scripts/registration.sh

   1 #! /bin/sh
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: registration.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Helper file with registration functions using different methods.
   9 # Each function receives a set of parameters that overall apply to any
  10 # registration algorithm, as follows:
  11 #
  12 # reference=$1 : reference (fixed) image
  13 # target=$2 : target (moving) image
  14 # mask_ref=$3 : mask for the reference image
  15 # mask_targ=$4 : mask for the moving image
  16 # vf=$5 : output vector field representing the registration
  17 # result=$6 : result image after applying the vector field
  18 # nb_iter=$7 : maximum number of iterations
  19 # nb_samples=$8 : number of image samples used in the metric calulcation
  20 # sampling_algo=$9 : algorithm used in the selection of image samples
  21 # hist_bins=${10} : number of histogram bins used in the metric calculation
  22 # nb_levels=${11} : number of image resolutions
  23 # spacing=${12} : spacing of the b-spline grid of the fines resolution
  24 # metric=${13} : metric algorithm
  25 # optimizer=${14} : optimizer
  26 # interpolator=${15} : image interpolator
  27 # log=${16} : log file
  28 #
  29 # New registration functions may be added to this file at any moment,
  30 # respecting the interface defined above.
  31 #
  32 ###############################################################################
  33
  34 source `dirname $0`/midp_common.sh
  35
  36
  37 ################# BLUTDIR #####################
  38 registration_blutdir()
  39 {
  40   reference=$1
  41   target=$2
  42   mask_ref=$3
  43   mask_targ=$4
  44   vf=$5
  45   result=$6
  46   nb_iter=$7
  47   nb_samples=$8
  48   sampling_algo=$9
  49   hist_bins=${10}
  50   nb_levels=${11}
  51   spacing=${12}
  52   metric=${13}
  53   optimizer=${14}
  54   interpolator=${15}
  55   log=${16}
  56
  57   echo "Computing BLUTDIR $reference -> $target ..."
  58   blutdir_params="--levels $nb_levels  --metric $metric --optimizer $optimizer --samples $nb_samples --spacing $spacing,$spacing,$spacing --bins $hist_bins --maxIt $nb_iter --interp $interpolator --verbose"
  59   cmd="clitkBLUTDIR -r $reference -t $target -m $mask_ref --targetMask $mask_targ --vf $vf -o $result $blutdir_params"
  60   $cmd > $log
  61
  62   abort_on_error registration_blutdir $? clean_up_registration
  63 }
  64
  65 ################# ELASTIX #####################
  66 registration_elastix()
  67 {
  68   reference=$1
  69   target=$2
  70   mask_ref=$3
  71   mask_targ=$4
  72   vf=$5
  73   result=$6
  74   nb_iter=$7
  75   nb_samples=$8
  76   sampling_algo=$9
  77   hist_bins=${10}
  78   nb_levels=${11}
  79   spacing=${12}
  80   metric=${13}
  81   optimizer=${14}
  82   interpolator=${15}
  83
  84   ########## register in ##########
  85   for reg_in in $reg_in_list
  86   do
  87     if [ ! -z `echo $reg_in | grep "_$phase"` ]
  88     then
  89       target_in=$reg_in
  90     fi
  91   done
  92   echo "Computing ELASTIX $reference -> $target ..."
  93   exec_dir=`which elastix`
  94   exec_dir=`dirname $exec_dir`
  95   suffix=${nb_samples}_${nb_iter}_${nb_levels}
  96   cat $exec_dir/params_BSpline.txt | sed -e "s+<NbIterations>+$nb_iter+" \
  97                               -e "s+<LabelsFile>++" \
  98                               -e "s+<HistBins>+$hist_bins+" \
  99                               -e "s+<Levels>+$nb_levels+" \
 100                               -e "s+<NbSamples>+$nb_samples+" \
 101                               -e "s+<SamplerType>+$sampling_algo+" \
 102                               -e "s+<Spacing>+$spacing+" > params_BSpline_${suffix}.txt
 103
 104   vf_dir=`dirname $vf`
 105   vf_base=`basename $vf .mhd`
 106   result_dir=`dirname $result`
 107   result_base=`basename $result .mhd`
 108
 109   # image registration
 110   cmd="elastix -f $reference -m $target -fMask $mask_ref -mMask $mask_targ -out $result_dir -p params_BSpline_${suffix}.txt"
 111   $cmd  > /dev/null
 112   abort_on_error registration_elastix $? clean_up_registration
 113
 114   # generate vector field
 115   cmd="transformix -tp $result_dir/TransformParameters.0.txt -out $vf_dir -def all"
 116   $cmd  > /dev/null
 117   abort_on_error registration_elastix $? clean_up_registration
 118
 119   # post-processing
 120   mv $vf_dir/deformationField.mhd $vf
 121   mv $vf_dir/deformationField.raw `echo $vf | sed 's/mhd/raw/'`
 122   sed -i "s+deformationField+$vf_base+" $vf
 123
 124   mv $result_dir/result.0.mhd $result
 125   mv $result_dir/result.0.raw `echo $result | sed 's/mhd/raw/'`
 126   sed -i "s+result.0+$result_base+" $result
 127
 128   mv $result_dir/elasitx.log $log
 129   mv $result_dir/TransformParameters.0.txt $result_dir/${result_base}_TransformParameters.0.txt
 130 }