segmentation/clitkCalculateDistanceMapGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCalculateDistanceMapGenericFilter_txx
  19 #define clitkCalculateDistanceMapGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCalculateDistanceMapGenericFilter.txx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   CalculateDistanceMapGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   CalculateDistanceMapGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75     // ImageTypes
  76     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  77     typedef itk::Image<float, Dimension> OutputImageType; //needs to be floating point
  78
  79     // Read the input
  80     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  81     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  82     reader->SetFileName( m_ArgsInfo.input_arg);
  83     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  84
  85     // The fastMarching filter
  86     typename OutputImageType::Pointer output;
  87     if (m_ArgsInfo.fastMarching_flag)
  88       {
  89 //      typedef itk::FastMarchingImageFilter< OutputImageType, OutputImageType > FastMarchingFilterType;
  90 //      FastMarchingFilterType::Pointer fastMarchingFilter=FastMarchingFilterType::New();
  91 //      fastMarchingFilter->
  92       }
  93
  94     // The signed Distance map filter
  95     else
  96       {
  97         typedef itk::SignedDanielssonDistanceMapImageFilter<InputImageType, OutputImageType> DistanceMapImageFilterType;
  98         typename DistanceMapImageFilterType::Pointer distanceMapImageFilter = DistanceMapImageFilterType::New();
  99         distanceMapImageFilter->SetInput(input);
 100         distanceMapImageFilter->SetInsideIsPositive(m_ArgsInfo.invert_flag);
 101         distanceMapImageFilter->Update();
 102         output=distanceMapImageFilter->GetOutput();
 103       }
 104
 105     // Output
 106     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 107     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 108     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 109     writer->SetInput(output);
 110     writer->Update();
 111
 112   }
 113
 114
 115 }//end clitk
 116
 117 #endif //#define clitkCalculateDistanceMapGenericFilter_txx