segmentation/clitkDecomposeThroughErosionImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
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   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkDecomposeThroughErosionImageFilter_h
  19 #define clitkDecomposeThroughErosionImageFilter_h
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  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkDecomposeThroughErosionImageFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
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  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkSetBackgroundImageFilter.h"
  35
  36 //itk include
  37 #include "itkImageToImageFilter.h"
  38 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  39 #include "itkBinaryErodeImageFilter.h"
  40 #include "itkStatisticsImageFilter.h"
  41 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h"
  42 #include "itkCastImageFilter.h"
  43 #include "itkBinaryBallStructuringElement.h"
  44 #include "itkRelabelComponentImageFilter.h"
  45
  46 namespace clitk
  47 {
  48
  49   template <class InputImageType, class OutputImageType>
  50   class ITK_EXPORT DecomposeThroughErosionImageFilter :
  51     public itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>
  52   {
  53   public:
  54     //----------------------------------------
  55     // ITK
  56     //----------------------------------------
  57     typedef DecomposeThroughErosionImageFilter                                                 Self;
  58     typedef itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>  Superclass;
  59     typedef itk::SmartPointer<Self>                                   Pointer;
  60     typedef itk::SmartPointer<const Self>                             ConstPointer;
  61
  62     // Method for creation through the object factory
  63     itkNewMacro(Self);
  64
  65     // Run-time type information (and related methods)
  66     itkTypeMacro( DecomposeThroughErosionImageFilter, ImageToImageFilter );
  67
  68     /** Dimension of the domain space. */
  69     itkStaticConstMacro(InputImageDimension, unsigned int, Superclass::InputImageDimension);
  70     itkStaticConstMacro(OutputImageDimension, unsigned int, Superclass::OutputImageDimension);
  71
  72     //----------------------------------------
  73     // Typedefs
  74     //----------------------------------------
  75     typedef typename OutputImageType::RegionType OutputImageRegionType;
  76     typedef int InternalPixelType;
  77     typedef typename InputImageType::PixelType InputPixelType;
  78     typedef typename OutputImageType::PixelType OutputPixelType;
  79     typedef typename InputImageType::SizeType SizeType;
  80
  81     //----------------------------------------
  82     // Set & Get
  83     //----------------------------------------
  84     itkBooleanMacro(Verbose);
  85     itkSetMacro( Verbose, bool);
  86     itkGetConstReferenceMacro( Verbose, bool);
  87     itkBooleanMacro(FullyConnected);
  88     itkSetMacro( FullyConnected, bool);
  89     itkGetConstReferenceMacro( FullyConnected, bool);
  90     itkSetMacro( Lower, InputPixelType);
  91     itkGetConstMacro( Lower, InputPixelType);
  92     itkSetMacro( Upper, InputPixelType);
  93     itkGetConstMacro( Upper, InputPixelType);
  94     itkSetMacro( Inside, InternalPixelType);
  95     itkGetConstMacro( Inside, InternalPixelType);
  96     itkSetMacro( Outside, InternalPixelType);
  97     itkGetConstMacro( Outside, InternalPixelType);
  98     itkSetMacro( ErosionPaddingValue, OutputPixelType);
  99     itkGetConstMacro( ErosionPaddingValue, OutputPixelType);
 100     void SetRadius ( const SizeType& s){ m_Radius=s; this->Modified();}
 101     SizeType GetRadius(void){return m_Radius;}
 102     itkSetMacro( NumberOfNewLabels, unsigned int);
 103     itkGetConstMacro( NumberOfNewLabels, unsigned int);
 104     itkSetMacro( MinimumObjectSize, unsigned int);
 105     itkGetConstMacro( MinimumObjectSize, unsigned int);
 106     itkSetMacro( MinimumNumberOfIterations, unsigned int);
 107     itkGetConstMacro( MinimumNumberOfIterations, unsigned int);
 108
 109   protected:
 110
 111     //----------------------------------------
 112     // Constructor & Destructor
 113     //----------------------------------------
 114     DecomposeThroughErosionImageFilter();
 115     ~DecomposeThroughErosionImageFilter() {};
 116
 117     //----------------------------------------
 118     // Update
 119     //----------------------------------------
 120     // Generate Data
 121     void GenerateData(void);
 122     void AllocateOutput(){;}
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 124     //     // Threaded Generate Data
 125     //     void BeforeThreadedGenerateData(void );
 126     //     void ThreadedGenerateData(const OutputImageRegionType & outputRegionForThread, int threadId );
 127     //     void AfterThreadedGenerateData(void );
 128     //     // Override defaults
 129     //     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 130     //     virtual void GenerateOutputInformation (void);
 131     //     virtual void EnlargeOutputRequestedRegion(DataObject *data);
 132     //     void AllocateOutputs();
 133     //----------------------------------------
 134     // Data members
 135     //----------------------------------------
 136     bool m_Verbose;
 137     bool m_FullyConnected;
 138     InputPixelType m_Lower;
 139     InputPixelType m_Upper;
 140     OutputPixelType m_ErosionPaddingValue;
 141     InputPixelType m_Inside;
 142     InputPixelType m_Outside;
 143     SizeType m_Radius;
 144     unsigned int m_NumberOfNewLabels;
 145     unsigned int m_MinimumObjectSize;
 146     unsigned int m_MinimumNumberOfIterations;
 147
 148   };
 149
 150
 151 } // end namespace clitk
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 153 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 154 #include "clitkDecomposeThroughErosionImageFilter.txx"
 155 #endif
 156
 157 #endif // #define clitkDecomposeThroughErosionImageFilter_h
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