scripts/create_midP_masks.sh

   1 #! /bin/bash -x
   2
   3 MAX_THREADS=2
   4
   5 check_threads()
   6 {
   7     while [[ $(jobs -p | wc -l) -ge $1 ]]; do
   8         jobs
   9         sleep 10
  10     done
  11 }
  12
  13 extract_patient()
  14 {
  15   echo "$image_name -> Extracting patient..."
  16   clitkExtractPatient -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --noAutoCrop -a $afdb_name $ExtractPatientExtra
  17   clitkBinarizeImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name -l 1 -u 1 --mode=BG
  18   clitkSetBackground -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --mask $mask_dir_tmp/patient_$image_name --outsideValue -1000
  19 }
  20
  21 extract_bones()
  22 {
  23   if [ x = x$ExtractBonesLower1 ]; then
  24     ExtractBonesLower1=120
  25   fi
  26   if [ x = x$ExtractBonesLower2 ]; then
  27     ExtractBonesLower2=80
  28   fi
  29   echo "$image_name -> Extracting bones..."
  30   clitkImageConvert -i $image_name -o $mask_dir_tmp/float_$image_name -t float
  31   #clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --lower1 120 --upper1 2000 --lower2 70 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  32   clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name -a $afdb_name --lower1 $ExtractBonesLower1 --upper1 2000 --lower2 $ExtractBonesLower2 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  33   #clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --type 2 --radius 4,4,2
  34 }
  35
  36 extract_lungs()
  37 {
  38   echo "$image_name -> Extracting lungs..."
  39   clitkExtractLung -i $image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -a $afdb_name --noAutoCrop
  40 }
  41
  42 resample()
  43 {
  44   echo "$image_name -> Resampling..."
  45   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  46   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  47   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --interp $resample_algo
  48   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name
  49 }
  50
  51 compute_motion_mask()
  52 {
  53   if [ x = x$MotionMaskOffsetDetect ]; then
  54     MotionMaskOffsetDetect="0,-5,0"
  55   fi
  56   if [ x = x$FillingLevel ]; then
  57     FillingLevel=94
  58   fi
  59   clitkMotionMask -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/mm_$image_name --featureBones=$mask_dir_tmp/bones_$image_name --featureLungs=$mask_dir_tmp/lungs_$image_name --upperThresholdLungs -400 --fillingLevel $FillingLevel --offsetDetect 0,-5,0 --pad --writeFeature=$mask_dir_tmp/feature_$image_name $MotionMaskExtra --monitor=$mask_dir_tmp/monitor_$image_name
  60 }
  61
  62 set_background()
  63 {
  64   echo "$image_name -> Setting Background..."
  65   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/inside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200
  66   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/outside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200 --fg
  67 }
  68
  69 create_registration_masks()
  70 {
  71   echo "$image_name -> Creating registration masks..."
  72   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/mm_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_in_$image_name --type 1 --radius 8
  73   clitkExtractPatient -i $mask_dir_tmp/outside_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --noAutoCrop
  74   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --type 1 --radius 8
  75 }
  76
  77 remove_tmp_masks()
  78 {
  79   echo "Removing temporary files..."
  80   image_name_base=`echo $image_name | sed 's/mhd//'`
  81   case $1 in
  82   1)
  83     #rm $mask_dir_tmp/float_$image_name_base*
  84     ;;
  85   2)
  86     #rm $mask_dir_tmp/bones_$image_name_base*
  87     ;;
  88   3)
  89     #rm $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name_base*
  90     ;;
  91   esac
  92 }
  93
  94 mm_preprocessing()
  95 {
  96   extract_patient
  97   extract_bones
  98   extract_lungs
  99   remove_tmp_masks 1
 100   resample
 101 }
 102
 103 mm_postprocessing()
 104 {
 105   remove_tmp_masks 2
 106   set_background
 107   remove_tmp_masks 3
 108   create_registration_masks
 109 }
 110
 111 mm_workflow()
 112 {
 113   extract_patient
 114   extract_bones
 115   remove_tmp_masks 1
 116   resample
 117   echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 118   compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 119   remove_tmp_masks 2
 120   set_background
 121   remove_tmp_masks 3
 122   create_registration_masks
 123 }
 124
 125 motion_mask()
 126 {
 127   #set cmd line variables
 128   echo "4D CT -> "$1
 129   phases=`grep ".raw" $1`
 130   echo "mask phases -> " $phases
 131
 132   dir=`dirname $1`
 133   cd $dir
 134
 135   resample_spacing=$2
 136   resample_algo=$3
 137
 138
 139   #set other global variables
 140   mask_dir="MASK-$resample_spacing""mm""-$resample_algo"
 141   mask_dir_tmp="tmp."$mask_dir
 142
 143   echo
 144   echo "------------ Motion mask from create_midP_masks.sh ------------"
 145   start=`date`
 146   echo "start: $start"
 147   echo
 148
 149   # the motion masks are first created in a tmp directory. this directory is
 150   # later going to be renamed to the final motion mask directory. concurrent
 151   # executions trying to create the same set of masks will be blocked until
 152   # the first execution finishes. naturally, these other executions will not
 153   # recreate the masks. so first we try to create the tmp directory.
