=$midp_dir/vf_$phase_nb\_midp.mhd
 150     midp=$midp_dir/midp_$phase_nb.mhd
 151
 152     if [ "$phase_nb" != "$ref_phase_nb" ]; then
 153       echo "Calculating midp_$phase_nb.mhd..."
 154       # calculate vf from phase to midp, using the vf from reference phase to midp (-i)
 155       # and the vf from reference phase to phase (-j)
 156       clitkComposeVF -i $ref_vf_midp -j $vf_dir/vf_$ref_phase_nb\_$phase_nb.mhd -o $vf_midp
 157       abort_on_error midp $? clean_up_midp
 158
 159       clitkWarpImage -i $phase_file -o $midp --vf=$vf_midp -s 1
 160       abort_on_error midp $? clean_up_midp
 161
 162       clitkImageConvert -i $midp -o $midp -t float
 163       abort_on_error midp $? clean_up_midp
 164     fi
 165   done
 166
 167   create_mhd_4D_pattern.sh $midp_dir/midp_
 168
 169   echo "Calculating midp_avg.mhd..."
 170   clitkAverageTemporalDimension -i $midp_dir/midp_4D.mhd -o $midp_dir/midp_avg.mhd
 171   abort_on_error midp $? clean_up_midp
 172
 173   echo "Calculating midp_med.mhd..."
 174   clitkMedianTemporalDimension -i $midp_dir/midp_4D.mhd -o $midp_dir/midp_med.mhd
 175   abort_on_error midp $? clean_up_midp
 176
 177   # clean-up
 178   rm $midp_dir/vf_*
 179
 180   echo
 181   echo "-------- Mid-position done ! --------"
 182   end=`date`
 183   echo "start: $start"
 184   echo "end: $end"
 185   echo
 186 }
 187
 188
 189
 190 ######################### main
 191
 192 if [ $# != 3 ]; then
 193   echo "Usage: create_midP-2.0.sh CT_4D REF_PHASE CONF_FILE"
 194   exit -1
 195 fi
 196
 197 echo
 198 echo "--------------- START ---------------"
 199 begining=`date --rfc-3339=seconds`
 200 # echo "beginning: $begining"
 201 echo
 202
 203 # variable declarations
 204 mhd4d=$1
 205 ref_phase=$2
 206 conf=$3
 207 source $conf
 208
 209 cd `dirname $mhd4d`
 210
 211 mkdir -p $log_dir
 212 mask_dir="MASK-${mask_interpolation_spacing}mm-$mask_interpolation_algorithm"
 213
 214 extract_4d_phases_ref $mhd4d $ref_phase
 215
 216 if [ "$step" == "mask" -o "$step" == "all" ]; then
 217   motion_mask $mhd4d $mask_interpolation_spacing $mask_interpolation_algorithm
 218 fi
 219
 220 if [ "$step" == "registration" -o "$step" == "all" ]; then
 221   registration
 222 fi
 223
 224 if [ "$step" == "midp" -o "$step" == "all" ]; then
 225   midp
 226 fi
 227
 228 echo
 229 echo "---------------- END ----------------"
 230 terminating=`date --rfc-3339=seconds`
 231 echo "beginning: $begining"
 232 echo "terminating: $terminating"
 233 echo