segmentation/clitkBooleanOperatorLabelImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKBOOLEANOPERATORLABELIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 #define CLITKBOOLEANOPERATORLABELIMAGEGENERICFILTER_TXX
  21
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ArgsInfoType>
  26 clitk::BooleanOperatorLabelImageGenericFilter<ArgsInfoType>::BooleanOperatorLabelImageGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("BooleanOperatorLabelImage")
  28 {
  29   // Default values
  30   cmdline_parser_clitkBool_init(&mArgsInfo);
  31   InitializeImageType<3>(); // Only for 3D images
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 template<class ArgsInfoType>
  38 template<unsigned int Dim>
  39 void clitk::BooleanOperatorLabelImageGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  40 {
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar); // Can add float later
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47 template<class ArgsInfoType>
  48 void clitk::BooleanOperatorLabelImageGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  52   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  53   if (mArgsInfo.input_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  54   if (mArgsInfo.input2_given) AddInputFilename(mArgsInfo.input2_arg);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class ArgsInfoType>
  61 template<class FilterType>
  62 void
  63 clitk::BooleanOperatorLabelImageGenericFilter<ArgsInfoType>::
  64 SetOptionsFromArgsInfoToFilter(FilterType * f)
  65 {
  66   // Operation type
  67   f->SetOperationType(typename FilterType::OperationTypeEnumeration(mArgsInfo.type_arg));
  68
  69   // Output filename
  70   this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  71 }
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73
  74
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78 template<class ArgsInfoType>
  79 template<class ImageType>
  80 void clitk::BooleanOperatorLabelImageGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  81 {
  82   // Reading input
  83   typename ImageType::Pointer input1 = this->template GetInput<ImageType>(0);
  84   typename ImageType::Pointer input2 = this->template GetInput<ImageType>(1);
  85
  86   // Create filter
  87   typedef clitk::BooleanOperatorLabelImageFilter<ImageType> FilterType;
  88   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  89
  90   // Set global Options
  91   filter->SetInput1(input1);
  92   filter->SetInput2(input2);
  93   SetOptionsFromArgsInfoToFilter<FilterType>(filter);
  94
  95   // Go !
  96   filter->Update();
  97
  98   // Write/Save results
  99   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
 100   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104 #endif //#define CLITKBOOLEANOPERATORLABELIMAGEGENERICFILTER_TXX