scripts/create_midP_masks.sh

   1 #! /bin/bash -x
   2
   3 MAX_THREADS=2
   4
   5 check_threads()
   6 {
   7     while [[ $(jobs -p | wc -l) -ge $1 ]]; do
   8         jobs
   9         sleep 10
  10     done
  11 }
  12
  13 extract_patient()
  14 {
  15   echo "$image_name -> Extracting patient..."
  16   clitkExtractPatient -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --noAutoCrop -a $afdb_name $ExtractPatientExtra
  17   clitkBinarizeImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name -l 1 -u 1 --mode=BG
  18   clitkSetBackground -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --mask $mask_dir_tmp/patient_$image_name --outsideValue -1000
  19 }
  20
  21 extract_bones()
  22 {
  23   if [ x = x$ExtractBonesLower1 ]; then
  24     ExtractBonesLower1=120
  25   fi
  26   echo "$image_name -> Extracting bones..."
  27   clitkImageConvert -i $image_name -o $mask_dir_tmp/float_$image_name -t float
  28   #clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --lower1 120 --upper1 2000 --lower2 70 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  29   clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name -a $afdb_name --lower1 $ExtractBonesLower1 --upper1 2000 --lower2 80 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  30   #clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --type 2 --radius 4,4,2
  31 }
  32
  33 extract_lungs()
  34 {
  35   echo "$image_name -> Extracting lungs..."
  36   clitkExtractLung -i $image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -a $afdb_name --noAutoCrop
  37 }
  38
  39 resample()
  40 {
  41   echo "$image_name -> Resampling..."
  42   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  43   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  44   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --interp $resample_algo
  45   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name
  46 }
  47
  48 compute_motion_mask()
  49 {
  50   if [ x = x$MotionMaskOffsetDetect ]; then
  51     MotionMaskOffsetDetect="0,-5,0"
  52   fi
  53   clitkMotionMask -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/mm_$image_name --featureBones=$mask_dir_tmp/bones_$image_name --featureLungs=$mask_dir_tmp/lungs_$image_name --upperThresholdLungs -400 --fillingLevel 94 --offsetDetect 0,-5,0 --pad --writeFeature=$mask_dir_tmp/feature_$image_name $MotionMaskExtra --monitor=$mask_dir_tmp/monitor_$image_name
  54 }
  55
  56 set_background()
  57 {
  58   echo "$image_name -> Setting Background..."
  59   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/inside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200
  60   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/outside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200 --fg
  61 }
  62
  63 create_registration_masks()
  64 {
  65   echo "$image_name -> Creating registration masks..."
  66   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/mm_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_in_$image_name --type 1 --radius 8
  67   clitkExtractPatient -i $mask_dir_tmp/outside_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --noAutoCrop
  68   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --type 1 --radius 8
  69 }
  70
  71 remove_tmp_masks()
  72 {
  73   echo "Removing temporary files..."
  74   image_name_base=`echo $image_name | sed 's/mhd//'`
  75   case $1 in
  76   1)
  77     #rm $mask_dir_tmp/float_$image_name_base*
  78     ;;
  79   2)
  80     #rm $mask_dir_tmp/bones_$image_name_base*
  81     ;;
  82   3)
  83     #rm $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name_base*
  84     ;;
  85   esac
  86 }
  87
  88 mm_preprocessing()
  89 {
  90   extract_patient
  91   extract_bones
  92   extract_lungs
  93   remove_tmp_masks 1
  94   resample
  95 }
  96
  97 mm_postprocessing()
  98 {
  99   remove_tmp_masks 2
 100   set_background
 101   remove_tmp_masks 3
 102   create_registration_masks
 103 }
 104
 105 mm_workflow()
 106 {
 107   extract_patient
 108   extract_bones
 109   remove_tmp_masks 1
 110   resample
 111   echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 112   compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 113   remove_tmp_masks 2
 114   set_background
 115   remove_tmp_masks 3
 116   create_registration_masks
 117 }
 118
 119 motion_mask()
 120 {
 121   #set cmd line variables
 122   echo "4D CT -> "$1
 123   phases=`grep ".raw" $1`
 124   echo "mask phases -> " $phases
 125
 126   dir=`dirname $1`
 127   cd $dir
 128
 129   resample_spacing=$2
 130   resample_algo=$3
 131
 132
 133   #set other global variables
 134   mask_dir="MASK-$resample_spacing""mm""-$resample_algo"
 135   mask_dir_tmp="tmp."$mask_dir
 136
 137   echo
 138   echo "------------ Motion mask from create_midP_masks.sh ------------"
 139   start=`date`
 140   echo "start: $start"
 141   echo
 142
 143   # the motion masks are first created in a tmp directory. this directory is
 144   # later going to be renamed to the final motion mask directory. concurrent
 145   # executions trying to create the same set of masks will be blocked until
 146   # the first execution finishes. naturally, these other executions will not
 147   # recreate the masks. so first we try to create the tmp directory.
