scripts/midp_template.conf

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   2 #
   3 # FILE: midp_template.conf
   4 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   5 #
   6 # Template configuration file for create_midP-2.0.sh. Values between <> must be
   7 # changed according to the methods.
   8 #
   9 ###############################################################################
  10
  11 # output directories
  12 vf_dir="<VFDIR>"
  13 midp_dir="<MIDPDIR>"
  14 output_dir="<OUTDIR>"
  15 log_dir="<LOGDIR>"
  16
  17 # script step to be executed (mask, registration, midp, all)
  18 # midp depends on registration, which depends on mask
  19 step="all"
  20
  21 # mask parameters
  22 #
  23 # interpolation algorithm for resampling (see clitkResampleImage)
  24 mask_interpolation_algorithm="<MASK_INTERPOLATION_ALGORITHM>"
  25 # interpolation spacing (in mm)
  26 mask_interpolation_spacing=<MASK_INTERPOLATION_SPACING>
  27
  28 # registration method (blut, elastix)
  29 method="<METHOD>"
  30
  31 # registration parameters (depend on registration method - see descriptions)
  32 #
  33
  34 # b-spline spacing (blut, elastix)
  35 bspline_spacing=<BSPLINE_SPACING>
  36
  37 # multi-resolution levels
  38 nb_levels=<NB_LEVELS>
  39
  40 # number of histogram bins (blut, elastix)
  41 nb_hist_bins=<NB_HIST_BINS>
  42
  43 # number of points (samples) to calculate metric
  44 # (blut: percentage of image size; elastix: absolute number)
  45 nb_samples=<NBSAMPLES>
  46
  47 # algorithm used to sample points for the metric
  48 # (elastix: see docs)
  49 sampling_algo="<SAMPLING_ALGO>"
  50
  51 # number of iterations (blut, elastix)
  52 nb_iter=<NB_ITER>
  53
  54 # tolerance (stop condition for the metric) (blut)
  55 tolerance=<TOLERANCE>
  56
  57 # metric used in the registration
  58 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
  59 metric="<METRIC>"
  60
  61 # interpolation type
  62 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
  63 interpolator="<INTERPOLATOR>"
  64
  65 # optmizer
  66 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
  67 optimizer="<OPTIMIZER>"