 154   # if the creation fails, it means that another execution is
 155   # already creating the masks, so this execution will be blocked. the
 156   # execution is unblocked only when the creation of masks is finished and
 157   # the mask directory is renamed.
 158   #
 159   # ATTENTION: RP - 08/02/2011
 160   # robustness issue: tmp directory may exist but may be empty or
 161   # incomplete. the solution is to check per file, but I'll leave it like
 162   # this for the moment.
 163   do_mm=0
 164   if [ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]; then
 165     mkdir $mask_dir_tmp 2> /dev/null
 166     return_mkdir=$?
 167     if [ $return_mkdir == 0 ]; then
 168       do_mm=1
 169     else
 170       while [[ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]]; do
 171         echo "waiting creation of motion masks..."
 172         sleep 2
 173       done
 174       echo "finished waiting"
 175     fi
 176   fi
 177
 178   regmask_in_list=""
 179   regmask_out_list=""
 180   reg_in_list=""
 181   reg_out_list=""
 182
 183   # multi-threaded pre-processing for motion mask calcs
 184   if [ $do_mm == 1 ]; then
 185     mask_log_dir=$mask_dir_tmp/LOG
 186     mkdir -p $mask_log_dir
 187
 188     for phase in $phases
 189     do
 190       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 191       afdb_name=`echo $phase | sed 's/raw/afdb/'`
 192       check_threads $MAX_THREADS
 193       mm_preprocessing &
 194     done
 195
 196     # single-threaded motion mask calc
 197     for phase in $phases
 198     do
 199       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 200
 201       check_threads 1
 202       echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 203       compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 204     done
 205   fi
 206
 207   # multi-threaded post-processing of motion mask calcs
 208   for phase in $phases
 209   do
 210     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 211     if [ $do_mm = 1 ]; then
 212       check_threads $MAX_THREADS
 213       mm_postprocessing &
 214     fi
 215
 216     regmask_in_list="$regmask_in_list regmask_in_$image_name"
 217     regmask_out_list="$regmask_out_list regmask_out_$image_name"
 218     reg_in_list="$reg_in_list inside_$image_name"
 219     reg_out_list="$reg_out_list outside_$image_name"
 220   done
 221
 222   # rename tmp mask directory after mask creation
 223   check_threads 1
 224   mv $mask_dir_tmp $mask_dir
 225
 226   wait
 227
 228   echo
 229   echo "-------- Motion mask done ! ---------"
 230   end=`date`
 231   echo "start: $start"
 232   echo "end: $end"
 233   echo
 234 }
 235
 236
 237 #################
 238 # main  #
 239 #################
 240
 241 if [ $# != 3 ]; then
 242   echo "Usage: create_midP_masks.sh 4D_CT.mhd resample_spacing resample_algorithm"
 243   exit -1
 244 fi
 245
 246 #
 247 # variables exported in this scope
 248 #
 249 # mask_dir: directory where all mask are kept
 250 # regmask_in_list: list of registration mask files (inside lungs)
 251 # regmask_out_list: list of registration mask files (outised lungs)
 252 # reg_in_list: list of registration image files (inside lungs)
 253 # reg_out_list: list of registration image files (outside lungs)
 254 #
 255
 256 # import variables specific to each patient
 257 source variables
 258
 259 if [ $1 != "using-as-lib" ]; then
 260   motion_mask $1 $2 $3
 261 fi