 148   # if the creation fails, it means that another execution is
 149   # already creating the masks, so this execution will be blocked. the
 150   # execution is unblocked only when the creation of masks is finished and
 151   # the mask directory is renamed.
 152   #
 153   # ATTENTION: RP - 08/02/2011
 154   # robustness issue: tmp directory may exist but may be empty or
 155   # incomplete. the solution is to check per file, but I'll leave it like
 156   # this for the moment.
 157   do_mm=0
 158   if [ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]; then
 159     mkdir $mask_dir_tmp 2> /dev/null
 160     return_mkdir=$?
 161     if [ $return_mkdir == 0 ]; then
 162       do_mm=1
 163     else
 164       while [[ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]]; do
 165         echo "waiting creation of motion masks..."
 166         sleep 2
 167       done
 168       echo "finished waiting"
 169     fi
 170   fi
 171
 172   regmask_in_list=""
 173   regmask_out_list=""
 174   reg_in_list=""
 175   reg_out_list=""
 176
 177   # multi-threaded pre-processing for motion mask calcs
 178   if [ $do_mm == 1 ]; then
 179     mask_log_dir=$mask_dir_tmp/LOG
 180     mkdir -p $mask_log_dir
 181
 182     for phase in $phases
 183     do
 184       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 185       afdb_name=`echo $phase | sed 's/raw/afdb/'`
 186       check_threads $MAX_THREADS
 187       mm_preprocessing &
 188     done
 189
 190     # single-threaded motion mask calc
 191     for phase in $phases
 192     do
 193       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 194
 195       check_threads 1
 196       echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 197       compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 198     done
 199   fi
 200
 201   # multi-threaded post-processing of motion mask calcs
 202   for phase in $phases
 203   do
 204     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 205     if [ $do_mm = 1 ]; then
 206       check_threads $MAX_THREADS
 207       mm_postprocessing &
 208     fi
 209
 210     regmask_in_list="$regmask_in_list regmask_in_$image_name"
 211     regmask_out_list="$regmask_out_list regmask_out_$image_name"
 212     reg_in_list="$reg_in_list inside_$image_name"
 213     reg_out_list="$reg_out_list outside_$image_name"
 214   done
 215
 216   # rename tmp mask directory after mask creation
 217   check_threads 1
 218   mv $mask_dir_tmp $mask_dir
 219
 220   wait
 221
 222   echo
 223   echo "-------- Motion mask done ! ---------"
 224   end=`date`
 225   echo "start: $start"
 226   echo "end: $end"
 227   echo
 228 }
 229
 230
 231 #################
 232 # main  #
 233 #################
 234
 235 if [ $# != 3 ]; then
 236   echo "Usage: create_midP_masks.sh 4D_CT.mhd resample_spacing resample_algorithm"
 237   exit -1
 238 fi
 239
 240 #
 241 # variables exported in this scope
 242 #
 243 # mask_dir: directory where all mask are kept
 244 # regmask_in_list: list of registration mask files (inside lungs)
 245 # regmask_out_list: list of registration mask files (outised lungs)
 246 # reg_in_list: list of registration image files (inside lungs)
 247 # reg_out_list: list of registration image files (outside lungs)
 248 #
 249
 250 # import variables specific to each patient
 251 source variables
 252
 253 if [ $1 != "using-as-lib" ]; then
 254   motion_mask $1 $2 $3
 255 fi