scripts/registration.sh

   1 #! /bin/sh
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: registration.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Helper file with registration functions using different methods.
   9 # Each function receives a set of parameters that overall apply to any
  10 # registration algorithm, as follows:
  11 #
  12 # reference=$1 : reference (fixed) image
  13 # target=$2 : target (moving) image
  14 # mask_ref=$3 : mask for the reference image
  15 # mask_targ=$4 : mask for the moving image
  16 # vf=$5 : output vector field representing the registration
  17 # result=$6 : result image after applying the vector field
  18 # nb_iter=$7 : maximum number of iterations
  19 # nb_samples=$8 : number of image samples used in the metric calulcation
  20 # sampling_algo=$9 : algorithm used in the selection of image samples
  21 # hist_bins=${10} : number of histogram bins used in the metric calculation
  22 # nb_levels=${11} : number of image resolutions
  23 # spacing=${12} : spacing of the b-spline grid of the fines resolution
  24 # metric=${13} : metric algorithm
  25 # optimizer=${14} : optimizer
  26 # interpolator=${15} : image interpolator
  27 # log=${16} : log file
  28 #
  29 # New registration functions may be added to this file at any moment,
  30 # respecting the interface defined above.
  31 #
  32 ###############################################################################
  33
  34
  35 ################# BLUTDIR #####################
  36 registration_blutdir()
  37 {
  38   reference=$1
  39   target=$2
  40   mask_ref=$3
  41   mask_targ=$4
  42   vf=$5
  43   result=$6
  44   nb_iter=$7
  45   nb_samples=$8
  46   sampling_algo=$9
  47   hist_bins=${10}
  48   nb_levels=${11}
  49   spacing=${12}
  50   metric=${13}
  51   optimizer=${14}
  52   interpolator=${15}
  53   log=${16}
  54
  55   echo "Computing BLUTDIR $reference -> $target ..."
  56   blutdir_params="--levels $nb_levels  --metric $metric --optimizer $optimizer --samples $nb_samples --spacing $spacing,$spacing,$spacing --bins $hist_bins --maxIt $nb_iter --interp $interpolator --verbose"
  57   cmd="clitkBLUTDIR -r $reference -t $target -m $mask_ref --targetMask $mask_targ --vf $vf -o $result $blutdir_params"
  58   $cmd > $log
  59 }
  60
  61 ################# ELASTIX #####################
  62 registration_elastix()
  63 {
  64   reference=$1
  65   target=$2
  66   mask_ref=$3
  67   mask_targ=$4
  68   vf=$5
  69   result=$6
  70   nb_iter=$7
  71   nb_samples=$8
  72   sampling_algo=$9
  73   hist_bins=${10}
  74   nb_levels=${11}
  75   spacing=${12}
  76   metric=${13}
  77   optimizer=${14}
  78   interpolator=${15}
  79
  80   ########## register in ##########
  81   for reg_in in $reg_in_list
  82   do
  83     if [ ! -z `echo $reg_in | grep "_$phase"` ]
  84     then
  85       target_in=$reg_in
  86     fi
  87   done
  88   echo "Computing ELASTIX $reference -> $target ..."
  89   exec_dir=`which elastix`
  90   exec_dir=`dirname $exec_dir`
  91   cat $exec_dir/params_BSpline.txt | sed -e "s+<NbIterations>+$nb_iter+" \
  92                               -e "s+<LabelsFile>++" \
  93                               -e "s+<HistBins>+$hist_bins+" \
  94                               -e "s+<Levels>+$nb_levels+" \
  95                               -e "s+<NbSamples>+$nb_samples+" \
  96                               -e "s+<SamplerType>+$sampling_algo+" \
  97                               -e "s+<Spacing>+$spacing+" > params_BSpline.txt
  98
  99   vf_dir=`dirname $vf`
 100   vf_base=`basename $vf .mhd`
 101   result_dir=`dirname $result`
 102   result_base=`basename $result .mhd`
 103
 104   # image registration
 105   cmd="elastix -f $reference -m $target -fMask $mask_ref -mMask $mask_targ -out $result_dir -p params_BSpline.txt"
 106   $cmd  > /dev/null
 107
 108   # generate vector field
 109   cmd="transformix -tp $result_dir/TransformParameters.0.txt -out $vf_dir -def all"
 110   $cmd  > /dev/null
 111
 112   # post-processing
 113   mv $vf_dir/deformationField.mhd $vf
 114   mv $vf_dir/deformationField.raw `echo $vf | sed 's/mhd/raw/'`
 115   sed -i "s+deformationField+$vf_base+" $vf
 116
 117   mv $result_dir/result.0.mhd $result
 118   mv $result_dir/result.0.raw `echo $result | sed 's/mhd/raw/'`
 119   sed -i "s+result.0+$result_base+" $result
 120
 121   mv $result_dir/elasitx.log $log
 122   mv $result_dir/TransformParameters.0.txt $result_dir/${result_base}_TransformParameters.0.txt
 123 }